Many circRNA transcriptome data were deposited in public resources, but these data show great heterogeneity. Researchers without bioinformatics skills have difficulty in investigating these invaluable data or their own data. Here, we specifically designed circMine (http://hpcc.siat.ac.cn/circmine and http://www.biomedical-web.com/circmine/) that provides 1 821 448 entries formed by 136 871 circRNAs, 87 diseases and 120 circRNA transcriptome datasets of 1107 samples across 31 human body sites. circMine further provides 13 online analytical functions to comprehensively investigate these datasets to evaluate the clinical and biological significance of circRNA. To improve the data applicability, each dataset was standardized and annotated with relevant clinical information. All of the 13 analytic functions allow users to group samples based on their clinical data and assign different parameters for different analyses, and enable them to perform these analyses using their own circRNA transcriptomes. Moreover, three additional tools were developed in circMine to systematically discover the circRNA–miRNA interaction and circRNA translatability. For example, we systematically discovered five potential translatable circRNAs associated with prostate cancer progression using circMine. In summary, circMine provides user-friendly web interfaces to browse, search, analyze and download data freely, and submit new data for further integration, and it can be an important resource to discover significant circRNA in different diseases.

中文翻译：

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circMine：整合、分析和可视化人类疾病相关 circRNA 转录组的综合数据库

许多 circRNA 转录组数据保存在公共资源中，但这些数据显示出很大的异质性。没有生物信息学技能的研究人员很难调查这些宝贵的数据或他们自己的数据。在这里，我们专门设计了 circMine（http://hpcc.siat.ac.cn/circmine 和 http://www.biomedical-web.com/circmine/），它提供了由 136871 个 circRNA、87 种疾病组成的 1821448 个条目以及 120 个 circRNA 转录组数据集，涵盖 31 个人体部位的 1107 个样本。circMine 进一步提供了 13 种在线分析功能来全面研究这些数据集，以评估 circRNA 的临床和生物学意义。为了提高数据的适用性，每个数据集都进行了标准化，并用相关的临床信息进行了注释。所有 13 种分析功能都允许用户根据他们的临床数据对样本进行分组，并为不同的分析分配不同的参数，并使他们能够使用自己的 circRNA 转录组进行这些分析。此外，在 circMine 中还开发了三个额外的工具来系统地发现 circRNA-miRNA 的相互作用和 circRNA 的可翻译性。例如，我们使用 circMine 系统地发现了五种与前列腺癌进展相关的潜在可翻译 circRNA。综上所述，circMine 提供了用户友好的 Web 界面，可以自由浏览、搜索、分析和下载数据，并提交新数据以进一步整合，它可以成为发现不同疾病中重要 circRNA 的重要资源。并使他们能够使用自己的 circRNA 转录组进行这些分析。此外，在 circMine 中还开发了三个额外的工具来系统地发现 circRNA-miRNA 的相互作用和 circRNA 的可翻译性。例如，我们使用 circMine 系统地发现了五种与前列腺癌进展相关的潜在可翻译 circRNA。综上所述，circMine 提供了用户友好的 Web 界面，可以自由浏览、搜索、分析和下载数据，并提交新数据以进一步整合，它可以成为发现不同疾病中重要 circRNA 的重要资源。并使他们能够使用自己的 circRNA 转录组进行这些分析。此外，在 circMine 中还开发了三个额外的工具来系统地发现 circRNA-miRNA 的相互作用和 circRNA 的可翻译性。例如，我们使用 circMine 系统地发现了五种与前列腺癌进展相关的潜在可翻译 circRNA。综上所述，circMine 提供了用户友好的 Web 界面，可以自由浏览、搜索、分析和下载数据，并提交新数据以进一步整合，它可以成为发现不同疾病中重要 circRNA 的重要资源。我们使用 circMine 系统地发现了五种与前列腺癌进展相关的潜在可翻译 circRNA。综上所述，circMine 提供了用户友好的 Web 界面，可以自由浏览、搜索、分析和下载数据，并提交新数据以进一步整合，它可以成为发现不同疾病中重要 circRNA 的重要资源。我们使用 circMine 系统地发现了五种与前列腺癌进展相关的潜在可翻译 circRNA。综上所述，circMine 提供了用户友好的 Web 界面，可以自由浏览、搜索、分析和下载数据，并提交新数据以进一步整合，它可以成为发现不同疾病中重要 circRNA 的重要资源。