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Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation-Based Quantitative Serum Proteomics Analysis in Ischemic Stroke Patients With Hemorrhagic Transformation.
Frontiers in Cellular Neuroscience ( IF 5.3 ) Pub Date : 2021-08-25 , DOI: 10.3389/fncel.2021.710129
Zhifeng Qi 1 , Shuhua Yuan 1 , Xixi Zhou 2 , Xunming Ji 1 , Ke Jian Liu 2
Affiliation  

Hemorrhagic transformation (HT), which occurs with or without reperfusion treatments (thrombolysis and/or thrombectomy), deteriorates the outcomes of ischemic stroke patients. It is essential to find clinically reliable biomarkers that can predict HT. In this study, we screened for potential serum biomarkers from an existing blood bank and database with 243 suspected acute ischemic stroke (AIS) patients. A total of 37 patients were enrolled, who were diagnosed as AIS without receiving reperfusion treatment. They were divided into two groups based on whether they were accompanied with HT or not (five HT and 32 non-HT). Serum samples were labeled by isobaric tags for relative and absolute quantitation (iTRAQ) and analyzed by liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and compared under NCBInr database. A total of 647 proteins in sera samples were captured, and the levels of 17 proteins (12 upregulated and five downregulated) were significantly different. These differentially expressed proteins were further categorized with Gene Ontology functional classification annotation and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes metabolic pathway analysis into biological processes. Further protein-protein interaction analysis using String database discovered that, among the differentially expressed proteins, 10 pairs of proteins were found to have crosstalk connections, which may have direct (physical) and indirect (functional) interactions for the development of HT. Our findings suggest that these differentially expressed proteins could serve as potential biomarkers for predicting HT after ischemic stroke.

中文翻译:

基于相对和绝对定量的定量血清蛋白质组学分析的等压标记缺血性中风出血性转化患者。

在有或没有再灌注治疗(溶栓和/或血栓切除术)的情况下发生的出血转化 (HT) 会恶化缺血性中风患者的预后。找到可以预测 HT 的临床可靠的生物标志物至关重要。在这项研究中,我们从现有血库和数据库中筛选了潜在的血清生物标志物,其中包括 243 名疑似急性缺血性中风 (AIS) 患者。共纳入 37 例未接受再灌注治疗被诊断为 AIS 的患者。他们根据是否伴有HT分为两组(5个HT和32个非HT)。血清样品用同量异位标记进行相对和绝对定量 (iTRAQ) 标记,并通过液相色谱与串联质谱 (LC-MS/MS) 联用进行分析,并在 NCBInr 数据库下进行比较。共捕获血清样品中的 647 种蛋白质,其中 17 种蛋白质(12 种上调和 5 种下调)的水平存在显着差异。这些差异表达的蛋白质通过Gene Ontology功能分类注释和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes代谢途径分析进一步分类为生物过程。使用String数据库进一步的蛋白质-蛋白质相互作用分析发现,在差异表达的蛋白质中,发现10对蛋白质具有串扰连接,它们可能对HT的发展具有直接(物理)和间接(功能)相互作用。我们的研究结果表明,这些差异表达的蛋白质可以作为预测缺血性中风后 HT 的潜在生物标志物。17 种蛋白质(12 种上调和 5 种下调)的水平显着不同。这些差异表达的蛋白质通过Gene Ontology功能分类注释和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes代谢途径分析进一步分类为生物过程。使用String数据库进一步的蛋白质-蛋白质相互作用分析发现,在差异表达的蛋白质中,发现10对蛋白质具有串扰连接,它们可能对HT的发展具有直接(物理)和间接(功能)相互作用。我们的研究结果表明,这些差异表达的蛋白质可以作为预测缺血性中风后 HT 的潜在生物标志物。17 种蛋白质(12 种上调和 5 种下调)的水平显着不同。这些差异表达的蛋白质通过Gene Ontology功能分类注释和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes代谢途径分析进一步分类为生物过程。使用String数据库进一步的蛋白质-蛋白质相互作用分析发现,在差异表达的蛋白质中,发现10对蛋白质具有串扰连接,它们可能对HT的发展具有直接(物理)和间接(功能)相互作用。我们的研究结果表明,这些差异表达的蛋白质可以作为预测缺血性中风后 HT 的潜在生物标志物。这些差异表达的蛋白质通过Gene Ontology功能分类注释和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes代谢途径分析进一步分类为生物过程。使用String数据库进一步的蛋白质-蛋白质相互作用分析发现,在差异表达的蛋白质中,发现10对蛋白质具有串扰连接,它们可能对HT的发展具有直接(物理)和间接(功能)相互作用。我们的研究结果表明,这些差异表达的蛋白质可以作为预测缺血性中风后 HT 的潜在生物标志物。这些差异表达的蛋白质通过Gene Ontology功能分类注释和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes代谢途径分析进一步分类为生物过程。使用String数据库进一步分析蛋白质-蛋白质相互作用发现,在差异表达的蛋白质中,发现10对蛋白质具有串扰连接,它们可能对HT的发展具有直接(物理)和间接(功能)相互作用。我们的研究结果表明,这些差异表达的蛋白质可以作为预测缺血性中风后 HT 的潜在生物标志物。使用String数据库进一步的蛋白质-蛋白质相互作用分析发现,在差异表达的蛋白质中,发现10对蛋白质具有串扰连接,它们可能对HT的发展具有直接(物理)和间接(功能)相互作用。我们的研究结果表明,这些差异表达的蛋白质可以作为预测缺血性中风后 HT 的潜在生物标志物。使用String数据库进一步的蛋白质-蛋白质相互作用分析发现,在差异表达的蛋白质中,发现10对蛋白质具有串扰连接,它们可能对HT的发展具有直接(物理)和间接(功能)相互作用。我们的研究结果表明,这些差异表达的蛋白质可以作为预测缺血性中风后 HT 的潜在生物标志物。
更新日期:2021-08-25
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