Limited access to genetic information has greatly hindered our understanding of the molecular evolution, phylogeny, and differentiation time of subg. Amygdalus. This study reported complete chloroplast (cp) genome sequences of subg. Amygdalus, which further enriched the available valuable resources of complete cp genomes of higher plants and deepened our understanding of the divergence time and phylogenetic relationships of subg. Amygdalus. The results showed that subg. Amygdalus species exhibited a tetrad structure with sizes ranging from 157,736 bp (P. kansuensis) to 158,971 bp (P. davidiana), a pair of inverted repeat regions (IRa/IRb) that ranged from 26,137–26,467 bp, a large single-copy region that ranged from 85,757–86,608 bp, and a small single-copy region that ranged from 19,020–19,133 bp. The average GC content of the complete cp genomes in the 12 species was 36.80%. We found that the structure of the subg. Amygdalus complete cp genomes was highly conserved, and the 12 subg. Amygdalus species had an rps19 pseudogene. There was not rearrangement of the complete cp genome in the 12 subg. Amygdalus species. All 12 subg. Amygdalus species clustered into one clade based on both Bayesian inference and maximum likelihood. The divergence time analyses based on the complete cp genome sequences showed that subg. Amygdalus species diverged approximately 15.65 Mya. Our results provide data on the genomic structure of subg. Amygdalus and elucidates their phylogenetic relationships and divergence time.

中文翻译：

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Amygdalus L. (Rosaceae) 叶绿体基因组揭示系统发育关系和分化时间

对遗传信息的有限访问极大地阻碍了我们对 subg 的分子进化、系统发育和分化时间的理解。杏仁核。这项研究报告了 subg 的完整叶绿体 (cp) 基因组序列。Amygdalus，进一步丰富了高等植物完整cp基因组的可用宝贵资源，加深了我们对subg的发散时间和系统发育关系的理解。杏仁核。结果表明，subg。Amygdalus 物种表现出四分体结构，大小从 157,736 bp (P. kansuensis) 到 158,971 bp (P. davidiana)，一对反向重复区域 (IRa/IRb)，范围从 26,137-26,467 bp，一个大的单拷贝范围为 85,757-86,608 bp 的区域，以及范围为 19,020-19,133 bp 的小单拷贝区域。12个物种中完整cp基因组的平均GC含量为36.80%。我们发现了subg的结构。杏仁核完整的cp基因组高度保守，12 subg. Amygdalus 物种具有 rps19 假基因。在 12 个 subg 中没有完整的 cp 基因组重排。扁桃属种。所有 12 个 subg。基于贝叶斯推理和最大似然，杏仁核物种聚集为一个进化枝。基于完整 cp 基因组序列的发散时间分析表明 subg. Amygdalus 物种分化了大约 15.65 Mya。我们的结果提供了关于 subg 基因组结构的数据。Amygdalus 并阐明了它们的系统发育关系和发散时间。Amygdalus 物种具有 rps19 假基因。在 12 个 subg 中没有完整的 cp 基因组重排。杏仁类。所有 12 个 subg。基于贝叶斯推理和最大似然，杏仁核物种聚集为一个进化枝。基于完整 cp 基因组序列的发散时间分析表明 subg. Amygdalus 物种分化了大约 15.65 Mya。我们的结果提供了关于 subg 基因组结构的数据。Amygdalus 并阐明了它们的系统发育关系和发散时间。Amygdalus 物种具有 rps19 假基因。在 12 个 subg 中没有完整的 cp 基因组重排。扁桃属种。所有 12 个 subg。基于贝叶斯推理和最大似然，杏仁核物种聚集为一个进化枝。基于完整 cp 基因组序列的发散时间分析表明 subg. Amygdalus 物种分化了大约 15.65 Mya。我们的结果提供了关于 subg 基因组结构的数据。Amygdalus 并阐明了它们的系统发育关系和发散时间。Amygdalus 物种分化了大约 15.65 Mya。我们的结果提供了关于 subg 基因组结构的数据。Amygdalus 并阐明了它们的系统发育关系和发散时间。Amygdalus 物种分化了大约 15.65 Mya。我们的结果提供了关于 subg 基因组结构的数据。Amygdalus 并阐明了它们的系统发育关系和发散时间。