USUTU virus (USUV) is an arbovirus maintained in the environment through a bird–mosquito enzootic cycle. Previous surveillance plans highlighted the endemicity of USUV in North-eastern Italy. In this work, we sequenced 138 new USUV full genomes from mosquito pools (Culex pipiens) and wild birds collected in North-eastern Italy and we investigated the evolutionary processes (phylogenetic analysis, selection pressure and evolutionary time-scale analysis) and spatial spread of USUV strains circulating in the European context and in Italy, with a particular focus on North-eastern Italy. Our results confirmed the circulation of viruses belonging to four different lineages in Italy (EU1, EU2, EU3 and EU4), with the newly sequenced viruses from the North-eastern regions, Veneto and Friuli Venezia Giulia, belonging to the EU2 lineage and clustering into two different sub-lineages, EU2-A and EU2-B. Specific mutations characterize each European lineage and geographic location seem to have shaped their phylogenetic structure. By investigating the spatial spread in Europe, we were able to show that Italy acted mainly as donor of USUV to neighbouring countries. At a national level, we identified two geographical clusters mainly circulating in Northern and North-western Italy, spreading both northward and southward. Our analyses provide important information on the spatial and evolutionary dynamics of USUTU virus that can help to improve surveillance plans and control strategies for this virus of increasing concern for human health.

中文翻译：

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意大利在 USUTU 病毒在欧洲的空间传播中的核心作用

USUTU 病毒 (USUV) 是一种虫媒病毒，通过鸟类-蚊子的地方性循环在环境中维持。之前的监测计划强调了 USUV 在意大利东北部的流行。在这项工作中，我们从意大利东北部收集的蚊子池（Culex pipiens）和野生鸟类中对 138 个新的 USUV 全基因组进行了测序，并研究了它们的进化过程（系统发育分析、选择压力和进化时间尺度分析）和空间分布。 USUV 菌株在欧洲和意大利流行，特别关注意大利东北部。我们的研究结果证实了属于意大利四种不同谱系（EU1、EU2、EU3 和 EU4）的病毒的传播，其中新测序的病毒来自东北地区，Veneto 和 Friuli Venezia Giulia，属于EU2谱系并聚类为两个不同的子谱系EU2-A和EU2-B。特定的突变表征了每个欧洲血统，地理位置似乎塑造了它们的系统发育结构。通过调查欧洲的空间分布，我们能够表明意大利主要充当了对邻国的 USUV 的捐助者。在国家层面，我们确定了两个主要在意大利北部和西北部流通的地理集群，向北和向南传播。我们的分析提供了有关 USUTU 病毒空间和进化动态的重要信息，有助于改进这种对人类健康日益关注的病毒的监测计划和控制策略。特定的突变表征了每个欧洲血统，地理位置似乎塑造了它们的系统发育结构。通过调查欧洲的空间分布，我们能够表明意大利主要充当了对邻国的 USUV 的捐助者。在国家层面，我们确定了两个主要在意大利北部和西北部流通的地理集群，向北和向南传播。我们的分析提供了有关 USUTU 病毒空间和进化动态的重要信息，有助于改进这种对人类健康日益关注的病毒的监测计划和控制策略。特定的突变表征了每个欧洲血统，地理位置似乎塑造了它们的系统发育结构。通过调查欧洲的空间分布，我们能够表明意大利主要充当了对邻国的 USUV 的捐助者。在国家层面，我们确定了两个主要在意大利北部和西北部流通的地理集群，向北和向南传播。我们的分析提供了有关 USUTU 病毒空间和进化动态的重要信息，有助于改进这种对人类健康日益关注的病毒的监测计划和控制策略。我们确定了两个主要在意大利北部和西北部流通的地理集群，向北和向南传播。我们的分析提供了有关 USUTU 病毒空间和进化动态的重要信息，有助于改进这种对人类健康日益关注的病毒的监测计划和控制策略。我们确定了两个主要在意大利北部和西北部流通的地理集群，向北和向南传播。我们的分析提供了有关 USUTU 病毒空间和进化动态的重要信息，有助于改进这种对人类健康日益关注的病毒的监测计划和控制策略。