Phylogenetic analyses may suffer from multiple sources of error leading to conflict between genes and methods of inference. The evolutionary history of the mollusc clade Vetigastropoda makes them susceptible to these conflicts, their higher level phylogeny remaining largely unresolved. Originating over 350 Ma, vetigastropods were the dominant marine snails in the Paleozoic. Multiple extinction events and new radiations have resulted in both very long and very short branches and a large extant diversity of over 4000 species. This is the perfect setting of a hard phylogenetic question in which sources of conflict can be explored. We present 41 new transcriptomes across the diversity of vetigastropods (62 terminals total), and provide the first genomic-scale phylogeny for the group. We find that deep divergences differ from previous studies in which long branch attraction was likely pervasive. Robust results leading to changes in taxonomy include the paraphyly of the order Lepetellida and the family Tegulidae. Tectinae subfam. nov. is designated for the clade comprising Tectus, Cittarium, and Rochia. For two early divergences, topologies disagreed between concatenated analyses using site heterogeneous models versus concatenated partitioned analyses and summary coalescent methods. We investigated rate and composition heterogeneity among genes, as well as missing data by locus and by taxon, none of which had an impact on the inferred topologies. We also found no evidence for ancient introgression throughout the phylogeny. We further tested whether uninformative genes and over-partitioning were responsible for this discordance by evaluating the phylogenetic signal of individual genes using likelihood mapping, and by analyzing the most informative genes with a full multispecies coalescent (MSC) model. We find that most genes are not informative at the two conflicting nodes, but neither this nor gene-wise partitioning are the cause of discordant results. New method implementations that simultaneously integrate amino acid profile mixture models and the MSC might be necessary to resolve these and other recalcitrant nodes in the Tree of Life. [Fissurellidae; Haliotidae; likelihood mapping; multispecies coalescent; phylogenetic signal; phylogenomic conflict; site heterogeneity; Trochoidea.]

中文翻译：

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调查 Vetigastropod 蜗牛深层系统基因组学中的冲突来源

系统发育分析可能会受到多种错误来源的影响，从而导致基因和推理方法之间发生冲突。软体动物进化枝 Vetigastropoda 的进化史使它们容易受到这些冲突的影响，它们的高级系统发育在很大程度上仍未解决。vetigastropods 起源于 350 Ma，是古生代的主要海洋蜗牛。多次灭绝事件和新的辐射导致了非常长和非常短的分支以及超过 4000 个物种的大量现存多样性。这是一个可以探索冲突来源的难题的系统发育问题的完美设置。我们在 vetigastropods 的多样性（总共 62 个末端）中展示了 41 个新的转录组，并为该组提供了第一个基因组规模的系统发育。我们发现，深度分歧与以前的研究不同，在这些研究中，长枝吸引可能普遍存在。导致分类学变化的可靠结果包括 Lepetellida 目和 Tegulidae 家族的副系。Tectinae subfam。十一月 被指定用于包括 Tectus、Cittarium 和 Rochia 的进化枝。对于两个早期分歧，拓扑在使用站点异构模型的级联分析与级联分区分析和汇总合并方法之间存在分歧。我们调查了基因之间的速率和组成异质性，以及基因座和分类单元的缺失数据，这些都对推断的拓扑结构没有影响。我们还没有发现在整个系统发育过程中古代基因渗入的证据。我们通过使用似然图评估单个基因的系统发育信号，并通过使用完整的多物种聚结 (MSC) 模型分析信息量最大的基因，进一步测试了无信息基因和过度分区是否是造成这种不一致的原因。我们发现大多数基因在两个冲突节点上都没有信息，但是这和基因分区都不是导致结果不一致的原因。可能需要同时集成氨基酸谱混合物模型和 MSC 的新方法实施，以解决生命之树中的这些和其他顽固节点。[Fissurellidae; 鲽科；似然映射；多物种聚结；系统发育信号；系统基因组冲突；场地异质性；节肢动物目。] 并通过使用完整的多物种聚结 (MSC) 模型分析信息量最大的基因。我们发现大多数基因在两个冲突节点上都没有信息，但是这和基因分区都不是导致结果不一致的原因。可能需要同时集成氨基酸谱混合物模型和 MSC 的新方法实施，以解决生命之树中的这些和其他顽固节点。[Fissurellidae; 鲽科；似然映射；多物种聚结；系统发育信号；系统基因组冲突；场地异质性；节肢动物目。] 并通过使用完整的多物种聚结 (MSC) 模型分析信息量最大的基因。我们发现大多数基因在两个冲突节点上都没有信息，但是这和基因分区都不是导致结果不一致的原因。可能需要同时集成氨基酸谱混合物模型和 MSC 的新方法实施，以解决生命之树中的这些和其他顽固节点。[Fissurellidae; 鲽科；似然映射；多物种聚结；系统发育信号；系统基因组冲突；场地异质性；节肢动物目。] 可能需要同时集成氨基酸谱混合物模型和 MSC 的新方法实施，以解决生命之树中的这些和其他顽固节点。[Fissurellidae; 鲽科；似然映射；多物种聚结；系统发育信号；系统基因组冲突；场地异质性；节肢动物目。] 可能需要同时集成氨基酸谱混合物模型和 MSC 的新方法实施，以解决生命之树中的这些和其他顽固节点。[Fissurellidae; 鲽科；似然映射；多物种聚结；系统发育信号；系统基因组冲突；场地异质性；节肢动物目。]