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High-throughput, quantitative analyses of genetic interactions in E. coli.
Nature Methods ( IF 36.1 ) Pub Date : 2008 Sep Typas, Athanasios, Nichols, Robert J, Siegele, Deborah A, Shales, Michael, Collins, Sean R, Lim, Bentley, Braberg, Hannes, Yamamoto, Natsuko, Takeuchi, Rikiya, Wanner, Barry L, Mori, Hirotada, Weissman, Jonathan S, Krogan, Nevan J, Gross, Carol A
Nature Methods ( IF 36.1 ) Pub Date : 2008 Sep Typas, Athanasios, Nichols, Robert J, Siegele, Deborah A, Shales, Michael, Collins, Sean R, Lim, Bentley, Braberg, Hannes, Yamamoto, Natsuko, Takeuchi, Rikiya, Wanner, Barry L, Mori, Hirotada, Weissman, Jonathan S, Krogan, Nevan J, Gross, Carol A
Large-scale genetic interaction studies provide the basis for defining gene function and pathway architecture. Recent advances in the ability to generate double mutants en masse in Saccharomyces cerevisiae have dramatically accelerated the acquisition of genetic interaction information and the biological inferences that follow. Here we describe a method based on F factor-driven conjugation, which allows for high-throughput generation of double mutants in Escherichia coli. This method, termed genetic interaction analysis technology for E. coli (GIANT-coli), permits us to systematically generate and array double-mutant cells on solid media in high-density arrays. We show that colony size provides a robust and quantitative output of cellular fitness and that GIANT-coli can recapitulate known synthetic interactions and identify previously unidentified negative (synthetic sickness or lethality) and positive (suppressive or epistatic) relationships. Finally, we describe a complementary strategy for genome-wide suppressor-mutant identification. Together, these methods permit rapid, large-scale genetic interaction studies in E. coli.
中文翻译:
大肠杆菌中遗传相互作用的高通量定量分析。
大规模的遗传相互作用研究为定义基因功能和途径结构提供了基础。在酿酒酵母中大规模产生双突变体的能力的最新进展极大地加速了遗传相互作用信息的获取和随后的生物学推断。在这里,我们描述了一种基于F因子驱动的偶联的方法,该方法可在大肠杆菌中产生高通量的双突变体。这种方法被称为大肠杆菌的遗传相互作用分析技术(GIANT-coli),使我们能够在固体培养基上以高密度阵列系统地产生和排列双突变细胞。我们显示菌落的大小提供了细胞适应性的强大和定量输出,并且GIANT-coli可以概括已知的合成相互作用,并确定以前未确定的阴性(合成病或致死率)和阳性(抑制性或上位性)关系。最后,我们描述了一种全基因组抑制突变体识别的补充策略。总之,这些方法允许在大肠杆菌中进行快速,大规模的遗传相互作用研究。
更新日期:2017-01-31
中文翻译:
大肠杆菌中遗传相互作用的高通量定量分析。
大规模的遗传相互作用研究为定义基因功能和途径结构提供了基础。在酿酒酵母中大规模产生双突变体的能力的最新进展极大地加速了遗传相互作用信息的获取和随后的生物学推断。在这里,我们描述了一种基于F因子驱动的偶联的方法,该方法可在大肠杆菌中产生高通量的双突变体。这种方法被称为大肠杆菌的遗传相互作用分析技术(GIANT-coli),使我们能够在固体培养基上以高密度阵列系统地产生和排列双突变细胞。我们显示菌落的大小提供了细胞适应性的强大和定量输出,并且GIANT-coli可以概括已知的合成相互作用,并确定以前未确定的阴性(合成病或致死率)和阳性(抑制性或上位性)关系。最后,我们描述了一种全基因组抑制突变体识别的补充策略。总之,这些方法允许在大肠杆菌中进行快速,大规模的遗传相互作用研究。