The incidence rate of hepatitis C virus (HCV) infection in Pakistan is very high. In this study, we evaluated the genetic heterogeneity of HCV hypervariable region 1 (HVR1) from the HCV-infected Pakistani population and compare the isolated genotypes with representative sequences from internationally diverse geographic regions. We also investigated potential transmission events in non-high-risk HCV patients. Next-generation sequencing (NGS) data from the E1-HVR1 region from 30 HCV patients were used for phylogenetic analysis. Reference sequences were retrieved from the Los Alamos HCV and GenBank databases. NGS data were analyzed to examine HCV HVR1 sequence diversity and identify transmission links among HCV-infected individuals using Global Hepatitis Outbreak and Surveillance Technology (GHOST). Phylogenetic analysis showed the predominance of HCV genotype 3a (86.6%), followed by 1a (6.6%), 1b (3.3%), and 3b (3.3%). NGS of HVR1 displayed significant genetic heterogeneity of HCV populations within each patient. The average nucleotide sequence diversity for HVR1 was 0.055. JR781281 was found to be the most diverse (0.14) of the specimens. Phylogenetic analysis demonstrated that all HCV specimens sequenced in this study were more similar to each other and showed variations from the representative sequences. The GHOST results suggested genetic relatedness between two (6.6%) HCV cases, possibly defining an incipient outbreak in a non-high-risk population. We urge rigorous countrywide investigation of outbreaks to identify transmission clusters and their sources to incorporate preventive measures for disease control.

中文翻译：

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来自巴基斯坦旁遮普省和开伯尔-普赫图赫瓦省的非高危 HCV 患者的丙型肝炎病毒 (HCV) E1-HVR1 区域的下一代测序研究。

巴基斯坦丙型肝炎病毒（HCV）感染的发病率非常高。在这项研究中，我们评估了来自 HCV 感染的巴基斯坦人群的 HCV 高变区 1 (HVR1) 的遗传异质性，并将分离的基因型与来自国际不同地理区域的代表性序列进行了比较。我们还调查了非高危 HCV 患者的潜在传播事件。来自 30 名 HCV 患者的 E1-HVR1 区域的下一代测序 (NGS) 数据用于系统发育分析。从 Los Alamos HCV 和 GenBank 数据库检索参考序列。分析 NGS 数据以检查 HCV HVR1 序列多样性，并使用全球肝炎爆发和监测技术 (GHOST) 确定 HCV 感染者之间的传播联系。系统发育分析显示 HCV 基因型 3a (86.6%) 占优势，其次是 1a (6.6%)、1b (3.3%) 和 3b (3.3%)。HVR1 的 NGS 显示每个患者体内 HCV 群体的显着遗传异质性。HVR1 的平均核苷酸序列多样性为 0.055。发现 JR781281 是最多样化 (0.14) 的标本。系统发育分析表明，本研究中测序的所有 HCV 样本彼此更相似，并显示出与代表性序列的差异。GHOST 结果表明两个 (6.6%) HCV 病例之间存在遗传相关性，可能定义了非高危人群中的初期爆发。我们敦促在全国范围内对疫情进行严格的调查，以确定传播集群及其来源，以纳入疾病控制的预防措施。其次是 1a (6.6%)、1b (3.3%) 和 3b (3.3%)。HVR1 的 NGS 显示每个患者体内 HCV 群体的显着遗传异质性。HVR1 的平均核苷酸序列多样性为 0.055。发现 JR781281 是最多样化 (0.14) 的标本。系统发育分析表明，本研究中测序的所有 HCV 样本彼此更相似，并显示出与代表性序列的差异。GHOST 结果表明两个 (6.6%) HCV 病例之间存在遗传相关性，可能定义了非高危人群中的初期爆发。我们敦促在全国范围内对疫情进行严格的调查，以确定传播集群及其来源，以纳入疾病控制的预防措施。其次是 1a (6.6%)、1b (3.3%) 和 3b (3.3%)。HVR1 的 NGS 显示每个患者体内 HCV 群体的显着遗传异质性。HVR1 的平均核苷酸序列多样性为 0.055。发现 JR781281 是最多样化 (0.14) 的标本。系统发育分析表明，本研究中测序的所有 HCV 样本彼此更相似，并显示出与代表性序列的差异。GHOST 结果表明两个 (6.6%) HCV 病例之间存在遗传相关性，可能定义了非高危人群中的初期爆发。我们敦促在全国范围内对疫情进行严格的调查，以确定传播集群及其来源，以纳入疾病控制的预防措施。HVR1 的 NGS 显示每个患者体内 HCV 群体的显着遗传异质性。HVR1 的平均核苷酸序列多样性为 0.055。发现 JR781281 是最多样化 (0.14) 的标本。系统发育分析表明，本研究中测序的所有 HCV 样本彼此更相似，并显示出与代表性序列的差异。GHOST 结果表明两个 (6.6%) HCV 病例之间存在遗传相关性，可能定义了非高危人群中的初期爆发。我们敦促在全国范围内对疫情进行严格的调查，以确定传播集群及其来源，以纳入疾病控制的预防措施。HVR1 的 NGS 显示每个患者体内 HCV 群体的显着遗传异质性。HVR1 的平均核苷酸序列多样性为 0.055。发现 JR781281 是最多样化 (0.14) 的标本。系统发育分析表明，本研究中测序的所有 HCV 样本彼此更相似，并显示出与代表性序列的差异。GHOST 结果表明两个 (6.6%) HCV 病例之间存在遗传相关性，可能定义了非高危人群中的初期爆发。我们敦促在全国范围内对疫情进行严格的调查，以确定传播集群及其来源，以纳入疾病控制的预防措施。14) 样品。系统发育分析表明，本研究中测序的所有 HCV 样本彼此更相似，并显示出与代表性序列的差异。GHOST 结果表明两个 (6.6%) HCV 病例之间存在遗传相关性，可能定义了非高危人群中的初期爆发。我们敦促在全国范围内对疫情进行严格的调查，以确定传播集群及其来源，以纳入疾病控制的预防措施。14) 样品。系统发育分析表明，本研究中测序的所有 HCV 样本彼此更相似，并显示出与代表性序列的差异。GHOST 结果表明两个 (6.6%) HCV 病例之间存在遗传相关性，可能定义了非高危人群中的初期爆发。我们敦促在全国范围内对疫情进行严格的调查，以确定传播集群及其来源，以纳入疾病控制的预防措施。