We developed a resource, the Arabidopsis PeptideAtlas (www.peptideatlas.org/builds/arabidopsis/), to solve central questions about the Arabidopsis thaliana proteome, such as the significance of protein splice forms and post-translational modifications (PTMs), or simply to obtain reliable information about specific proteins. PeptideAtlas is based on published mass spectrometry (MS) data collected through ProteomeXchange and reanalyzed through a uniform processing and metadata annotation pipeline. All matched MS-derived peptide data are linked to spectral, technical, and biological metadata. Nearly 40 million out of ∼143 million MS/MS (tandem MS) spectra were matched to the reference genome Araport11, identifying ∼0.5 million unique peptides and 17,858 uniquely identified proteins (only isoform per gene) at the highest confidence level (false discovery rate 0.0004; 2 non-nested peptides ≥9 amino acid each), assigned canonical proteins, and 3,543 lower-confidence proteins. Physicochemical protein properties were evaluated for targeted identification of unobserved proteins. Additional proteins and isoforms currently not in Araport11 were identified that were generated from pseudogenes, alternative start, stops, and/or splice variants, and small Open Reading Frames; these features should be considered when updating the Arabidopsis genome. Phosphorylation can be inspected through a sophisticated PTM viewer. PeptideAtlas is integrated with community resources including TAIR, tracks in JBrowse, PPDB, and UniProtKB. Subsequent PeptideAtlas builds will incorporate millions more MS/MS data.

中文翻译：

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拟南芥肽图集：利用全球蛋白质组学数据创建综合社区蛋白质组学资源

我们开发了一种资源，拟南芥 PeptideAtlas (www.peptideatlas.org/builds/arabidopsis/)，以解决有关拟南芥蛋白质组的核心问题，例如蛋白质剪接形式和翻译后修饰 (PTM) 的重要性，或者简单地说以获得有关特定蛋白质的可靠信息。PeptideAtlas 基于通过 ProteomeXchange 收集并通过统一处理和元数​​据注释管道重新分析的已发布质谱 (MS) 数据。所有匹配的 MS 衍生肽数据都与光谱、技术和生物学元数据相关联。约 1.43 亿个 MS/MS（串联 MS）光谱中有近 4000 万个与参考基因组 Araport11 匹配，识别出约 50 万个独特肽和 17 个，最高置信度（错误发现率 0.0004；2 个非嵌套肽，每个 ≥9 个氨基酸）的 858 个唯一鉴定的蛋白质（每个基因仅同工型），指定的规范蛋白质和 3,543 个低置信度蛋白质。评估了蛋白质的物理化学性质，以有针对性地鉴定未观察到的蛋白质。鉴定了目前不在 Araport11 中的其他蛋白质和同种型，它们是由假基因、替代起始、终止和/或剪接变体以及小型开放阅读框产生的；在更新拟南芥基因组时应考虑这些特征。可以通过复杂的 PTM 查看器检查磷酸化。PeptideAtlas 与社区资源集成，包括 TAIR、JBrowse 中的曲目、PPDB 和 UniProtKB。随后的 PeptideAtlas 构建将包含数百万更多的 MS/MS 数据。0004; 2 个非嵌套肽，每个 ≥9 个氨基酸），指定的规范蛋白质和 3,543 个低置信度蛋白质。评估了蛋白质的物理化学性质，以有针对性地鉴定未观察到的蛋白质。鉴定了目前不在 Araport11 中的其他蛋白质和同种型，它们是由假基因、替代起始、终止和/或剪接变体以及小型开放阅读框产生的；在更新拟南芥基因组时应考虑这些特征。可以通过复杂的 PTM 查看器检查磷酸化。PeptideAtlas 与社区资源集成，包括 TAIR、JBrowse 中的曲目、PPDB 和 UniProtKB。随后的 PeptideAtlas 构建将包含数百万更多的 MS/MS 数据。0004; 2 个非嵌套肽，每个 ≥9 个氨基酸），指定的规范蛋白质和 3,543 个低置信度蛋白质。评估了蛋白质的物理化学性质，以有针对性地鉴定未观察到的蛋白质。鉴定了目前不在 Araport11 中的其他蛋白质和同种型，它们是由假基因、替代起始、终止和/或剪接变体以及小型开放阅读框产生的；在更新拟南芥基因组时应考虑这些特征。可以通过复杂的 PTM 查看器检查磷酸化。PeptideAtlas 与社区资源集成，包括 TAIR、JBrowse 中的曲目、PPDB 和 UniProtKB。随后的 PeptideAtlas 构建将包含数百万更多的 MS/MS 数据。评估了蛋白质的物理化学性质，以有针对性地鉴定未观察到的蛋白质。鉴定了目前不在 Araport11 中的其他蛋白质和同种型，它们是由假基因、替代起始、终止和/或剪接变体以及小型开放阅读框产生的；在更新拟南芥基因组时应考虑这些特征。可以通过复杂的 PTM 查看器检查磷酸化。PeptideAtlas 与社区资源集成，包括 TAIR、JBrowse 中的曲目、PPDB 和 UniProtKB。随后的 PeptideAtlas 构建将包含数百万更多的 MS/MS 数据。评估了蛋白质的物理化学性质，以有针对性地鉴定未观察到的蛋白质。鉴定了目前不在 Araport11 中的其他蛋白质和同种型，它们是由假基因、替代起始、终止和/或剪接变体以及小型开放阅读框产生的；在更新拟南芥基因组时应考虑这些特征。可以通过复杂的 PTM 查看器检查磷酸化。PeptideAtlas 与社区资源集成，包括 TAIR、JBrowse 中的曲目、PPDB 和 UniProtKB。随后的 PeptideAtlas 构建将包含数百万更多的 MS/MS 数据。和/或剪接变体，以及小型开放阅读框；在更新拟南芥基因组时应考虑这些特征。可以通过复杂的 PTM 查看器检查磷酸化。PeptideAtlas 与社区资源集成，包括 TAIR、JBrowse 中的曲目、PPDB 和 UniProtKB。随后的 PeptideAtlas 构建将包含数百万更多的 MS/MS 数据。和/或剪接变体，以及小型开放阅读框；在更新拟南芥基因组时应考虑这些特征。可以通过复杂的 PTM 查看器检查磷酸化。PeptideAtlas 与社区资源集成，包括 TAIR、JBrowse 中的曲目、PPDB 和 UniProtKB。随后的 PeptideAtlas 构建将包含数百万更多的 MS/MS 数据。