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In silico proteolysis and analysis of bioactive peptides from sequences of fatty acid desaturase 3 (FAD3) of flaxseed protein
Saudi Journal of Biological Sciences Pub Date : 2021-08-13 , DOI: 10.1016/j.sjbs.2021.08.027
Sapna Langyan 1 , Fatima Nazish Khan 2 , Pranjal Yadava 3 , Alaa Alhazmi 4, 5 , Samy F Mahmoud 6 , Dalia I Saleh 7 , Ali Tan Kee Zuan 8 , Ashok Kumar 1
Affiliation  

Flaxseed (Linum usitatissimum), commonly known as linseed is an oilseed crop, emerging as an important and functional ingredient of food and has been paid more attention due to its nutritional value as well as beneficial effects. It is mainly rich in is α-linolenic acid (ALA, omega-3 fatty acid), fibres and lignans that have potential health benefits in reducing cardiovascular diseases, diabetes, osteoporosis, atherosclerosis, cancer, arthritis, neurological and autoimmune disorders. Due to its richness in omega-3 fatty acid, a group of enzymes known as fatty acid desaturases (FADs) mainly introduce double bonds into fatty acids’ (FAs) hydrocarbon chains that produce unsaturated fatty acids. Fatty acid desaturase 3 (FAD3), the commonest microsomal enzyme of omega-3 fatty acid, synthesizes linolenic acid (C18:3) from linoleic acid located in endoplasmic reticulum (ER) facing towards the cytosol. The emerging field of bioinformatics and large number of databases of bioactive peptides, helps in providing time-saving and efficient method for identification of potential bioactivities of any protein. In this study, 10 unique sequences of FAD3 from flaxseed protein have been used for in silico proteolysis and releasing of various bioactive peptides using three plant proteases, namely ficin, papain and stem bromelain, that are evaluated with the help of BIOPEP database. Overall, 20 biological activities were identified from these proteins. The results showed that FAD3 protein is a potential source of peptides with angiotensin-I-converting enzyme (ACE) inhibitory and dipeptidyl peptidase-IV (DPP-IV) activities, and also various parameters such as ∑A, ∑B, AE, W, BE, V and DHt were also calculated. Furthermore, PeptideRanker have been used for screening of novel promising bioactive peptides. Various bioinformatics tools also used to study protein’s physicochemical properties, peptide’s score, toxicity, allergenicity aggregation, water solubility, and drug likeliness. The present work suggests that flaxseed protein can be a good source of bioactive peptides for the synthesis of good quality and quantity of oil, and in silico method helps in investigating and production of functional peptides.



中文翻译:

亚麻籽蛋白脂肪酸去饱和酶 3 (FAD3) 序列中生物活性肽的计算机蛋白水解和分析

亚麻籽(Linum usitatissimum),俗称亚麻籽,是一种油料作物,作为一种重要的功能性食品成分正在兴起,因其营养价值和有益效果而受到越来越多的关注。它主要富含α-亚麻酸(ALA,omega-3 脂肪酸)、纤维和木脂素,它们在减少心血管疾病、糖尿病、骨质疏松症、动脉粥样硬化、癌症、关节炎、神经系统和自身免疫性疾病方面具有潜在的健康益处。由于其富含 omega-3 脂肪酸,一组被称为脂肪酸去饱和酶 (FAD) 的酶主要将双键引入脂肪酸 (FA) 烃链中,从而产生不饱和脂肪酸。脂肪酸去饱和酶 3 (FAD3) 是最常见的 omega-3 脂肪酸微粒体酶,可合成亚麻酸 (C18: 3) 来自位于面向细胞质的内质网 (ER) 中的亚油酸。新兴的生物信息学领域和大量生物活性肽数据库,有助于为鉴定任何蛋白质的潜在生物活性提供省时且有效的方法。在这项研究中,来自亚麻籽蛋白的 10 个独特的 FAD3 序列已被用于计算机蛋白水解和使用三种植物蛋白酶(即无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶和茎菠萝蛋白酶)释放各种生物活性肽,并在 BIOPEP 数据库的帮助下进行评估。总的来说,从这些蛋白质中鉴定了 20 种生物活性。结果表明,FAD3 蛋白是具有血管紧张素-I 转换酶 (ACE) 抑制和二肽基肽酶-IV (DPP-IV) 活性的肽的潜在来源,以及各种参数,如 ∑A、∑B、A 新兴的生物信息学领域和大量生物活性肽数据库,有助于为鉴定任何蛋白质的潜在生物活性提供省时且有效的方法。在这项研究中,来自亚麻籽蛋白的 10 个独特的 FAD3 序列已被用于计算机蛋白水解和使用三种植物蛋白酶(即无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶和茎菠萝蛋白酶)释放各种生物活性肽,并在 BIOPEP 数据库的帮助下进行评估。总的来说,从这些蛋白质中鉴定了 20 种生物活性。结果表明,FAD3 蛋白是具有血管紧张素-I 转换酶 (ACE) 抑制和二肽基肽酶-IV (DPP-IV) 活性的肽的潜在来源,以及各种参数,如 ∑A、∑B、A 新兴的生物信息学领域和大量生物活性肽数据库,有助于为鉴定任何蛋白质的潜在生物活性提供省时且有效的方法。在这项研究中,来自亚麻籽蛋白的 10 个独特的 FAD3 序列已被用于计算机蛋白水解和使用三种植物蛋白酶(即无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶和茎菠萝蛋白酶)释放各种生物活性肽,并在 BIOPEP 数据库的帮助下进行评估。总的来说,从这些蛋白质中鉴定了 20 种生物活性。结果表明,FAD3 蛋白是具有血管紧张素-I 转换酶 (ACE) 抑制和二肽基肽酶-IV (DPP-IV) 活性的肽的潜在来源,以及各种参数,如 ∑A、∑B、A 有助于为鉴定任何蛋白质的潜在生物活性提供省时且有效的方法。在这项研究中,来自亚麻籽蛋白的 10 个独特的 FAD3 序列已被用于计算机蛋白水解和使用三种植物蛋白酶(即无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶和茎菠萝蛋白酶)释放各种生物活性肽,并在 BIOPEP 数据库的帮助下进行评估。总的来说,从这些蛋白质中鉴定了 20 种生物活性。结果表明,FAD3 蛋白是具有血管紧张素-I 转换酶 (ACE) 抑制和二肽基肽酶-IV (DPP-IV) 活性的肽的潜在来源,以及各种参数,如 ∑A、∑B、A 有助于为鉴定任何蛋白质的潜在生物活性提供省时且有效的方法。在这项研究中,来自亚麻籽蛋白的 10 个独特的 FAD3 序列已被用于计算机蛋白水解和使用三种植物蛋白酶(即无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶和茎菠萝蛋白酶)释放各种生物活性肽,并在 BIOPEP 数据库的帮助下进行评估。总的来说,从这些蛋白质中鉴定了 20 种生物活性。结果表明,FAD3 蛋白是具有血管紧张素-I 转换酶 (ACE) 抑制和二肽基肽酶-IV (DPP-IV) 活性的肽的潜在来源,以及各种参数,如 ∑A、∑B、A 来自亚麻籽蛋白的 10 个独特的 FAD3 序列已被用于计算机蛋白水解和使用三种植物蛋白酶(即无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶和茎菠萝蛋白酶)释放各种生物活性肽,并在 BIOPEP 数据库的帮助下进行评估。总的来说,从这些蛋白质中鉴定了 20 种生物活性。结果表明,FAD3 蛋白是具有血管紧张素-I 转换酶 (ACE) 抑制和二肽基肽酶-IV (DPP-IV) 活性的肽的潜在来源,以及各种参数,如 ∑A、∑B、A 来自亚麻籽蛋白的 10 个独特的 FAD3 序列已被用于计算机蛋白水解和使用三种植物蛋白酶(即无花果蛋白酶、木瓜蛋白酶和茎菠萝蛋白酶)释放各种生物活性肽,并在 BIOPEP 数据库的帮助下进行评估。总的来说,从这些蛋白质中鉴定了 20 种生物活性。结果表明,FAD3 蛋白是具有血管紧张素-I 转换酶 (ACE) 抑制和二肽基肽酶-IV (DPP-IV) 活性的肽的潜在来源,以及各种参数,如 ∑A、∑B、Aê,W,B ê,V和DHT也计算。此外,PeptideRanker 已被用于筛选新的有前途的生物活性肽。各种生物信息学工具也用于研究蛋白质的理化特性、肽的评分、毒性、过敏性聚集、水溶性和药物可能性。目前的工作表明,亚麻籽蛋白可以成为合成优质油脂的生物活性肽的良好来源,计算机方法有助于研究和生产功能性肽。

更新日期:2021-09-19
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