Poxviruses within the Capripoxvirus, Orthopoxvirus, and Parapoxvirus genera can infect livestock, with the two former having zoonotic importance. In addition, they induce similar clinical symptoms in common host species, creating a challenge for diagnosis. Although endemic in the country, poxvirus infections of small ruminants and cattle have received little attention in Botswana, with no prior use of molecular tools to diagnose and characterize the pathogens. A high-resolution melting (HRM) assay was used to detect and differentiate poxviruses in skin biopsy and skin scab samples from four cattle, one sheep, and one goat. Molecular characterization of capripoxviruses and parapoxviruses was undertaken by sequence analysis of RPO30 and GPCR genes. The HRM assay revealed lumpy skin disease virus (LSDV) in three cattle samples, pseudocowpox virus (PCPV) in one cattle sample, and orf virus (ORFV) in one goat and one sheep sample. The phylogenetic analyses, based on the RPO30 and GPCR multiple sequence alignments showed that the LSDV sequences of Botswana were similar to common LSDV field isolates encountered in Africa, Asia, and Europe. The Botswana PCPV presented unique features and clustered between camel and cattle PCPV isolates. The Botswana ORFV sequence isolated from goat differed from the ORFV sequence isolated from sheep. This study is the first report on the genetic characterization of poxvirus diseases circulating in cattle, goats, and sheep in Botswana. It shows the importance of molecular methods to differentially diagnose poxvirus diseases of ruminants.

中文翻译：

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博茨瓦纳牛、绵羊和山羊痘病毒的首次分子特征

Capripoxvirus、Orthopoxvirus 和 Parapoxvirus 属中的痘病毒可以感染牲畜，前两种病毒具有人畜共患病的重要性。此外，它们在常见宿主物种中引起相似的临床症状，给诊断带来了挑战。尽管在该国流行，小反刍动物和牛的痘病毒感染在博茨瓦纳很少受到关注，之前没有使用分子工具来诊断和表征病原体。高分辨率熔解 (HRM) 测定用于检测和区分来自四头牛、一只绵羊和一只山羊的皮肤活检和皮肤结痂样本中的痘病毒。通过 RPO30 和 GPCR 基因的序列分析对山羊痘病毒和副痘病毒进行分子鉴定。HRM 检测在三个牛样本中发现了块状皮肤病病毒 (LSDV)，一份牛样本中的假牛痘病毒 (PCPV)，以及一份山羊和一份绵羊样本中的口疮病毒 (ORFV)。基于 RPO30 和 GPCR 多序列比对的系统发育分析表明，博茨瓦纳的 LSDV 序列与非洲、亚洲和欧洲常见的 LSDV 野外分离株相似。博茨瓦纳 PCPV 呈现出独特的特征，并聚集在骆驼和牛 PCPV 分离株之间。从山羊中分离的博茨瓦纳 ORFV 序列与从绵羊中分离的 ORFV 序列不同。这项研究是关于在博茨瓦纳牛、山羊和绵羊中流行的痘病毒疾病遗传特征的第一份报告。它显示了分子方法对反刍动物痘病毒病进行鉴别诊断的重要性。基于 RPO30 和 GPCR 多序列比对表明，博茨瓦纳的 LSDV 序列与非洲、亚洲和欧洲常见的 LSDV 野外分离株相似。博茨瓦纳 PCPV 呈现出独特的特征，并聚集在骆驼和牛 PCPV 分离株之间。从山羊中分离的博茨瓦纳 ORFV 序列与从绵羊中分离的 ORFV 序列不同。这项研究是关于在博茨瓦纳牛、山羊和绵羊中流行的痘病毒疾病遗传特征的第一份报告。它显示了分子方法对反刍动物痘病毒病进行鉴别诊断的重要性。基于 RPO30 和 GPCR 多序列比对表明，博茨瓦纳的 LSDV 序列与非洲、亚洲和欧洲常见的 LSDV 野外分离株相似。博茨瓦纳 PCPV 呈现出独特的特征，并聚集在骆驼和牛 PCPV 分离株之间。从山羊中分离的博茨瓦纳 ORFV 序列与从绵羊中分离的 ORFV 序列不同。这项研究是关于在博茨瓦纳牛、山羊和绵羊中流行的痘病毒疾病遗传特征的第一份报告。它显示了分子方法对反刍动物痘病毒病进行鉴别诊断的重要性。博茨瓦纳 PCPV 呈现出独特的特征，并聚集在骆驼和牛 PCPV 分离株之间。从山羊中分离的博茨瓦纳 ORFV 序列与从绵羊中分离的 ORFV 序列不同。这项研究是关于在博茨瓦纳牛、山羊和绵羊中流行的痘病毒疾病遗传特征的第一份报告。它显示了分子方法对反刍动物痘病毒病进行鉴别诊断的重要性。博茨瓦纳 PCPV 呈现出独特的特征，并聚集在骆驼和牛 PCPV 分离株之间。从山羊中分离的博茨瓦纳 ORFV 序列与从绵羊中分离的 ORFV 序列不同。这项研究是关于在博茨瓦纳牛、山羊和绵羊中流行的痘病毒疾病遗传特征的第一份报告。它显示了分子方法对反刍动物痘病毒病进行鉴别诊断的重要性。