A wide range of data types can be used to delimit species and various computer-based tools dedicated to this task are now available. Although these formalized approaches have significantly contributed to increase the objectivity of species delimitation (SD) under different assumptions, they are not routinely used by alpha-taxonomists. One obvious shortcoming is the lack of interoperability among the various independently developed SD programs. Given the frequent incongruences between species partitions inferred by different SD approaches, researchers applying these methods often seek to compare these alternative species partitions to evaluate the robustness of the species boundaries. This procedure is excessively time consuming at present, and the lack of a standard format for species partitions is a major obstacle. Here, we propose a standardized format, SPART, to enable compatibility between different SD tools exporting or importing partitions. This format reports the partitions and describes, for each of them, the assignment of individuals to the “inferred species”. The syntax also allows support values to be optionally reported, as well as original trees and the full command lines used in the respective SD analyses. Two variants of this format are proposed, overall using the same terminology but presenting the data either optimized for human readability (matricial SPART) or in a format in which each partition forms a separate block (SPART.XML). ABGD, DELINEATE, GMYC, PTP and TR2 have already been adapted to output SPART files and a new version of LIMES has been developed to import, export, merge and split them.

中文翻译：

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SPART：一种用于物种划分信息的通用且标准化的数据交换格式

广泛的数据类型可用于划定物种，现在可以使用各种专用于此任务的基于计算机的工具。尽管这些形式化的方法在不同假设下显着提高了物种定界 (SD) 的客观性，但它们并未被 α 分类学家常规使用。一个明显的缺点是各种独立开发的SD程序之间缺乏互操作性。鉴于不同 SD 方法推断的物种分区之间经常出现不一致，应用这些方法的研究人员经常试图比较这些替代物种分区以评估物种边界的稳健性。目前这个过程非常耗时，并且缺乏物种分区的标准格式是一个主要障碍。这里，我们提出了一种标准化格式 SPART，以实现不同 SD 工具导出或导入分区之间的兼容性。这种格式报告了分区，并为每个分区描述了个体对“推断物种”的分配。该语法还允许选择性地报告支持值，以及在各自的 SD 分析中使用的原始树和完整命令行。提出了这种格式的两种变体，总体上使用相同的术语，但呈现的数据要么针对人类可读性进行了优化（矩阵 SPART），要么采用每个分区形成单独块的格式 (SPART.XML)。ABGD、DELINEATE、GMYC、PTP 和 TR2 已经适用于输出 SPART 文件，并且已经开发了新版本的 LIMES 来导入、导出、合并和拆分它们。启用不同 SD 工具导出或导入分区之间的兼容性。这种格式报告了分区，并为每个分区描述了个体对“推断物种”的分配。该语法还允许选择性地报告支持值，以及在各自的 SD 分析中使用的原始树和完整命令行。提出了这种格式的两种变体，总体上使用相同的术语，但呈现的数据要么针对人类可读性进行了优化（矩阵 SPART），要么采用每个分区形成单独块的格式 (SPART.XML)。ABGD、DELINEATE、GMYC、PTP 和 TR2 已经适用于输出 SPART 文件，并且已经开发了新版本的 LIMES 来导入、导出、合并和拆分它们。启用不同 SD 工具导出或导入分区之间的兼容性。这种格式报告了分区，并为每个分区描述了个体对“推断物种”的分配。该语法还允许选择性地报告支持值，以及在各自的 SD 分析中使用的原始树和完整命令行。提出了这种格式的两种变体，总体上使用相同的术语，但呈现的数据要么针对人类可读性进行了优化（矩阵 SPART），要么采用每个分区形成单独块的格式 (SPART.XML)。ABGD、DELINEATE、GMYC、PTP 和 TR2 已经适用于输出 SPART 文件，并且已经开发了新版本的 LIMES 来导入、导出、合并和拆分它们。这种格式报告了分区，并为每个分区描述了个体对“推断物种”的分配。该语法还允许选择性地报告支持值，以及在各自的 SD 分析中使用的原始树和完整命令行。提出了这种格式的两种变体，总体上使用相同的术语，但呈现的数据要么针对人类可读性进行了优化（矩阵 SPART），要么采用每个分区形成单独块的格式 (SPART.XML)。ABGD、DELINEATE、GMYC、PTP 和 TR2 已经适用于输出 SPART 文件，并且已经开发了新版本的 LIMES 来导入、导出、合并和拆分它们。这种格式报告了分区，并为每个分区描述了个体对“推断物种”的分配。该语法还允许选择性地报告支持值，以及在各自的 SD 分析中使用的原始树和完整命令行。提出了这种格式的两种变体，总体上使用相同的术语，但呈现的数据要么针对人类可读性进行了优化（矩阵 SPART），要么采用每个分区形成单独块的格式 (SPART.XML)。ABGD、DELINEATE、GMYC、PTP 和 TR2 已经适用于输出 SPART 文件，并且已经开发了新版本的 LIMES 来导入、导出、合并和拆分它们。以及用于各自 SD 分析的原始树和完整命令行。提出了这种格式的两种变体，总体上使用相同的术语，但呈现的数据要么针对人类可读性进行了优化（矩阵 SPART），要么采用每个分区形成单独块的格式 (SPART.XML)。ABGD、DELINEATE、GMYC、PTP 和 TR2 已经适用于输出 SPART 文件，并且已经开发了新版本的 LIMES 来导入、导出、合并和拆分它们。以及用于各自 SD 分析的原始树和完整命令行。提出了这种格式的两种变体，总体上使用相同的术语，但呈现的数据要么针对人类可读性进行了优化（矩阵 SPART），要么采用每个分区形成单独块的格式 (SPART.XML)。ABGD、DELINEATE、GMYC、PTP 和 TR2 已经适用于输出 SPART 文件，并且已经开发了新版本的 LIMES 来导入、导出、合并和拆分它们。