Objectives To determine the feasibility of HIV genotyping at low-level viraemia (LLV) using an in-house assay in a South African population and the prevalence, as well as the clinical relevance, of drug resistance (HIVDR) in this population. Methods We conducted an observational, retrospective, cohort study on patient samples with LLV referred for routine HIVDR testing at a public sector Johannesburg laboratory from August 2017 to October 2018. Genotyping was performed using a nested RT–PCR assay and Sanger sequencing. The genotyping success rate was evaluated for different viraemia categories. Sequences were loaded onto the Stanford HIVdb genotypic resistance tool (version 8.7) for drug resistance interpretation. Results Plasma samples from 159 HIV-1-infected, treatment-experienced adults with LLV (5–999 copies/mL) were analysed. The in-house assay performed well with an overall success rate of 78.6% (125/159, 95% CI 71.6–84.3). The prevalence of drug resistance mutations in the LLV cohort was 79.2% (99/125, 95% CI 71.2–85.4) with most patients (n = 109, 68.6%) on a PI-based regimen at the time of genotyping. Of 125 sequences obtained, 73.6% (92/125) had ≥1 NRTI mutation while 70.4% (88/125) had ≥1 NNRTI mutation. Major PI mutations, including M46I and V82A, were detected in 7.2% (9/125) of patients. Conclusions Current South African virological failure guidelines may keep patients on failing regimens for longer than necessary. Our data suggest that genotyping at LLV is feasible and implementation could result in earlier identification and referral of patients requiring third-line regimens.

中文翻译：

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南非低水平病毒血症患者 HIV-1 耐药性检测的可行性和临床相关性

目的 确定在南非人群中使用内部检测对低水平病毒血症 (LLV) 进行 HIV 基因分型的可行性，以及该人群中耐药性 (HIVDR) 的流行率和临床相关性。方法 我们对 2017 年 8 月至 2018 年 10 月在约翰内斯堡公共部门实验室进行常规 HIVDR 检测的 LLV 患者样本进行了一项观察性、回顾性、队列研究。使用嵌套 RT-PCR 分析和 Sanger 测序进行基因分型。对不同病毒血症类别的基因分型成功率进行了评估。将序列加载到斯坦福 HIVdb 基因型耐药工具（8.7 版）中，用于耐药性解释。结果分析了来自 159 名 HIV-1 感染、接受过治疗的 LLV（5-999 拷贝/mL）成人的血浆样本。内部检测表现良好，总体成功率为 78.6% (125/159, 95% CI 71.6–84.3)。LLV 队列中耐药突变的发生率为 79.2% (99/125, 95% CI 71.2–85.4)，大多数患者 (n = 109, 68.6%) 在基因分型时采用基于 PI 的方案。在获得的 125 个序列中，73.6% (92/125) 具有≥1 个 NRTI 突变，而 70.4% (88/125) 具有≥1 个 NNRTI 突变。在 7.2% (9/125) 的患者中检测到主要的 PI 突变，包括 M46I 和 V82A。结论 目前的南非病毒学失败指南可能会使患者在失败的治疗方案中停留的时间超过必要的时间。我们的数据表明，LLV 的基因分型是可行的，实施可能会导致早期识别和转诊需要三线治疗方案的患者。LLV 队列中耐药突变的发生率为 79.2% (99/125, 95% CI 71.2–85.4)，大多数患者 (n = 109, 68.6%) 在基因分型时采用基于 PI 的方案。在获得的 125 个序列中，73.6% (92/125) 具有≥1 个 NRTI 突变，而 70.4% (88/125) 具有≥1 个 NNRTI 突变。在 7.2% (9/125) 的患者中检测到主要的 PI 突变，包括 M46I 和 V82A。结论 目前的南非病毒学失败指南可能会使患者在失败的治疗方案中停留的时间超过必要的时间。我们的数据表明，LLV 的基因分型是可行的，实施可能会导致早期识别和转诊需要三线治疗方案的患者。LLV 队列中耐药突变的发生率为 79.2% (99/125, 95% CI 71.2–85.4)，大多数患者 (n = 109, 68.6%) 在基因分型时采用基于 PI 的方案。在获得的 125 个序列中，73.6% (92/125) 具有≥1 个 NRTI 突变，而 70.4% (88/125) 具有≥1 个 NNRTI 突变。在 7.2% (9/125) 的患者中检测到主要的 PI 突变，包括 M46I 和 V82A。结论 目前的南非病毒学失败指南可能会使患者在失败的治疗方案中停留的时间超过必要的时间。我们的数据表明，LLV 的基因分型是可行的，实施可能会导致早期识别和转诊需要三线治疗方案的患者。在获得的 125 个序列中，73.6% (92/125) 具有≥1 个 NRTI 突变，而 70.4% (88/125) 具有≥1 个 NNRTI 突变。在 7.2% (9/125) 的患者中检测到主要的 PI 突变，包括 M46I 和 V82A。结论 目前的南非病毒学失败指南可能会使患者在失败的治疗方案中停留的时间超过必要的时间。我们的数据表明，LLV 的基因分型是可行的，实施可能会导致早期识别和转诊需要三线治疗方案的患者。在获得的 125 个序列中，73.6% (92/125) 具有≥1 个 NRTI 突变，而 70.4% (88/125) 具有≥1 个 NNRTI 突变。在 7.2% (9/125) 的患者中检测到主要的 PI 突变，包括 M46I 和 V82A。结论 目前的南非病毒学失败指南可能会使患者在失败的治疗方案中停留的时间超过必要的时间。我们的数据表明，LLV 的基因分型是可行的，实施可能会导致早期识别和转诊需要三线治疗方案的患者。