Archived formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples are the global standard format for preservation of the majority of biopsies in both basic research and translational cancer studies, and profiling chromatin accessibility in the archived FFPE tissues is fundamental to understanding gene regulation. Accurate mapping of chromatin accessibility from FFPE specimens is challenging because of the high degree of DNA damage. Here, we first showed that standard ATAC-seq can be applied to purified FFPE nuclei but yields lower library complexity and a smaller proportion of long DNA fragments. We then present FFPE-ATAC, the first highly sensitive method for decoding chromatin accessibility in FFPE tissues that combines Tn5-mediated transposition and T7 in vitro transcription. The FFPE-ATAC generates high-quality chromatin accessibility profiles with 500 nuclei from a single FFPE tissue section, enables the dissection of chromatin profiles from the regions of interest with the aid of hematoxylin and eosin (H&E) staining, and reveals disease-associated chromatin regulation from the human colorectal cancer FFPE tissue archived for >10 yr. In summary, the approach allows decoding of the chromatin states that regulate gene expression in archival FFPE tissues, thereby permitting investigators to better understand epigenetic regulation in cancer and precision medicine.

中文翻译：

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分析福尔马林固定石蜡包埋样品中的染色质可及性

存档的福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本是保存基础研究和转化癌症研究中大多数活检的全球标准格式，并且分析存档的 FFPE 组织中的染色质可及性是了解基因调控的基础。由于高度 DNA 损伤，从 FFPE 标本中准确定位染色质可及性具有挑战性。在这里，我们首先表明标准 ATAC-seq 可应用于纯化的 FFPE 核，但产生的文库复杂性较低，长 DNA 片段的比例较小。然后，我们介绍了 FFPE-ATAC，这是第一个在 FFPE 组织中解码染色质可及性的高灵敏度方法，它结合了 Tn5 介导的转座和 T7 体外转录。FFPE-ATAC 从单个 FFPE 组织切片生成具有 500 个细胞核的高质量染色质可及性图谱，借助苏木精和伊红 (H&E) 染色，能够从感兴趣区域解剖染色质图谱，并揭示与疾病相关的染色质来自存档超过 10 年的人类结肠直肠癌 FFPE 组织的调节。总之，该方法允许解码调节档案 FFPE 组织中基因表达的染色质状态，从而使研究人员能够更好地了解癌症和精准医学中的表观遗传调控。并揭示了存档超过 10 年的人类结直肠癌 FFPE 组织中与疾病相关的染色质调节。总之，该方法允许解码调节档案 FFPE 组织中基因表达的染色质状态，从而使研究人员能够更好地了解癌症和精准医学中的表观遗传调控。并揭示了存档超过 10 年的人类结直肠癌 FFPE 组织中与疾病相关的染色质调节。总之，该方法允许解码调节档案 FFPE 组织中基因表达的染色质状态，从而使研究人员能够更好地了解癌症和精准医学中的表观遗传调控。