Understanding the factors that cause heterogeneity among gene trees can increase the accuracy of species trees. Discordant signals across the genome are commonly produced by incomplete lineage sorting (ILS) and introgression, which in turn can result in reticulate evolution. Species tree inference using the multispecies coalescent is designed to deal with ILS and is robust to low levels of introgression, but extensive introgression violates the fundamental assumption that relationships are strictly bifurcating. In this study, we explore the phylogenomics of the iconic Liolaemus subgenus of South American lizards, a group of over 100 species mostly distributed in and around the Andes mountains. Using mitochondrial DNA (mtDNA) and genome-wide restriction site-associated DNA sequencing (RADseq; nDNA hereafter), we inferred a time-calibrated mtDNA gene tree, nDNA species trees, and phylogenetic networks. We found high levels of discordance between mtDNA and nDNA, which we attribute in part to extensive ILS resulting from rapid diversification. These data also reveal extensive and deep introgression, which combined with rapid diversification, explain the high level of phylogenetic discordance. We discuss these findings in the context of Andean orogeny and glacial cycles that fragmented, expanded, and contracted species distributions. Finally, we use the new phylogeny to resolve long-standing taxonomic issues in one of the most studied lizard groups in the New World.[Andes; ddRADSeq; introgression; lizards; mtDNA; reptiles; SNPs.]

中文翻译：

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快速辐射和猖獗的网状结构：南美百合蜥的系统基因组学

了解导致基因树之间异质性的因素可以提高物种树的准确性。整个基因组的不一致信号通常是由不完全谱系分类 (ILS) 和基因渗入产生的，这反过来又会导致网状进化。使用多物种合并的物种树推断旨在处理 ILS，并且对低水平的基因渗入具有鲁棒性，但广泛的基因渗入违反了关系严格分叉的基本假设。在这项研究中，我们探索了南美蜥蜴标志性的 Liolaemus 亚属的系统基因组学，该亚属有 100 多种，主要分布在安第斯山脉及其周围。使用线粒体 DNA (mtDNA) 和全基因组限制性位点相关 DNA 测序 (RADseq; nDNA 以下)，我们推断出时间校准的 mtDNA 基因树、nDNA 物种树和系统发育网络。我们发现 mtDNA 和 nDNA 之间存在高度不一致，我们将其部分归因于快速多样化导致的广泛 ILS。这些数据还揭示了广泛而深入的基因渗入，结合快速多样化，解释了高度的系统发育不一致。我们在安第斯造山运动和冰川循环的背景下讨论这些发现，这些循环分裂、扩大和收缩了物种分布。最后，我们使用新的系统发育来解决新大陆研究最多的蜥蜴群之一中长期存在的分类问题。ddRADSeq；基因渗入；蜥蜴；线粒体DNA；爬行动物；SNP。] 我们将其部分归因于快速多样化导致的广泛 ILS。这些数据还揭示了广泛而深入的基因渗入，结合快速多样化，解释了高度的系统发育不一致。我们在安第斯造山运动和冰川循环的背景下讨论这些发现，这些循环分裂、扩大和收缩了物种分布。最后，我们使用新的系统发育来解决新大陆研究最多的蜥蜴群之一中长期存在的分类问题。ddRADSeq；基因渗入；蜥蜴；线粒体DNA；爬行动物；SNP。] 我们将其部分归因于快速多样化导致的广泛 ILS。这些数据还揭示了广泛而深入的基因渗入，结合快速多样化，解释了高度的系统发育不一致。我们在安第斯造山运动和冰川循环的背景下讨论这些发现，这些循环分裂、扩大和收缩了物种分布。最后，我们使用新的系统发育来解决新大陆研究最多的蜥蜴群之一中长期存在的分类问题。ddRADSeq；基因渗入；蜥蜴；线粒体DNA；爬行动物；SNP。] 我们在安第斯造山运动和冰川循环的背景下讨论这些发现，这些循环分裂、扩大和收缩了物种分布。最后，我们使用新的系统发育来解决新大陆研究最多的蜥蜴群之一中长期存在的分类问题。ddRADSeq；基因渗入；蜥蜴；线粒体DNA；爬行动物；SNP。] 我们在安第斯造山运动和冰川循环的背景下讨论这些发现，这些循环分裂、扩大和收缩了物种分布。最后，我们使用新的系统发育来解决新大陆研究最多的蜥蜴群之一中长期存在的分类问题。ddRADSeq；基因渗入；蜥蜴；线粒体DNA；爬行动物；SNP。]