Nonribosomal peptides and polyketides are natural products commonly synthesized by microorganisms. They are widely used in medicine, agriculture, environmental protection, and other fields. The structures of natural products are often analyzed by high-resolution tandem mass spectrometry, which becomes more popular with its increasing availability. However, the characterization of nonribosomal peptides and polyketides from tandem mass spectra is a nontrivial task because they are composed of many uncommon building blocks in addition to proteinogenic amino acids. Moreover, many of them have cyclic and branch-cyclic structures. Here, we introduce MassSpecBlocks – an open-source and web-based tool that converts the input chemical structures in SMILES format into sequences of building blocks. The structures can be searched in public databases PubChem, ChemSpider, ChEBI, NP Atlas, COCONUT, and Norine and edited in a user-friendly graphical interface. Although MassSpecBlocks can serve as a stand-alone database, our primary goal was to enable easy construction of custom sequence and building block databases, which can be used to annotate mass spectra in CycloBranch software. CycloBranch is an open-source, cross-platform, and stand-alone tool that we recently released for annotating spectra of linear, cyclic, branched, and branch-cyclic nonribosomal peptides and polyketide siderophores. The sequences and building blocks created in MassSpecBlocks can be easily exported into a plain text format used by CycloBranch. MassSpecBlocks is available online or can be installed entirely offline. It offers a REST API to cooperate with other tools.

中文翻译：

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MassSpecBlocks：一种基于网络的工具，用于创建用于串联质谱分析的非核糖体肽和聚酮化合物的构建块和序列

非核糖体肽和聚酮化合物是通常由微生物合成的天然产物。广泛应用于医药、农业、环保等领域。天然产物的结构通常通过高分辨率串联质谱进行分析，随着其可用性的增加，这种质谱变得越来越流行。然而，从串联质谱中表征非核糖体肽和聚酮化合物是一项非常重要的任务，因为除了蛋白质氨基酸之外，它们还由许多不常见的构建块组成。此外，它们中的许多具有环状和分支环状结构。在这里，我们介绍 MassSpecBlocks——一种开源和基于 Web 的工具，可将 SMILES 格式的输入化学结构转换为构建块序列。结构可以在公共数据库 PubChem 中搜索，ChemSpider、ChEBI、NP Atlas、COCONUT 和 Norine 并在用户友好的图形界面中进行编辑。尽管 MassSpecBlocks 可以用作独立数据库，但我们的主要目标是能够轻松构建自定义序列和构建块数据库，这些数据库可用于在 CycloBranch 软件中注释质谱图。CycloBranch 是我们最近发布的一种开源、跨平台和独立工具，用于注释线性、环状、分支和分支环状非核糖体肽和聚酮化合物铁载体的光谱。在 MassSpecBlocks 中创建的序列和构建块可以轻松导出为 CycloBranch 使用的纯文本格式。MassSpecBlocks 可在线使用或完全离线安装。它提供了一个 REST API 来与其他工具合作。和 Norine 并在用户友好的图形界面中进行编辑。尽管 MassSpecBlocks 可以用作独立数据库，但我们的主要目标是能够轻松构建自定义序列和构建块数据库，这些数据库可用于在 CycloBranch 软件中注释质谱图。CycloBranch 是我们最近发布的一种开源、跨平台和独立工具，用于注释线性、环状、分支和分支环状非核糖体肽和聚酮化合物铁载体的光谱。在 MassSpecBlocks 中创建的序列和构建块可以轻松导出为 CycloBranch 使用的纯文本格式。MassSpecBlocks 可在线使用或完全离线安装。它提供了一个 REST API 来与其他工具合作。和 Norine 并在用户友好的图形界面中进行编辑。尽管 MassSpecBlocks 可以用作独立数据库，但我们的主要目标是能够轻松构建自定义序列和构建块数据库，这些数据库可用于在 CycloBranch 软件中注释质谱图。CycloBranch 是我们最近发布的一种开源、跨平台和独立工具，用于注释线性、环状、分支和分支环状非核糖体肽和聚酮化合物铁载体的光谱。在 MassSpecBlocks 中创建的序列和构建块可以轻松导出为 CycloBranch 使用的纯文本格式。MassSpecBlocks 可在线使用或完全离线安装。它提供了一个 REST API 来与其他工具合作。我们的主要目标是能够轻松构建自定义序列和构建块数据库，这些数据库可用于在 CycloBranch 软件中注释质谱图。CycloBranch 是我们最近发布的一种开源、跨平台和独立工具，用于注释线性、环状、分支和分支环状非核糖体肽和聚酮化合物铁载体的光谱。在 MassSpecBlocks 中创建的序列和构建块可以轻松导出为 CycloBranch 使用的纯文本格式。MassSpecBlocks 可在线使用或完全离线安装。它提供了一个 REST API 来与其他工具合作。我们的主要目标是能够轻松构建自定义序列和构建块数据库，这些数据库可用于在 CycloBranch 软件中注释质谱图。CycloBranch 是我们最近发布的一种开源、跨平台和独立工具，用于注释线性、环状、分支和分支环状非核糖体肽和聚酮化合物铁载体的光谱。在 MassSpecBlocks 中创建的序列和构建块可以轻松导出为 CycloBranch 使用的纯文本格式。MassSpecBlocks 可在线使用或完全离线安装。它提供了一个 REST API 来与其他工具合作。我们最近发布的独立工具，用于注释线性、环状、分支和分支环状非核糖体肽和聚酮化合物铁载体的光谱。在 MassSpecBlocks 中创建的序列和构建块可以轻松导出为 CycloBranch 使用的纯文本格式。MassSpecBlocks 可在线使用或完全离线安装。它提供了一个 REST API 来与其他工具合作。我们最近发布的独立工具，用于注释线性、环状、分支和分支环状非核糖体肽和聚酮化合物铁载体的光谱。在 MassSpecBlocks 中创建的序列和构建块可以轻松导出为 CycloBranch 使用的纯文本格式。MassSpecBlocks 可在线使用或完全离线安装。它提供了一个 REST API 来与其他工具合作。