Over 30 polymorphisms in the KIT Proto-Oncogene Receptor Tyrosine Kinase (KIT) gene have been implicated in white spotting patterns ranging from small areas to full dermal depigmentation in the horse. We performed a candidate-gene exon sequencing approach on KIT and MITF, 2 known causatives of white spotting patterns, within 2 families of horses of unknown white spotting. Family 1 (Fam1, N = 5) consisted of a Quarter Horse stallion and 4 offspring with white spotting pattern ranging from legs, lower ventral, and head regions with jagged borders, to almost complete white. The second family (Fam2, N = 7) consisted of 6 half-sibling American Paint Horse/Quarter Horse and their dam, demonstrating unpigmented limbs with belly spots and an extensive white patterning on the face. This approach resulted in 2 variants significantly associated with familial phenotypes, where Fam1 variant is an indel leading to a frameshift mutation, and Fam2 a non-synonymous SNP. We validated the variants within an unrelated population of horses (Fam2 variant, P = 0.00271944) as well as for protein functional impact with ExPASy, Protter, Phyre2, SMART, PROVEAN, SIFT, and I-TASSER, confirming the reported associations. Fam1 associated variant, deemed W31, alters the protein sequence, leading to an early stop codon truncating the normal amino acid sequence from 972 to just 115 amino acids. Fam2 associated variant, deemed W32, may have a subtle impact on receptor function or could be in linkage with a non-coding or regulatory change creating the mild spotting pattern observed in this family.

中文翻译：

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KIT 的两种变体导致股票型马出现白色图案

KIT 原癌基因受体酪氨酸激酶 (KIT) 基因中的 30 多种多态性与马的白斑模式有关，范围从小区域到全真皮脱色。我们对 KIT 和 MITF（白斑模式的 2 个已知成因）在 2 个未知白斑马科中进行了候选基因外显子测序方法。家族 1 (Fam1, N = 5) 由一匹夸特马种马和 4 个具有白色斑点图案的后代组成，从腿部、下腹部和具有锯齿状边界的头部区域到几乎完全白色。第二个家庭 (Fam2, N = 7) 由 6 只半兄弟姐妹组成的 American Paint Horse/Quarter Horse 及其母系，展示了带有腹部斑点的无色素四肢和面部广泛的白色图案。这种方法产生了 2 个与家族表型显着相关的变体，其中 Fam1 变体是导致移码突变的插入缺失，而 Fam2 是非同义 SNP。我们验证了不相关的马群中的变体（Fam2 变体，P = 0.00271944）以及 ExPASy、Protter、Phyre2、SMART、PROVEAN、SIFT 和 I-TASSER 对蛋白质功能的影响，证实了报告的关联。Fam1 相关变体，被认为是 W31，改变了蛋白质序列，导致早期终止密码子将正常氨基酸序列从 972 截断至仅 115 个氨基酸。Fam2 相关变体，被认为是 W32，可能对受体功能产生微妙的影响，或者可能与非编码或调节变化有关，从而在该家族中观察到轻微的斑点模式。其中 Fam1 变体是导致移码突变的插入缺失，而 Fam2 是非同义 SNP。我们验证了不相关的马群中的变体（Fam2 变体，P = 0.00271944）以及 ExPASy、Protter、Phyre2、SMART、PROVEAN、SIFT 和 I-TASSER 对蛋白质功能的影响，证实了报告的关联。Fam1 相关变体，被认为是 W31，改变了蛋白质序列，导致早期终止密码子将正常氨基酸序列从 972 截断至仅 115 个氨基酸。Fam2 相关变体，被认为是 W32，可能对受体功能产生微妙的影响，或者可能与非编码或调节变化有关，从而在该家族中观察到轻微的斑点模式。其中 Fam1 变体是导致移码突变的插入缺失，而 Fam2 是非同义 SNP。我们验证了不相关的马群中的变体（Fam2 变体，P = 0.00271944）以及 ExPASy、Protter、Phyre2、SMART、PROVEAN、SIFT 和 I-TASSER 对蛋白质功能的影响，证实了报告的关联。Fam1 相关变体，被认为是 W31，改变了蛋白质序列，导致早期终止密码子将正常氨基酸序列从 972 截断至仅 115 个氨基酸。Fam2 相关变体，被认为是 W32，可能对受体功能产生微妙的影响，或者可能与非编码或调节变化有关，从而在该家族中观察到轻微的斑点模式。00271944）以及与 ExPASy、Protter、Phyre2、SMART、PROVEAN、SIFT 和 I-TASSER 对蛋白质功能的影响，证实了报告的关联。Fam1 相关变体，被认为是 W31，改变了蛋白质序列，导致早期终止密码子将正常氨基酸序列从 972 截断至仅 115 个氨基酸。Fam2 相关变体，被认为是 W32，可能对受体功能产生微妙的影响，或者可能与非编码或调节变化有关，从而在该家族中观察到轻微的斑点模式。00271944）以及与 ExPASy、Protter、Phyre2、SMART、PROVEAN、SIFT 和 I-TASSER 对蛋白质功能的影响，证实了报告的关联。Fam1 相关变体，被认为是 W31，改变了蛋白质序列，导致早期终止密码子将正常氨基酸序列从 972 截断至仅 115 个氨基酸。Fam2 相关变体，被认为是 W32，可能对受体功能产生微妙的影响，或者可能与非编码或调节变化有关，从而在该家族中观察到轻微的斑点模式。