The rapid detection of novel pathogens including SARS-CoV-2 necessitates the development of easy-to-use diagnostic tests that can be readily adapted and utilized in both clinical laboratories and field settings. Delay in diagnosis has facilitated the rapid spread of this novel virus throughout the world resulting in global mortality that will surpass 2.5 million people. Development of point-of-care diagnostic assays that can be performed in rural or decentralized health care centers to expand testing capacity is needed. We developed a qualitative test based on recombinase-polymerase-amplification coupled with lateral flow reading (RPA-LF) for rapid detection of SARS-CoV-2. The RPA-LF detected SARS-CoV-2 with a limit of detection of 35.4 viral cDNA nucleocapsid (N) gene copies/μL. Additionally, the RPA-LF was able to detect 0.25–2.5 copies/μL of SARS-CoV-2 N gene containing plasmid. We evaluated 37 nasopharyngeal samples using CDC’s N3, N1 and N2 RT-real-time PCR assays for SARS-CoV-2 as reference test. We found a 100 % concordance between RPA-LF and RT-qPCR reference test as determined by 18/18 positive and 19/19 negative samples. All positive samples had Ct values between 19–37 by RT-qPCR. The RPA-LF primers and probe did not cross react with other relevant betacoronaviruses such as SARS and MERS. This is the first isothermal amplification test paired with lateral flow developed for qualitative detection of COVID-19 allowing rapid viral detection and with prospective applicability in resource limited and decentralized laboratories.

快速检测包括 SARS-CoV-2 在内的新型病原体需要开发易于使用的诊断测试，这些测试可以很容易地在临床实验室和现场环境中进行调整和使用。诊断延迟促进了这种新型病毒在全世界的迅速传播，导致全球死亡人数将超过 250 万人。需要开发可以在农村或分散的医疗保健中心进行的即时诊断检测，以扩大检测能力。我们开发了一种基于重组酶-聚合酶-扩增和横向流动读数 (RPA-LF) 的定性测试，用于快速检测 SARS-CoV-2。RPA-LF 检测 SARS-CoV-2 的检测限为 35.4 个病毒 cDNA 核衣壳 (N) 基因拷贝/μL。此外，RPA-LF 能够检测到 0.25–2。5 拷贝/μL 的 SARS-CoV-2 N 基因质粒。我们使用 CDC 的 N3、N1 和 N2 RT-real-time PCR 检测 SARS-CoV-2 作为参考检测评估了 37 个鼻咽样本。我们发现 RPA-LF 和 RT-qPCR 参考测试之间有 100% 的一致性，由 18/18 阳性样本和 19/19 阴性样本确定。通过 RT-qPCR，所有阳性样品的 Ct 值都在 19-37 之间。RPA-LF 引物和探针不与其他相关的 β 冠状病毒（如 SARS 和 MERS）发生交叉反应。这是第一个与横向流动配对的等温扩增测试，用于定性检测 COVID-19，允许快速病毒检测，并具有在资源有限和分散实验室中的预期适用性。SARS-CoV-2 的 N1 和 N2 RT-实时 PCR 检测作为参考检测。我们发现 RPA-LF 和 RT-qPCR 参考测试之间有 100% 的一致性，由 18/18 阳性样本和 19/19 阴性样本确定。通过 RT-qPCR，所有阳性样品的 Ct 值都在 19-37 之间。RPA-LF 引物和探针不与其他相关的 β 冠状病毒（如 SARS 和 MERS）发生交叉反应。这是第一个与横向流动配对的等温扩增测试，用于定性检测 COVID-19，允许快速病毒检测，并具有在资源有限和分散实验室中的预期适用性。SARS-CoV-2 的 N1 和 N2 RT-实时 PCR 检测作为参考检测。我们发现 RPA-LF 和 RT-qPCR 参考测试之间有 100% 的一致性，由 18/18 阳性样本和 19/19 阴性样本确定。通过 RT-qPCR，所有阳性样品的 Ct 值都在 19-37 之间。RPA-LF 引物和探针不与其他相关的 β 冠状病毒（如 SARS 和 MERS）发生交叉反应。这是第一个与横向流动配对的等温扩增测试，用于定性检测 COVID-19，允许快速病毒检测，并具有在资源有限和分散实验室中的预期适用性。RPA-LF 引物和探针不与其他相关的 β 冠状病毒（如 SARS 和 MERS）发生交叉反应。这是第一个与横向流动配对的等温扩增测试，用于定性检测 COVID-19，允许快速病毒检测，并具有在资源有限和分散实验室中的预期适用性。RPA-LF 引物和探针不与其他相关的 β 冠状病毒（如 SARS 和 MERS）发生交叉反应。这是第一个与横向流动配对的等温扩增测试，用于定性检测 COVID-19，允许快速病毒检测，并具有在资源有限和分散实验室中的预期适用性。