Stem Cell Reviews and Reports ( IF 4.5 ) Pub Date : 2021-06-28 , DOI: 10.1007/s12015-021-10209-8 Hesam Dehghani 1, 2, 3
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Chromatin is organized as chromosome territories in the nucleus of an interphase cell. The cell-type- and cell-state-specific organization of chromatin including the location, volume, compaction level, and spatial arrangement of chromosome territories are the major determinants of genome function. In addition, in response to different signaling stimuli and regulatory cues, it is the dynamic adaptation of chromatin structure that establishes and organizes transcriptional programs. It is known that varying levels of stemness are defined by gene regulatory networks. Accordingly, chromatin is the main milieu to host the transcriptional programs and gene regulatory networks responsible for the stemness status of a cell. In this review, our current understanding of the spatial organization of chromatin and the ways by which it defines stemness are discussed. In particular, the role of lncRNAs that regulate and affect chromatin organization and stemness properties are delineated. These roles can be categorized into the topics of specific binding to and epigenetic regulation of the promoter of pluripotency genes, their interaction with transcription factors, coordinating the intra- and inter-chromosomal looping of pluripotency-related genes, and their RNA-independent functions. This review brings together the results of studies that have begun to clarify the emerging roles of lncRNAs in the regulation of chromatin organization adapted for stemness and cancer plasticity.
Graphical abstract
中文翻译：
染色质组织在细胞干性中的调控：长链非编码 RNA 的新兴作用
染色质被组织为间期细胞核中的染色体区域。染色质的细胞类型和细胞状态特异性组织，包括染色体区域的位置、体积、压缩水平和空间排列，是基因组功能的主要决定因素。此外，为了响应不同的信号刺激和调控线索，建立和组织转录程序的是染色质结构的动态适应。众所周知，不同水平的干性是由基因调控网络定义的。因此，染色质是承载负责细胞干性状态的转录程序和基因调控网络的主要环境。在本次审查中，我们目前对染色质空间组织的理解以及它定义干性的方式进行了讨论。特别是，描述了调节和影响染色质组织和干性特性的 lncRNA 的作用。这些作用可分为多能性基因启动子的特异性结合和表观遗传调控、它们与转录因子的相互作用、协调多能性相关基因的染色体内和染色体间环以及它们的RNA独立功能等主题。这篇综述汇集了已经开始阐明 lncRNA 在适应干性和癌症可塑性的染色质组织调节中的新兴作用的研究结果。描述了调节和影响染色质组织和干性特性的 lncRNA 的作用。这些作用可分为多能性基因启动子的特异性结合和表观遗传调控、它们与转录因子的相互作用、协调多能性相关基因的染色体内和染色体间环以及它们的RNA独立功能等主题。这篇综述汇集了已经开始阐明 lncRNA 在适应干性和癌症可塑性的染色质组织调节中的新兴作用的研究结果。描述了调节和影响染色质组织和干性特性的 lncRNA 的作用。这些作用可分为多能性基因启动子的特异性结合和表观遗传调控、它们与转录因子的相互作用、协调多能性相关基因的染色体内和染色体间环以及它们的RNA独立功能等主题。这篇综述汇集了已经开始阐明 lncRNA 在适应干性和癌症可塑性的染色质组织调节中的新兴作用的研究结果。协调多能性相关基因的染色体内和染色体间循环，以及它们的 RNA 非依赖性功能。这篇综述汇集了已经开始阐明 lncRNA 在适应干性和癌症可塑性的染色质组织调节中的新兴作用的研究结果。协调多能性相关基因的染色体内和染色体间循环，以及它们的 RNA 非依赖性功能。这篇综述汇集了已经开始阐明 lncRNA 在适应干性和癌症可塑性的染色质组织调节中的新兴作用的研究结果。
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