Recent studies have implicated lung microbiota in shaping local alveolar immune responses. Toll-like receptors are major sensors of microbiota and determinants of local epithelial homeostasis. The impact of toll-like receptor deficiency on lung microbiota is unknown. To determine whether the absence of toll-like receptors results in altered lung microbiota or dysbiosis, we compared lung microbiota in wild type and toll-like receptor deficient experimental mice using 16S ribosomal RNA gene quantification and sequencing. We used a randomized environmental caging strategy to determine the impact of toll-like receptors on lung microbiota. Lung microbiota are detectable in toll-like receptor deficient experimental mice and exhibit considerable variability. The lung microbiota of toll-like receptor deficient mice are altered in community composition (PERMANOVA P<0.001), display reduced diversity (t test P=0.0075) and bacterial burden (t test P=0.016) compared to wild type mice with intact toll-like receptors and associated signaling pathways. The lung microbiota of wild type mice when randomized to cages with toll-like receptor deficient mice converged with no significant difference in community composition (PERMANOVA P>0.05) after 3 weeks of co-housing. The lung microbiome of toll-like receptor deficient mice is distinct from wild type mice and may be less susceptible to the effects of caging as an environmental variable. Our observations support a role for toll-like receptor signaling in the shaping of lung microbiota.

中文翻译：

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Toll 样受体、环境限制和肺生态失调

最近的研究表明，肺微生物群在塑造局部肺泡免疫反应中发挥了作用。Toll 样受体是微生物群的主要传感器和局部上皮稳态的决定因素。Toll 样受体缺乏对肺微生物群的影响尚不清楚。为了确定 toll 样受体的缺失是否会导致肺微生物群改变或生态失调，我们使用 16S 核糖体 RNA 基因定量和测序比较了野生型和 toll 样受体缺陷实验小鼠的肺微生物群。我们使用随机环境封闭策略来确定 toll 样受体对肺微生物群的影响。在 toll 样受体缺陷的实验小鼠中可检测到肺微生物群，并表现出相当大的变异性。与具有完整 toll 的野生型小鼠相比，toll​​ 样受体缺陷小鼠的肺微生物群在群落组成（PERMANOVA P<0.001）方面发生了改变，显示出多样性降低（t 检验 P=0.0075）和细菌负荷（t 检验 P=0.016）样受体和相关的信号通路。野生型小鼠的肺微生物群在与toll样受体缺陷小鼠随机分入笼子时，在共同居住3周后在群落组成上没有显着差异（PERMANOVA P>0.05）。Toll 样受体缺陷小鼠的肺微生物组与野生型小鼠不同，可能不太容易受到笼养作为环境变量的影响。我们的观察结果支持 Toll 样受体信号在肺微生物群形成中的作用。0075) 和细菌负荷 (t 检验 P=0.016) 与具有完整 toll 样受体和相关信号通路的野生型小鼠相比。野生型小鼠的肺微生物群在与toll样受体缺陷小鼠随机分入笼子时，在共同居住3周后在群落组成上没有显着差异（PERMANOVA P>0.05）。Toll 样受体缺陷小鼠的肺微生物组与野生型小鼠不同，可能不太容易受到笼养作为环境变量的影响。我们的观察结果支持 Toll 样受体信号在肺微生物群形成中的作用。0075) 和细菌负荷 (t 检验 P=0.016) 与具有完整 toll 样受体和相关信号通路的野生型小鼠相比。野生型小鼠的肺微生物群在与toll样受体缺陷小鼠随机分入笼子时，在共同居住3周后在群落组成上没有显着差异（PERMANOVA P>0.05）。Toll 样受体缺陷小鼠的肺微生物组与野生型小鼠不同，可能不太容易受到笼养作为环境变量的影响。我们的观察结果支持 Toll 样受体信号在肺微生物群形成中的作用。野生型小鼠的肺微生物群在与toll样受体缺陷小鼠随机分入笼子时，在共同居住3周后在群落组成上没有显着差异（PERMANOVA P>0.05）。Toll 样受体缺陷小鼠的肺微生物组与野生型小鼠不同，可能不太容易受到笼养作为环境变量的影响。我们的观察结果支持 Toll 样受体信号在肺微生物群形成中的作用。野生型小鼠的肺微生物群在与toll样受体缺陷小鼠随机分入笼子时，在共同居住3周后在群落组成上没有显着差异（PERMANOVA P>0.05）。Toll 样受体缺陷小鼠的肺微生物组与野生型小鼠不同，可能不太容易受到笼养作为环境变量的影响。我们的观察结果支持 Toll 样受体信号在肺微生物群形成中的作用。