Since its emergence in late 2019, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has been spreading remarkably fast worldwide. Effective countermeasures require the rapid development of data and tools to monitor its spread and better understand immunogenic profile. However, limited information is available about the tools and target of the immune responses to SARS-CoV-2. In this study, we excogitated a new approach for analyzing phylogenetic relationships by using the whole prototype proteome sequences. Phylogenetic analysis on the whole prototype proteome sequences showed that SARS-CoV-2 was a direct descendant of Bat-CoV and was closely related to Pangolin-CoV, Bat-SL-CoV, and SARS-CoV. The pairwise comparison of SARS-CoV-2 with Bat-CoV showed an unusual replacement of the motif consisting of seven amino acids (NNLDSKV) within the spike protein of SARS-CoV-2. The replaced motif in the spike protein of SARS-CoV-2 was found in 12 other species, including a conserved surface protein of a malaria-causing pathogen, Plasmodium malariae . We further identified the T and B cell epitope sequence homology of SARS-CoV-2 spike protein with conserved surface protein of P. malariae using the Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB). The shared immunodominant epitopes may provide immunity against SARS-CoV-2 infection to those previously infected with P. malariae .

中文翻译：

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SARS-CoV-2刺突蛋白的T细胞表位和疟疾疟原虫的保守表面蛋白具有序列同源性

自 2019 年底出现以来，严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 在全球范围内以惊人的速度传播。有效的对策需要快速开发数据和工具来监测其传播并更好地了解免疫原性特征。然而，关于 SARS-CoV-2 免疫反应的工具和目标的可用信息有限。在这项研究中，我们探索了一种通过使用整个原型蛋白质组序列来分析系统发育关系的新方法。对整个原型蛋白质组序列的系统发育分析表明，SARS-CoV-2是Bat-CoV的直系后代，与穿山甲-CoV、Bat-SL-CoV和SARS-CoV密切相关。SARS-CoV-2 与 Bat-CoV 的成对比较显示，SARS-CoV-2 的刺突蛋白中由七个氨基酸 (NNLDSKV) 组成的基序被异常替换。在其他 12 个物种中发现了 SARS-CoV-2 刺突蛋白中被取代的基序，包括引起疟疾的病原体疟疾疟原虫的保守表面蛋白。我们使用免疫表位数据库和分析资源 (IEDB) 进一步鉴定了 SARS-CoV-2 刺突蛋白与疟原虫保守表面蛋白的 T 和 B 细胞表位序列同源性。共享的免疫显性表位可以为先前感染疟原虫的人提供针对 SARS-CoV-2 感染的免疫力。包括引起疟疾的病原体疟疾疟原虫的保守表面蛋白。我们使用免疫表位数据库和分析资源 (IEDB) 进一步鉴定了 SARS-CoV-2 刺突蛋白与疟原虫保守表面蛋白的 T 和 B 细胞表位序列同源性。共享的免疫显性表位可以为先前感染疟原虫的人提供针对 SARS-CoV-2 感染的免疫力。包括引起疟疾的病原体疟疾疟原虫的保守表面蛋白。我们使用免疫表位数据库和分析资源 (IEDB) 进一步鉴定了 SARS-CoV-2 刺突蛋白与疟原虫保守表面蛋白的 T 和 B 细胞表位序列同源性。共享的免疫显性表位可以为先前感染疟原虫的人提供针对 SARS-CoV-2 感染的免疫力。