Heparan sulfate (HS) is a linear polysaccharide found in almost all animal cells and plays an important role in various biological processes. HS functions mainly via covalently binding to core proteins to form HS proteoglycans (HSPGs), which are heterogeneous in the lengths of the HS chain, the modifications on HS, and the core proteins. The molecular mechanisms underlying HSPG heterogeneity, although widely studied, are not yet fully defined. The expression profiles of HS biosynthesis enzymes and HSPG core proteins likely contribute to the HSPG heterogeneity, but these expression profiles remain poorly characterized. To investigate the expression profiles of genes encoding HS biosynthesis enzymes and HSPG core proteins, we systematically integrated the publicly available RNA sequencing data in mice. To reveal the spatial expression of these genes, we analyzed their expression in 21 mouse tissues. To reveal the temporal expression of these genes, we analyzed their expression at 17 time points during the mouse forebrain development. To determine the cell-type-specific expression of these genes, we obtained their expression profiles in 23 cell types in the mouse cerebral cortex by integrating single nucleus RNA sequencing data. Our findings demonstrate the spatial, temporal, and cell-type-specific expression of genes encoding HS biosynthesis enzymes and HSPG core proteins and represent a valuable resource to the HS research community.

中文翻译：

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编码硫酸乙酰肝素生物合成酶和蛋白多糖核心蛋白的基因的空间、时间和细胞类型特异性表达谱

硫酸乙酰肝素 (HS) 是一种线性多糖，几乎存在于所有动物细胞中，在各种生物过程中发挥着重要作用。HS 主要通过与核心蛋白共价结合形成 HS 蛋白聚糖 (HSPG) 发挥作用，HS 蛋白聚糖 (HSPG) 在 HS 链的长度、HS 上的修饰和核心蛋白方面是异质的。HSPG 异质性的分子机制虽然被广泛研究，但尚未完全确定。HS 生物合成酶和 HSPG 核心蛋白的表达谱可能有助于 HSPG 异质性，但这些表达谱的特征仍然很差。为了研究编码 HS 生物合成酶和 HSPG 核心蛋白的基因的表达谱，我们系统地整合了小鼠中公开可用的 RNA 测序数据。为了揭示这些基因的空间表达，我们分析了它们在 21 种小鼠组织中的表达。为了揭示这些基因的时间表达，我们分析了它们在小鼠前脑发育过程中 17 个时间点的表达。为了确定这些基因的细胞类型特异性表达，我们通过整合单核 RNA 测序数据获得了它们在小鼠大脑皮层中 23 种细胞类型中的表达谱。我们的研究结果证明了编码 HS 生物合成酶和 HSPG 核心蛋白的基因的空间、时间和细胞类型特异性表达，并代表了 HS 研究界的宝贵资源。我们通过整合单核 RNA 测序数据获得了它们在小鼠大脑皮层中 23 种细胞类型中的表达谱。我们的研究结果证明了编码 HS 生物合成酶和 HSPG 核心蛋白的基因的空间、时间和细胞类型特异性表达，并代表了 HS 研究界的宝贵资源。我们通过整合单核 RNA 测序数据获得了它们在小鼠大脑皮层中 23 种细胞类型中的表达谱。我们的研究结果证明了编码 HS 生物合成酶和 HSPG 核心蛋白的基因的空间、时间和细胞类型特异性表达，并代表了 HS 研究界的宝贵资源。