Indirect (environmental) and direct (host–host) transmission pathways cannot easily be distinguished when they co-occur in epidemics, particularly when they occur on similar time scales. Phylodynamic reconstruction is a potential approach to this problem that combines epidemiological information (temporal, spatial information) with pathogen whole-genome sequencing data to infer transmission trees of epidemics. However, factors such as differences in mutation and transmission rates between host and non-host environments may obscure phylogenetic inference from these methods. In this study, we used a network-based transmission model that explicitly models pathogen evolution to simulate epidemics with both direct and indirect transmission. Epidemics were simulated according to factorial combinations of direct/indirect transmission proportions, host mutation rates and conditions of environmental pathogen growth. Transmission trees were then reconstructed using the phylodynamic approach SCOTTI (structured coalescent transmission tree inference) and evaluated. We found that although insufficient diversity sets a lower bound on when accurate phylodynamic inferences can be made, transmission routes and assumed pathogen lifestyle affected pathogen population structure and subsequently influenced both reconstruction success and the likelihood of direct versus indirect pathways being reconstructed. We conclude that prior knowledge of the likely ecology and population structure of pathogens in host and non-host environments is critical to fully using phylodynamic techniques.

间接（环境）和直接（宿主-宿主）传播途径在流行病中同时发生时不易区分，特别是当它们发生在相似的时间尺度上时。系统动力学重建是解决这一问题的一种潜在方法，它将流行病学信息（时间、空间信息）与病原体全基因组测序数据相结合，以推断流行病的传播树。然而，宿主和非宿主环境之间的突变和传播率差异等因素可能会掩盖这些方法的系统发育推断。在这项研究中，我们使用了基于网络的传播模型，该模型明确地模拟了病原体进化，以模拟直接和间接传播的流行病。根据直接/间接传播比例的因子组合模拟流行病，宿主突变率和环境病原体生长条件。然后使用系统动力学方法SCOTTI（结构化合并传输树推理）重建传输树并进行评估。我们发现，尽管多样性不足为何时可以做出准确的系统动力学推断设定了下限，但传播途径和假定的病原体生活方式会影响病原体种群结构，并随后影响重建成功和重建直接与间接途径的可能性。我们得出结论，对宿主和非宿主环境中病原体可能的生态学和种群结构的先验知识对于充分利用系统动力学技术至关重要。然后使用系统动力学方法SCOTTI（结构化合并传输树推理）重建传输树并进行评估。我们发现，尽管多样性不足为何时可以做出准确的系统动力学推断设定了下限，但传播途径和假定的病原体生活方式会影响病原体种群结构，并随后影响重建成功和重建直接与间接途径的可能性。我们得出结论，对宿主和非宿主环境中病原体可能的生态学和种群结构的先验知识对于充分利用系统动力学技术至关重要。然后使用系统动力学方法SCOTTI（结构化合并传输树推理）重建传输树并进行评估。我们发现，尽管多样性不足为何时可以做出准确的系统动力学推断设定了下限，但传播途径和假定的病原体生活方式会影响病原体种群结构，并随后影响重建成功和重建直接与间接途径的可能性。我们得出结论，对宿主和非宿主环境中病原体可能的生态学和种群结构的先验知识对于充分利用系统动力学技术至关重要。我们发现，尽管多样性不足为何时可以做出准确的系统动力学推断设定了下限，但传播途径和假定的病原体生活方式会影响病原体种群结构，并随后影响重建成功和重建直接与间接途径的可能性。我们得出结论，对宿主和非宿主环境中病原体可能的生态学和种群结构的先验知识对于充分利用系统动力学技术至关重要。我们发现，尽管多样性不足为何时可以做出准确的系统动力学推断设定了下限，但传播途径和假定的病原体生活方式会影响病原体种群结构，并随后影响重建成功和重建直接与间接途径的可能性。我们得出结论，对宿主和非宿主环境中病原体可能的生态学和种群结构的先验知识对于充分利用系统动力学技术至关重要。