This study was to identify important circRNA-miRNA-mRNA (ceRNAs) regulatory mechanisms in hepatocellular carcinoma (HCC). The circRNA dataset GSE97332 and miRNA dataset GSE57555 were used for analyses. Functional enrichment analysis for miRNA and target gene was conducted using cluster Profiler. Survival analysis was conducted through R package Survival. The ceRNAs and drug-gene interaction networks were constructed. The ceRNAs network contained five miRNAs including hsa-miR-25-3p, hsa-miR-3692-5p, hsa-miR-4270, hsa-miR-331-3p, and hsa-miR-125a-3p. Among the network, hsa-miR-25-3p targeted the most genes, hsa-miR-3692-5p and hsa-miR-4270 were targeted by more circRNAs than other miRNAs, hsa-circ-0034326 and hsa-circ-0011950 interacted with three miRNAs. Furthermore, target genes, including NRAS, ITGA5, SLC7A1, SEC14L2, SLC12A5, and SMAD2 were obtained in drug-gene interaction network. Survival analysis showed NRAS, ITGA5, SLC7A1, SEC14L2, SLC12A5, and SMAD2 were significantly associated with prognosis of HCC. NRAS, ITGA5, and SMAD2 were significantly enriched in proteoglycans in cancer. Moreover, hsa-circ-0034326 and hsa-circ-0011950 might function as ceRNAs to play key roles in HCC. Furthermore, miR-25-3p, miR-3692-5p, and miR-4270 might be significant for HCC development. NRAS, ITGA5, SEC14L2, SLC12A5, and SMAD2 might be prognostic factors for HCC patients via proteoglycans in cancer pathway. Taken together, the findings will provide novel insight into pathogenesis, selection of therapeutic targets and prognostic factors for HCC.

中文翻译：

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肝细胞癌中circRNA-miRNA-mRNA调控网络的鉴定与分析。

本研究旨在确定肝细胞癌 (HCC) 中重要的 circRNA-miRNA-mRNA (ceRNA) 调控机制。circRNA 数据集 GSE97332 和 miRNA 数据集 GSE57555 用于分析。使用cluster Profiler进行miRNA和靶基因的功能富集分析。通过 R 包 Survival 进行生存分析。构建了ceRNA和药物-基因相互作用网络。ceRNAs 网络包含五种 miRNA，包括 hsa-miR-25-3p、hsa-miR-3692-5p、hsa-miR-4270、hsa-miR-331-3p 和 hsa-miR-125a-3p。在网络中，hsa-miR-25-3p 靶向的基因最多，hsa-miR-3692-5p 和 hsa-miR-4270 比其他 miRNA 被更多的 circRNA 靶向，hsa-circ-0034326 和 hsa-circ-0011950 相互作用与三个 miRNA。此外，靶基因，包括 NRAS、ITGA5、SLC7A1、SEC14L2、SLC12A5、和 SMAD2 是在药物-基因相互作用网络中获得的。生存分析显示NRAS、ITGA5、SLC7A1、SEC14L2、SLC12A5和SMAD2与HCC预后显着相关。NRAS、ITGA5 和 SMAD2 在癌症中的蛋白多糖中显着富集。此外，hsa-circ-0034326 和 hsa-circ-0011950 可能作为 ceRNA 在 HCC 中发挥关键作用。此外，miR-25-3p、miR-3692-5p 和 miR-4270 可能对 HCC 发展具有重要意义。NRAS、ITGA5、SEC14L2、SLC12A5 和 SMAD2 可能是通过癌症通路中的蛋白聚糖影响 HCC 患者的预后因素。总之，这些发现将为HCC的发病机制、治疗靶点的选择和预后因素提供新的见解。和 SMAD2 与 HCC 的预后显着相关。NRAS、ITGA5 和 SMAD2 在癌症中的蛋白多糖中显着富集。此外，hsa-circ-0034326 和 hsa-circ-0011950 可能作为 ceRNA 在 HCC 中发挥关键作用。此外，miR-25-3p、miR-3692-5p 和 miR-4270 可能对 HCC 发展具有重要意义。NRAS、ITGA5、SEC14L2、SLC12A5 和 SMAD2 可能是通过癌症通路中的蛋白聚糖影响 HCC 患者的预后因素。总之，这些发现将为HCC的发病机制、治疗靶点的选择和预后因素提供新的见解。和 SMAD2 与 HCC 的预后显着相关。NRAS、ITGA5 和 SMAD2 在癌症中的蛋白多糖中显着富集。此外，hsa-circ-0034326 和 hsa-circ-0011950 可能作为 ceRNA 在 HCC 中发挥关键作用。此外，miR-25-3p、miR-3692-5p 和 miR-4270 可能对 HCC 发展具有重要意义。NRAS、ITGA5、SEC14L2、SLC12A5 和 SMAD2 可能是通过癌症通路中的蛋白聚糖影响 HCC 患者的预后因素。总之，这些发现将为HCC的发病机制、治疗靶点的选择和预后因素提供新的见解。和 miR-4270 可能对 HCC 发展具有重要意义。NRAS、ITGA5、SEC14L2、SLC12A5 和 SMAD2 可能是通过癌症通路中的蛋白聚糖影响 HCC 患者的预后因素。总之，这些发现将为HCC的发病机制、治疗靶点的选择和预后因素提供新的见解。和 miR-4270 可能对 HCC 发展具有重要意义。NRAS、ITGA5、SEC14L2、SLC12A5 和 SMAD2 可能是通过癌症通路中的蛋白聚糖影响 HCC 患者的预后因素。总之，这些发现将为HCC的发病机制、治疗靶点的选择和预后因素提供新的见解。