1. Cophylogenetic methods describe discordance between non-independent phylogenies.
2. Simulation is necessary for testing cophylogenetic methods, but few simulators exist that are capable of generating data under explicit and biologically meaningful models.
3. We present an R package, treeducken, for simulating host–symbiont evolution and gene-tree–species-tree evolution.
4. treeducken provides a straightforward and reproducible interface for simulating cophylogenetic data. This allows easier performance testing of methods and has potential applications in machine learning (ML) and approximate Bayesian computation (ABC) approaches.

中文翻译：

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treeducken：用于模拟系统发育系统的 R 包

1. Cophylogenetic 方法描述了非独立系统发育之间的不一致。
2. 模拟对于测试共系发生方法是必要的，但很少有模拟器能够在显式和具有生物学意义的模型下生成数据。
3. 我们提出了一个 R 包，treeducken，用于模拟宿主-共生体进化和基因树-物种-树进化。
4. treeducken 为模拟共系统发育数据提供了一个简单且可重复的界面。这使得方法的性能测试更容易，并且在机器学习 (ML) 和近似贝叶斯计算 (ABC) 方法中具有潜在的应用。