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The giant axolotl genome uncovers the evolution, scaling, and transcriptional control of complex gene loci [Developmental Biology]
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ( IF 9.412 ) Pub Date : 2021-04-13 , DOI: 10.1073/pnas.2017176118
Siegfried Schloissnig, Akane Kawaguchi, Sergej Nowoshilow, Francisco Falcon, Leo Otsuki, Pietro Tardivo, Nataliya Timoshevskaya, Melissa C. Keinath, Jeramiah James Smith, S. Randal Voss, Elly M. Tanaka

Vertebrates harbor recognizably orthologous gene complements but vary 100-fold in genome size. How chromosomal organization scales with genome expansion is unclear, and how acute changes in gene regulation, as during axolotl limb regeneration, occur in the context of a vast genome has remained a riddle. Here, we describe the chromosome-scale assembly of the giant, 32 Gb axolotl genome. Hi-C contact data revealed the scaling properties of interphase and mitotic chromosome organization. Analysis of the assembly yielded understanding of the evolution of large, syntenic multigene clusters, including the Major Histocompatibility Complex (MHC) and the functional regulatory landscape of the Fibroblast Growth Factor 8 (Axfgf8) region. The axolotl serves as a primary model for studying successful regeneration.



中文翻译:

巨大的a基因组揭示了复杂基因位点的进化,缩放和转录控制[发展生物学]

脊椎动物具有可识别的直系同源基因补体,但基因组大小变化100倍。目前尚不清楚染色体组织如何随基因组扩展而缩放,以及在庞大的基因组背景下如何发生基因调控的急性变化,例如在腋生肢体再生期间如何发生。在这里,我们描述了巨大的32 Gb x基因组的染色体规模装配。Hi-C接触数据揭示了相间和有丝分裂染色体组织的缩放性质。大会的分析产生了对大型,同步多基因簇,包括主要组织相容性复合体(MHC)和成纤维细胞生长因子8(Axfgf8)区域的功能性监管格局的演变的了解。x是研究成功再生的主要模型。

更新日期:2021-04-08
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