ABSTRACT

The real-time quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is widely used for gene expression analysis, owing to its advantages of high specificity, sensitivity and repeatability. Suitable reference gene is an absolute prerequisite for accurate normalisation. In this study, three computational statistical methods before performing RT-qPCR, including geNorm, NormFinder and BestKeeper was used to integrated expression stability evaluations of 12 frequently-used reference genes in Dianthus caryophyllus across different experimental conditions. The results showed that the expression stability of candidate genes varies greatly in different sample pools. The expression of TIP41 (TIP41-like family protein) and UBQ10 (ubiquitin10) was relatively stable under different experimental conditions, while CYP (cytochrome P450) and TUA (a tubulin) could act as reliable internal controls in different tissues. The reliable reference genes under treatment of hormone, heavy metal, salt, heat, cold, flooding and drought were EF1α (elongation factor 1 alpha)/TIF5A (translation initiation factor 5A), UBQ10/18S (18S Ribosome RNA), UBQ10/CYP, TUB (β-tubulin gene)/TIP41 (TIP41-like family protein), TIF5A/EF1α, TUB/TIP41 and TIP41/PP2A (protein phosphatase 2A). Some common housekeeping genes, such as ACT (actin gene) and GAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), exhibited unstable expression patterns. This was the first systematic study on the stability of internal reference genes of selection of reference genes in Carnation.

摘要

实时定量逆转录 PCR (RT-qPCR) 因其具有高特异性、灵敏度和可重复性等优点而被广泛用于基因表达分析。合适的参考基因是准确归一化的绝对先决条件。在这项研究中，在进行 RT-qPCR 之前，包括 geNorm、NormFinder 和 BestKeeper 的三种计算统计方法被用于在不同实验条件下对石竹中 12 个常用参考基因​​的表达稳定性评估。结果表明，候选基因在不同样本库中的表达稳定性差异很大。TIP41（TIP41-like family protein）和UBQ10（ubiquitin10）在不同实验条件下的表达相对稳定，而 CYP（细胞色素 P450）和 TUA（一种微管蛋白）可以作为不同组织中可靠的内部对照。在激素、重金属、盐、热、冷、洪水和干旱处理下的可靠参考基因为EF1α（延伸因子1α）/TIF5A（翻译起始因子5A）、UBQ10/18S（18S核糖体RNA）、UBQ10/CYP ，TUB（β-微管蛋白基因）/TIP41（TIP41 样家族蛋白）、TIF5A/EF1α、TUB/TIP41 和 TIP41/PP2A（蛋白磷酸酶 2A）。一些常见的管家基因，例如 ACT（肌动蛋白基因）和 GAPDH（3-磷酸甘油醛脱氢酶），表现出不稳定的表达模式。这是康乃馨选择内参基因稳定性的第一次系统研究。盐、热、冷、洪水和干旱分别为 EF1α（延伸因子 1 α）/TIF5A（翻译起始因子 5A）、UBQ10/18S（18S 核糖体 RNA）、UBQ10/CYP、TUB（β-微管蛋白基因）/TIP41（TIP41）样家族蛋白）、TIF5A/EF1α、TUB/TIP41 和 TIP41/PP2A（蛋白磷酸酶 2A）。一些常见的看家基因，如ACT（肌动蛋白基因）和GAPDH（3-磷酸甘油醛脱氢酶），表现出不稳定的表达模式。这是康乃馨选择内参基因稳定性的第一次系统研究。盐、热、冷、洪水和干旱分别为 EF1α（延伸因子 1 α）/TIF5A（翻译起始因子 5A）、UBQ10/18S（18S 核糖体 RNA）、UBQ10/CYP、TUB（β-微管蛋白基因）/TIP41（TIP41）样家族蛋白）、TIF5A/EF1α、TUB/TIP41 和 TIP41/PP2A（蛋白磷酸酶 2A）。一些常见的管家基因，例如 ACT（肌动蛋白基因）和 GAPDH（3-磷酸甘油醛脱氢酶），表现出不稳定的表达模式。这是康乃馨选择内参基因稳定性的第一次系统研究。一些常见的管家基因，例如 ACT（肌动蛋白基因）和 GAPDH（3-磷酸甘油醛脱氢酶），表现出不稳定的表达模式。这是康乃馨选择内参基因稳定性的第一次系统研究。一些常见的管家基因，例如 ACT（肌动蛋白基因）和 GAPDH（3-磷酸甘油醛脱氢酶），表现出不稳定的表达模式。这是康乃馨选择内参基因稳定性的第一次系统研究。