当前位置: X-MOL 学术J. Phys. Chem. B › 论文详情
Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
通过局部振动模式对蛋白质中氢键的系统检测和表征
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2021-03-05 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c11392
Niraj Verma 1 , Yunwen Tao 1 , Elfi Kraka 1
Affiliation  

我们推出了一个新软件,氢键的有效检测(EDHB),可根据最近邻居算法系统地检测氢键。EDHB对分子间和分子内氢键以及氢键网络进行分类。EDHB在执行速度方面胜过常用的氢键检测方法。EDHB的另一个重要重要特征是,先前的量子化学研究信息(即自然键轨道分析数据和第二能量导数信息)可用于确定氢键的静电/共价特征并计算局部模式氢键力常数作为其内在强度的定量度量。我们将EDHB应用到了163种蛋白质中。我们确定形成不同大小的分子内环的氢键网络是一个共同的特征,对于特定的二级结构取向(例如α-螺旋和转角)起着重要的作用。但是,这些网络对氢键强度没有重大影响。我们全面的局部模式分析揭示了有趣的结果,即氢键角是决定蛋白质中氢键强度的决定因素。EDHB提供了广泛的应用可能性。除蛋白质外,EDHB通常还可用于检测和表征蛋白质-配体相互作用,水团簇和其他系统中氢键起关键作用的分子中的氢键,以及分子动力学模拟过程中的氢键。该程序可从https://github.com/ekraka/EDHB免费获得。



"点击查看英文标题和摘要"

更新日期:2021-03-18
down
wechat
bug