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Ramachandran角指示蛋白质骨架的构象应变仅与柔韧性相关
The Journal of Physical Chemistry B ( IF 2.8 ) Pub Date : 2021-03-05 , DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c00168
Ashraya Ravikumar 1 , Alexandre G. de Brevern 2, 3, 4, 5 , Narayanaswamy Srinivasan 1
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对与自由二肽相关的能量的研究表明,与具有有利(ϕ,ψ)角的构象异构体相比,具有不利(ϕ,ψ)扭转角的构象异构体具有更高的能量。期望更高的能量赋予该蛋白质的该部分更高的动力学和灵活性。在这里,我们探讨了由于不利的(ϕ,ψ)角而在残基中的构象应变与其在蛋白质结构中的柔韧性和动力学之间的潜在关系。我们使用正常模式分析(NMA)比较了应变残基和松弛残基的柔韧性,分别根据离群值/允许残差和有利(φ,ψ)角度进行识别。我们还对蛋白激酶中催化残基的灵活性和动力学进行了深入分析,使用NMA和分子动力学模拟,它们在不同的激酶结构中表现出不同的应变状态。我们强调,由骨架扭转角定义的残基应变几乎与其相关的灵活性和动态性无关。即使在所有高分辨率结构中观察到的总体趋势(其中松弛的残基往往比应变的残基具有略高的柔韧性)也是违反直觉的。因此,我们建议基于(ϕ,ψ)值识别应变残基不是识别蛋白质结构中高能应变的有效方法。即使在所有高分辨率结构中观察到的总体趋势(其中松弛的残基往往比应变的残基具有略高的柔韧性)也是违反直觉的。因此,我们建议基于(ϕ,ψ)值识别应变残基不是识别蛋白质结构中高能应变的有效方法。即使在所有高分辨率结构中观察到的总体趋势(其中松弛的残基往往比应变的残基具有略高的柔韧性)也是违反直觉的。因此,我们建议基于(ϕ,ψ)值识别应变残基不是识别蛋白质结构中高能应变的有效方法。



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更新日期:2021-03-18
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