SARS-CoV-2大流行的日冕病毒性质的不断变化对世界卫生系统提出了前所未有的挑战。诸如英国20I / 501Y.V1和南非20H / 501Y.V2之类的新的和有力的新兴尖刺基因变体可能会危害全球为提高免疫力和降低死亡率所做的努力。这些挑战需要医学界可以迅速采用的有效的实时基因组监测解决方案。SARS-CoV-2突突蛋白介导宿主受体的识别和进入细胞，因此，它最容易产生具有增加的可传播性和致病性的变异体。刺突蛋白还是COVID-19患者中和抗体的主要靶标，也是诱导有效疫苗免疫的最常见抗原。所以，严格监测刺突蛋白基因变体是缓解COVID-19传播和疫苗逃逸突变体的关键。目前，SARS-CoV-2全基因组测序的ARTIC方法已在世界范围内应用。但是，此方法从开始到结束通常需要超过96小时（4-5天），并且在目前对样品序列的要求很高的情况下，测序资源很快就会用尽。在这项工作中，我们提出了HiSpike，一种用于刺突基因的高通量靶向下一代测序（NGS）的方法。这种简单的三步法可以在不到30小时内完成，并且与常规ARTIC方法相比，可以测序10倍以上的样品，且成本仅为一小部分。HiSpike被证明是有效的，并且已经从实时现场样本中以高质量识别出多个尖峰变体，例如英国和南非的变体。这种方法肯定会有效地发现未来的尖峰突变。因此，可以考虑运行HiSpike对所有阳性SARS-CoV-2阳性样品的刺突基因进行完整测序，以便对它们的进化过程中的已知和新出现的刺突突变进行近实时检测。HiSpike提供负担得起的排序选项，以帮助实验室节省资源，因此，它提供了一种广泛监控的工具，可以支持基于关键知识的关键决策。



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