COVID-19 废水监测已获得广泛接受，可用于监测社区感染趋势。废水样品与临床样品的主要区别在于由于稀释而具有低病毒浓度和高水平的 PCR 抑制剂。因此，废水样品应通过适当设计和优化的分子工作流程进行处理，以准确量化目标。数字 PCR 已显示对环境基质抑制更敏感和更有弹性。然而，大多数 SARS-CoV-2 检测方法都是为 RT-qPCR 仪器的临床应用而设计的，然后被用于数字 PCR 平台。但尚不清楚临床 RT-qPCR 检测是否足以在数字 PCR 平台上使用。在这里，我们设计了一个专门用于 RT-ddPCR 的 N 和 E 基因复合物（ddCoV_N 和 ddCoV_E），并将它们与 nCoV_N2 和 E_Sarbeco 检测进行了基准测试。ddCoV_N 和 ddCoV_E 的检测限和废水样品浓度与 NCoV_N2 和 E_Sarbeco 相当，但显示出改进的信噪比，从而简化了解释和复用能力。从 GISAID 下载的独特序列分析中，2.12% 和 0.83% 分别存在不匹配或不会被 ddCoV_N 和 ddCoV_E 使用的引物/探针组合检测到。



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