Background and Objectives: Acquired immunodeficiency syndrome is one of the most important diseases caused by human immunodeficiency virus. Understanding its molecular pathogenesis is essential to manage the disease at the population level. In this study, a quantitative analysis of plasma proteins was carried out in drug resistant and drug respondent patients using the SWATH-MS. Methods: Sequential window acquisition of all theoretical mass spectra (SWATH-MS) is a prime technique to seek the key plasma proteins involved in virus replication and drug metabolism during therapy. Results: In total, 204 proteins were identified and quantified, 57 proteins were differentially expressed, 25 proteins were down regulated and 32 proteins were upregulated in drug resistant patients. Six proteins such as complement C4-A, immunoglobulin heavy variable 1-2, carboxylic ester hydrolase, fibulin-1, immunoglobulin lambda constant 7, secreted phosphoprotein 24 were statistically expressed in drug resistant patients compared to the drug respondent patients. Gene ontology study and protein-protein interaction networks were established in six statistically significant differentially expressed proteins of the drug resistant patients. Interpretation and Conclusion: Our findings high lights the novel proteins that were differentially expressed in drug resistant patients. A label-free quantitative proteomics method for depleted human plasma samples by SWATH-MS that can be useful in plasma proteomics research in any biological system.

中文翻译：

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通过SWATH-MS鉴定和鉴定抗药性HIV / AIDS患者的新型血浆蛋白

背景与目的：获得性免疫缺陷综合症是人类免疫缺陷病毒引起的最重要的疾病之一。了解其分子发病机理对于在人群水平上控制该疾病至关重要。在这项研究中，使用SWATH-MS对耐药和耐药患者的血浆蛋白进行了定量分析。方法：所有理论质谱的连续窗口采集（SWATH-MS）是一种主要技术，用于寻找治疗过程中涉及病毒复制和药物代谢的关键血浆蛋白。结果：在耐药患者中，总共鉴定和定量了204种蛋白质，差异表达了57种蛋白质，下调了25种蛋白质，上调了32种蛋白质。六种蛋白质，例如补体C4-A，免疫球蛋白重变量1-2，与抗药性患者相比，在抗药性患者中统计地表达了羧酸酯水解酶，fibulin-1，免疫球蛋白λ常数7，分泌的磷蛋白24。在耐药患者的六个具有统计学意义的差异表达蛋白质中建立了基因本体研究和蛋白质-蛋白质相互作用网络。解释和结论：我们的发现突出了在耐药患者中差异表达的新型蛋白质。通过SWATH-MS进行的耗尽人血浆样品的无标记定量蛋白质组学方法，可用于任何生物系统中的血浆蛋白质组学研究。与药物应答患者相比，耐药患者中分泌的磷蛋白24的表达在统计学上有所表达。在耐药患者的六个具有统计学意义的差异表达蛋白质中建立了基因本体研究和蛋白质-蛋白质相互作用网络。解释和结论：我们的发现突出了在耐药患者中差异表达的新型蛋白质。通过SWATH-MS进行的耗尽人血浆样品的无标记定量蛋白质组学方法，可用于任何生物系统中的血浆蛋白质组学研究。与药物应答患者相比，耐药患者中分泌的磷蛋白24的表达在统计学上有所表达。在耐药患者的六个具有统计学意义的差异表达蛋白质中建立了基因本体研究和蛋白质-蛋白质相互作用网络。解释和结论：我们的发现突出了在耐药患者中差异表达的新型蛋白质。通过SWATH-MS进行的耗尽人血浆样品的无标记定量蛋白质组学方法，可用于任何生物系统中的血浆蛋白质组学研究。我们的发现突出了在耐药患者中差异表达的新型蛋白质。通过SWATH-MS进行的耗尽人血浆样品的无标记定量蛋白质组学方法，可用于任何生物系统中的血浆蛋白质组学研究。我们的发现突出了在耐药患者中差异表达的新型蛋白质。通过SWATH-MS进行的耗尽人血浆样品的无标记定量蛋白质组学方法，可用于任何生物系统中的血浆蛋白质组学研究。