sangeranalyseR：在 R 中简单且交互式地处理 Sanger 测序数据,Genome Biology and Evolution

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sangeranalyseR：在 R 中简单且交互式地处理 Sanger 测序数据
Genome Biology and Evolution ( IF 3.2 ) Pub Date : 2021-02-15 , DOI: 10.1093/gbe/evab028
Kuan-Hao Chao ₁ , Kirston Barton ₂ , Sarah Palmer ₃ , Robert Lanfear ₁

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sangeranalyseR 是功能丰富、免费且开源的 R 包，用于处理 Sanger 测序数据。它允许用户通过对大多数操作使用合理的默认值，在几行 R 代码中从加载读取到保存对齐的重叠群。它还为确定如何处理单个读取和重叠群提供了完全的灵活性，无论是在 R 中的命令行还是通过交互式 Shiny 应用程序。sangeranalyseR 为 Sanger 处理流程中的所有步骤提供了广泛的选项，包括修剪读数、检测二级峰、查看色谱图、检测插入缺失和终止密码子、对齐重叠群、估计系统发育树等。输入数据可以是 ABIF 或 FASTA 格式。sangeranalyseR 附带大量在线文档，并以 FASTA 格式输出对齐和未对齐的读取和重叠群，以及详细的交互式 HTML 报告。sangeranalyseR 支持使用色盲友好的调色板来查看对齐和色谱图。它是在 MIT 许可下发布的，可用于 Bioconductor（https://bioconductor.org/packages/sangeranalyseR，上次访问时间为 2021 年 2 月 22 日）和 Github（https://github.com/roblanf/sangeranalyseR，最后访问时间为 2021 年 2 月 22 日）。

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更新日期：2021-02-15

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