‘Breast cancer gene-expression miner’ (bc-GenExMiner) is a breast cancer–associated web portal (http://bcgenex.ico.unicancer.fr). Here, we describe the development of a new statistical mining module, which permits several differential gene expression analyses, i.e. ‘Expression’ module. Sixty-two breast cancer cohorts and one healthy breast cohort with their corresponding clinicopathological information are included in bc-GenExMiner v4.5 version. Analyses are based on microarray or RNAseq transcriptomic data. Thirty-nine differential gene expression analyses, grouped into 13 categories, according to clinicopathological and molecular characteristics (‘Targeted’ and ‘Exhaustive’) and gene expression (‘Customized’), have been developed. Output results are visualized in four forms of plots. This new statistical mining module offers, among other things, the possibility to compare gene expression in healthy (cancer-free), tumour-adjacent and tumour tissues at once and in three triple-negative breast cancer subtypes (i.e. C1: molecular apocrine tumours; C2: basal-like tumours infiltrated by immune suppressive cells and C3: basal-like tumours triggering an ineffective immune response). Several validation tests showed that bioinformatics process did not alter the pathobiological information contained in the source data. In this work, we developed and demonstrated that bc-GenExMiner ‘Expression’ module can be used for exploratory and validation purposes. Database URL: http://bcgenex.ico.unicancer.fr

中文翻译：

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bc-GenExMiner 4.5：新的挖掘模块计算乳腺癌差异基因表达分析

“乳腺癌基因表达挖掘器”（bc-GenExMiner）是一个与乳腺癌相关的门户网站（http://bcgenex.ico.unicancer.fr）。在这里，我们描述了一个新的统计挖掘模块的开发，它允许进行几种差异基因表达分析，即“表达”模块。bc-GenExMiner v4.5 版本包含 62 个乳腺癌队列和 1 个健康乳腺队列及其相应的临床病理学信息。分析基于微阵列或 RNAseq 转录组数据。根据临床病理学和分子特征（“靶向”和“详尽”）和基因表达（“定制”），已开发出 39 种差异基因表达分析，分为 13 类。输出结果以四种形式的图表可视化。这个新的统计挖掘模块提供，除其他外，可以同时比较健康（无癌症）、肿瘤邻近组织和肿瘤组织以及三种三阴性乳腺癌亚型（即 C1：分子大汗腺瘤；C2：被免疫抑制细胞浸润的基底样肿瘤）中的基因表达C3：引发无效免疫反应的基底样肿瘤）。几项验证测试表明，生物信息学过程不会改变源数据中包含的病理生物学信息。在这项工作中，我们开发并证明了 bc-GenExMiner 'Expression' 模块可用于探索和验证目的。数据库网址：http://bcgenex.ico.unicancer.fr 被免疫抑制细胞和 C3 浸润的基底样肿瘤：引发无效免疫反应的基底样肿瘤）。几项验证测试表明，生物信息学过程不会改变源数据中包含的病理生物学信息。在这项工作中，我们开发并证明了 bc-GenExMiner 'Expression' 模块可用于探索和验证目的。数据库网址：http://bcgenex.ico.unicancer.fr 被免疫抑制细胞和 C3 浸润的基底样肿瘤：引发无效免疫反应的基底样肿瘤）。几项验证测试表明，生物信息学过程不会改变源数据中包含的病理生物学信息。在这项工作中，我们开发并证明了 bc-GenExMiner 'Expression' 模块可用于探索和验证目的。数据库网址：http://bcgenex.ico.unicancer.fr