With the increased interest in the microbiome research, gnotobiotic animals and techniques emerged again as valuable tools to investigate functional effects of host-microbe and microbe-microbe interactions. The increased demand for gnotobiotic experiments has resulted in the greater need for housing systems for short-term maintenance of gnotobiotic animals. During the last six years, the gnotobiotic facility of the Hannover Medical School has worked intensively with different housing systems for gnotobiotic animals. Here, we report our experience in handling, contamination incidence, and monitoring strategies that we apply for controlling gnotobiotic experiments. From our experience, the risk of introducing contaminants to animals housed in microisolator cages is higher than in isolators. However, with strict operating protocols, the contamination rate in these systems can be minimized. In addition to spore-forming bacteria and fungi from the environment, spore-forming bacteria from defined bacterial communities used in experiments represent the major risk for contamination of gnotobiotic experiments performed in microisolator cages. The presence/absence of contaminants in germ-free animals can be easily monitored by preparation of wet mounts and Gram staining of fecal samples. Contaminants in animals colonized with specific microorganisms need to be tracked with methods such as next-generation sequencing. However, when using PCR-based methods it is important to consider that relatively small amounts of bacterial DNA detected likely originates from food, bedding, or reagents and is not to be interpreted as true contamination.

随着对微生物组研究兴趣的提高，gnotobiotic动物和技术再次成为研究宿主微生物和微生物与微生物相互作用的功能性作用的有价值的工具。对gnotobiotic实验的需求的增加导致了对用于gnotobiotic动物的短期维护的住房系统的更大需求。在过去的六年中，汉诺威医学院的gnotobiotic设施与gnotobiotic动物的不同住房系统进行了深入合作。在这里，我们报告我们在处理，控制致癌菌实验中应用的经验，污染发生率和监测策略。根据我们的经验，将污染物引入微隔离器笼中的动物的风险要高于隔离器。但是，使用严格的操作协议，这些系统中的污染率可以最小化。除了来自环境的孢子形成细菌和真菌外，来自实验中使用的特定细菌群落的孢子形成细菌还代表了在微隔离笼中进行致生菌实验污染的主要风险。通过准备湿置物和粪便样品的革兰氏染色，可以很容易地监测无菌细菌中污染物的存在/不存在。需要用诸如下一代测序之类的方法来追踪被特定微生物定殖的动物中的污染物。但是，当使用基于PCR的方法时，重要的是要考虑到检测到的相对少量细菌DNA可能源自食物，被褥或试剂，因此不应解释为真正的污染。除了来自环境的孢子形成细菌和真菌外，来自实验中使用的特定细菌群落的孢子形成细菌还代表了在微隔离笼中进行致生菌实验污染的主要风险。通过准备湿置物和粪便样品的革兰氏染色，可以很容易地监测无菌细菌中污染物的存在/不存在。需要用诸如下一代测序之类的方法来追踪被特定微生物定殖的动物中的污染物。但是，当使用基于PCR的方法时，重要的是要考虑到检测到的相对少量细菌DNA可能源自食物，被褥或试剂，因此不应解释为真正的污染。除了来自环境的孢子形成细菌和真菌外，来自实验中使用的特定细菌群落的孢子形成细菌还代表了在微隔离笼中进行致生菌实验污染的主要风险。通过准备湿置物和粪便样品的革兰氏染色，可以很容易地监测无菌细菌中污染物的存在/不存在。需要用诸如下一代测序之类的方法来追踪被特定微生物定殖的动物中的污染物。但是，当使用基于PCR的方法时，重要的是要考虑到检测到的相对少量细菌DNA可能源自食物，被褥或试剂，因此不应解释为真正的污染。在实验中使用的来自特定细菌群落的芽孢形成细菌代表了在微隔离笼中进行的致生菌实验受到污染的主要风险。通过准备湿置物和粪便样品的革兰氏染色，可以很容易地监测无菌细菌中污染物的存在/不存在。需要用诸如下一代测序之类的方法来追踪被特定微生物定殖的动物中的污染物。但是，当使用基于PCR的方法时，重要的是要考虑到检测到的相对少量细菌DNA可能源自食物，被褥或试剂，因此不应解释为真正的污染。在实验中使用的来自特定细菌群落的孢子形成细菌代表了在微隔离笼中进行的致生菌实验受到污染的主要风险。通过准备湿置物和粪便样品的革兰氏染色，可以很容易地监测无菌细菌中污染物的存在/不存在。需要用诸如下一代测序之类的方法来追踪被特定微生物定殖的动物中的污染物。但是，当使用基于PCR的方法时，重要的是要考虑到检测到的相对少量细菌DNA可能源自食物，被褥或试剂，因此不应解释为真正的污染。通过准备湿置物和粪便样品的革兰氏染色，可以很容易地监测无菌细菌中污染物的存在/不存在。需要用诸如下一代测序之类的方法来追踪被特定微生物定殖的动物中的污染物。但是，当使用基于PCR的方法时，重要的是要考虑到检测到的相对少量细菌DNA可能源自食物，被褥或试剂，因此不应解释为真正的污染。通过准备湿置物和粪便样品的革兰氏染色，可以很容易地监测无菌细菌中污染物的存在/不存在。需要用诸如下一代测序之类的方法来追踪被特定微生物定殖的动物中的污染物。但是，当使用基于PCR的方法时，重要的是要考虑到检测到的相对少量细菌DNA可能源自食物，被褥或试剂，因此不应解释为真正的污染。