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How human serum albumin‐selective DNA aptamer binds to bovine and canine serum albumins
Biopolymers ( IF 2.9 ) Pub Date : 2021-02-10 , DOI: 10.1002/bip.23421
Nattapon Kuntip 1 , Deanpen Japrung 2 , Prapasiri Pongprayoon 1, 3
Affiliation  

Serum albumin (SA) is the most abundant carrier protein in blood. SA carries a diverse range of nutrients, drugs, and metal ions. It has wide clinical and biochemical applications. Human serum albumin (HSA) can be used as a biomarker for kidney and liver diseases. Aptasensor is one of potential HSA detection methods. HSA‐specific aptamer was selected for HSA detection. In animals, bovine serum albumin (BSA) and canine serum albumins (CSA) share high sequence similarities to HSA. Thus, it is interesting to explore the possibility of using HSA‐selective aptamer for BSA and CSA aptasensor. In this study, molecular dynamics (MD) simulations were initially employed to investigate the binding of aptamer to BSA and CSA in comparison to HSA. Like HSA, both BSA and CSA can bind aptamer, but different binding affinities are observed. BSA shows the tighter binding to aptamer than CSA. Domain III is found to be the aptamer‐binding domain although no specific aptamer conformation is captured. However, in all cases, the aptamer utilizes the 3′‐end to attach on an albumin surface. Both nucleobases and phosphate backbones on a DNA aptamer are important for albumin‐aptamer complexation. Our results imply the possibility of using HSA‐specific aptamer for BSA detection due to tighter binding observed, but may be less effective in CSA. However, the test in actual complicated condition must be further studied.

中文翻译:

人血清白蛋白选择性 DNA 适体如何与牛和犬血清白蛋白结合

血清白蛋白(SA)是血液中含量最丰富的载体蛋白。SA 携带多种营养素、药物和金属离子。它具有广泛的临床和生化应用。人血清白蛋白 (HSA) 可用作肾脏和肝脏疾病的生物标志物。适体传感器是一种潜在的 HSA 检测方法。选择 HSA 特异性适体进行 HSA 检测。在动物中,牛血清白蛋白 (BSA) 和犬血清白蛋白 (CSA) 与 HSA 具有高度的序列相似性。因此,探索将 HSA 选择性适体用于 BSA 和 CSA 适体传感器的可能性是很有趣的。在这项研究中,最初采用分子动力学 (MD) 模拟来研究适体与 BSA 和 CSA 的结合与 HSA 相比。与 HSA 一样,BSA 和 CSA 都可以结合适体,但观察到不同的结合亲和力。BSA 显示出比 CSA 与适体更紧密的结合。尽管没有捕获到特定的适体构象,但发现域 III 是适体结合域。然而,在所有情况下,适体都利用 3' 端附着在白蛋白表面。DNA适体上的核碱基和磷酸骨架对于白蛋白-适体复合很重要。由于观察到更紧密的结合,我们的结果意味着使用 HSA 特异性适体进行 BSA 检测的可能性,但在 CSA 中可能不太有效。但实际复杂条件下的测试还需进一步研究。DNA适体上的核碱基和磷酸骨架对于白蛋白-适体复合很重要。由于观察到更紧密的结合,我们的结果意味着使用 HSA 特异性适体进行 BSA 检测的可能性,但在 CSA 中可能不太有效。但实际复杂条件下的测试还需进一步研究。DNA适体上的核碱基和磷酸骨架对于白蛋白-适体复合很重要。由于观察到更紧密的结合,我们的结果意味着使用 HSA 特异性适体进行 BSA 检测的可能性,但在 CSA 中可能不太有效。但实际复杂条件下的测试还需进一步研究。
更新日期:2021-03-24
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