Sex determination and the regulation of sexual dimorphism are among the most fascinating topics in modern biology. As the most species-rich group of sexually reproducing organisms on Earth, insects have multiple sex determination systems. Though sex chromosomes and sex-biased genes are well-studied in dozens of insects, their gene sequences are scattered in various databases. Moreover, a shortage of annotation hinders the deep mining of these data. Here, we collected the chromosome-level sex chromosome data of 49 insect species, including 34 X chromosomes, 15 Z chromosomes, 5 W chromosomes and 2 Y chromosomes. We also obtained Y-linked contigs of four insects species—Anopheles gambiae, Drosophila innubila, Drosophila yakuba and Tribolium castaneum. The unannotated chromosome-level sex chromosomes were annotated using a standard pipeline, yielding a total of 123 030 protein-coding genes, 2 159 427 repeat sequences, 894 miRNAs, 1574 rRNAs, 5105 tRNAs, 395 snoRNAs (small nucleolar RNA), 54 snRNAs (small nuclear RNA) and 5959 other ncRNAs (non-coding RNA). In addition, 36 781 sex-biased genes were identified by analyzing 62 RNA-seq (RNA sequencing) datasets. Together with 5707 sex-biased genes from the Drosophila genus collected from the Sex-Associated Gene Database, we obtained a total of 42 488 sex-biased genes from 13 insect species. All these data were deposited into InSexBase, a new user-friendly database of insect sex chromosomes and sex-biased genes. Database URL: http://www.insect-genome.com/Sexdb/.

中文翻译：

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InSexBase：昆虫性染色体和性别偏向基因的注释基因组资源

性别决定和性别二态性的调节是现代生物学中最引人入胜的话题之一。作为地球上物种最丰富的有性繁殖生物群，昆虫具有多种性别决定系统。尽管性染色体和性别偏见基因在数十种昆虫中得到了充分研究，但它们的基因序列分散在各种数据库中。此外，注释的缺乏阻碍了这些数据的深度挖掘。在这里，我们收集了 49 种昆虫的染色体级性染色体数据，包括 34 条 X 染色体、15 条 Z 染色体、5 条 W 染色体和 2 条 Y 染色体。我们还获得了四种昆虫物种的 Y 连锁重叠群——冈比亚按蚊、果蝇、雅库巴果蝇和赤刺栗。使用标准管道对未注释的染色体级性染色体进行注释，共产生 123 030 个蛋白质编码基因、2 159 427 个重复序列、894 个 miRNA、1574 个 rRNA、5105 个 tRNA、395 个 snoRNA（小核仁 RNA）、54 个 snRNA（小核 RNA）和 5959 个其他 ncRNA（非编码 RNA） ）。此外，通过分析 62 个 RNA-seq（RNA 测序）数据集，鉴定出 36 781 个性别偏见基因。连同从性相关基因数据库中收集的果蝇属的 5707 个性别偏向基因，我们从 13 个昆虫物种中获得了总共 42488 个性别偏向基因。所有这些数据都存储在 InSexBase 中，这是一个新的用户友好型昆虫性染色体和性别偏见基因数据库。数据库 URL：http://www.insect-genome.com/Sexdb/。54 个 snRNA（小核 RNA）和 5959 个其他 ncRNA（非编码 RNA）。此外，通过分析 62 个 RNA-seq（RNA 测序）数据集，鉴定出 36 781 个性别偏见基因。连同从性相关基因数据库中收集的果蝇属的 5707 个性别偏向基因，我们从 13 个昆虫物种中获得了总共 42488 个性别偏向基因。所有这些数据都存储在 InSexBase 中，这是一个新的用户友好型昆虫性染色体和性别偏见基因数据库。数据库 URL：http://www.insect-genome.com/Sexdb/。54 个 snRNA（小核 RNA）和 5959 个其他 ncRNA（非编码 RNA）。此外，通过分析 62 个 RNA-seq（RNA 测序）数据集，鉴定出 36 781 个性别偏见基因。连同从性相关基因数据库中收集的果蝇属的 5707 个性别偏向基因，我们从 13 个昆虫物种中获得了总共 42488 个性别偏向基因。所有这些数据都存储在 InSexBase 中，这是一个新的用户友好型昆虫性染色体和性别偏见基因数据库。数据库 URL：http://www.insect-genome.com/Sexdb/。所有这些数据都存储在 InSexBase 中，这是一个新的用户友好型昆虫性染色体和性别偏见基因数据库。数据库 URL：http://www.insect-genome.com/Sexdb/。所有这些数据都存储在 InSexBase 中，这是一个新的用户友好型昆虫性染色体和性别偏见基因数据库。数据库 URL：http://www.insect-genome.com/Sexdb/。