The European water vole (Arvicola amphibius) is a rodent within the subfamily Arvicolinae. In Britain, water voles have declined rapidly during the last century, making them a conservation priority. The relationship of Arvicola to other genera within Arvicolinae remains debated. Additionally, the impact that captive breeding programs in Britain are having on the genetic diversity of water voles is unknown. We use available mitochondrial genomes to construct the phylogeny of species within Arvicolinae, followed by sequencing the mitochondrial DNA control region of 17 individuals from a captive population of water voles in Britain to assess their genetic diversity and population structure. Our study first provides an updated phylogenetic tree of Arvicolinae using the mitochondrial genome of 31 species. Second, our results show considerable genetic diversity in the captive population of water voles, when compared with natural populations in Britain. We confirm the grouping of British water voles into two clades, with all captive individuals found in the English/Welsh clade. Moreover, captive water voles clustered closely with populations in the South East and East of England. The mitochondrial genome provides a useful marker to study the phylogenetics of this rodent clade and in addition, our study provides support for the breeding program at Wildwood Trust and provides a framework for future conservation genetics studies in this species.

中文翻译：

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英国水田鼠（Arvicola amphibius）的线粒体基因组进化、遗传多样性和种群结构

欧洲水田鼠（Arvicola amphibius）是Arvicolinae 亚科中的一种啮齿动物。在英国，水田鼠在上个世纪迅速减少，使它们成为保护的优先事项。Arvicola 与 Arvicolinae 内其他属的关系仍有争议。此外，英国的圈养繁殖计划对水田鼠遗传多样性的影响尚不清楚。我们使用可用的线粒体基因组来构建 Arvicolinae 内物种的系统发育，然后对来自英国圈养水田鼠种群的 17 个个体的线粒体 DNA 控制区域进行测序，以评估它们的遗传多样性和种群结构。我们的研究首先使用 31 个物种的线粒体基因组提供了更新的 Arvicolinae 系统发育树。第二，我们的研究结果表明，与英国的自然种群相比，圈养的水田鼠种群具有相当大的遗传多样性。我们确认英国水田鼠分为两个进化枝，所有圈养个体都在英国/威尔士进化枝中。此外，圈养水田鼠与英格兰东南部和东部的种群密切相关。线粒体基因组为研究这种啮齿动物进化枝的系统发育学提供了有用的标记，此外，我们的研究为 Wildwood Trust 的育种计划提供了支持，并为该物种未来的保护遗传学研究提供了框架。与在英国/威尔士进化枝中发现的所有俘虏个体。此外，圈养水田鼠与英格兰东南部和东部的种群密切相关。线粒体基因组为研究这种啮齿动物进化枝的系统发育学提供了有用的标记，此外，我们的研究为 Wildwood Trust 的育种计划提供了支持，并为该物种未来的保护遗传学研究提供了框架。与在英国/威尔士进化枝中发现的所有俘虏个体。此外，圈养水田鼠与英格兰东南部和东部的种群密切相关。线粒体基因组为研究这种啮齿动物进化枝的系统发育学提供了有用的标记，此外，我们的研究为 Wildwood Trust 的育种计划提供了支持，并为该物种未来的保护遗传学研究提供了框架。