Assay for transposase-accessible chromatin using sequencing data (ATAC-seq) is an efficient and precise method for revealing chromatin accessibility across the genome. Most of the current ATAC-seq tools follow chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) strategies that do not consider ATAC-seq-specific properties. To incorporate specific ATAC-seq quality control and the underlying biology of chromatin accessibility, we developed a bioinformatics software named ATACgraph for analyzing and visualizing ATAC-seq data. ATACgraph profiles accessible chromatin regions and provides ATAC-seq-specific information including definitions of nucleosome-free regions (NFRs) and nucleosome-occupied regions. ATACgraph also allows identification of differentially accessible regions between two ATAC-seq datasets. ATACgraph incorporates the docker image with the Galaxy platform to provide an intuitive user experience via the graphical interface. Without tedious installation processes on a local machine or cloud, users can analyze data through activated websites using pre-designed workflows or customized pipelines composed of ATACgraph modules. Overall, ATACgraph is an effective tool designed for ATAC-seq for biologists with minimal bioinformatics knowledge to analyze chromatin accessibility. ATACgraph can be run on any ATAC-seq data with no limit to specific genomes. As validation, we demonstrated ATACgraph on human genome to showcase its functions for ATAC-seq interpretation. This software is publicly accessible and can be downloaded at https://github.com/RitataLU/ATACgraph.

使用测序数据（ATAC-seq）进行转座酶可及的染色质测定是揭示整个基因组中染色质可及性的有效且精确的方法。当前的大多数ATAC-seq工具都遵循不考虑ATAC-seq特定属性的染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）策略。为了整合特定的ATAC-seq质量控制和染色质可及性的基础生物学，我们开发了一种名为ATACgraph的生物信息学软件，用于分析和可视化ATAC-seq数据。ATACgraph分析可访问的染色质区域并提供ATAC-seq特定的信息，包括无核小体区域（NFR）和核小体占据区域的定义。ATACgraph还可以识别两个ATAC-seq数据集之间的差异可访问区域。ATACgraph将docker映像与Galaxy平台结合在一起，以通过图形界面提供直观的用户体验。用户无需在本地计算机或云上进行繁琐的安装过程，就可以使用预先设计的工作流程或由ATACgraph模块组成的定制管道，通过激活的网站来分析数据。总体而言，ATACgraph是专为ATAC-seq设计的有效工具，适合生物学知识最少的生物学家分析染色质可及性。ATACgraph可以在任何ATAC-seq数据上运行，而不受特定基因组的限制。作为验证，我们在人类基因组上演示了ATACgraph，以展示其对ATAC-seq解释的功能。该软件可公开访问，可以在以下位置下载 用户无需在本地计算机或云上进行繁琐的安装过程，就可以使用预先设计的工作流程或由ATACgraph模块组成的定制管道，通过激活的网站来分析数据。总体而言，ATACgraph是专为ATAC-seq设计的有效工具，适合生物学知识最少的生物学家分析染色质可及性。ATACgraph可以在任何ATAC-seq数据上运行，而不受特定基因组的限制。作为验证，我们在人类基因组上演示了ATACgraph，以展示其对ATAC-seq解释的功能。该软件可公开访问，可以在以下位置下载 用户无需在本地计算机或云上进行繁琐的安装过程，就可以使用预先设计的工作流程或由ATACgraph模块组成的定制管道，通过激活的网站来分析数据。总体而言，ATACgraph是专为ATAC-seq设计的有效工具，适合生物学知识最少的生物学家分析染色质可及性。ATACgraph可以在任何ATAC-seq数据上运行，而不受特定基因组的限制。作为验证，我们在人类基因组上演示了ATACgraph，以展示其对ATAC-seq解释的功能。该软件可公开访问，可以在以下位置下载 ATACgraph是专为ATAC-seq设计的有效工具，适合生物学知识最少的生物学家分析染色质可及性。ATACgraph可以在任何ATAC-seq数据上运行，而不受特定基因组的限制。作为验证，我们在人类基因组上演示了ATACgraph，以展示其对ATAC-seq解释的功能。该软件可公开访问，可以在以下位置下载 ATACgraph是专为ATAC-seq设计的有效工具，适合生物学知识最少的生物学家分析染色质可及性。ATACgraph可以在任何ATAC-seq数据上运行，而不受特定基因组的限制。作为验证，我们在人类基因组上演示了ATACgraph，以展示其对ATAC-seq解释的功能。该软件可公开访问，可以在以下位置下载https://github.com/RitataLU/ATACgraph。