Emerging and re-emerging RNA viruses pose significant public health, economic, and societal burdens. Hantaviruses (genus Orthohantavirus, family Hantaviridae, order Bunyavirales) are enveloped, negative-sense, single-stranded, tripartite RNA viruses that are emerging zoonotic pathogens harbored by small mammals such as rodents, bats, moles, and shrews. Orthohantavirus infections cause hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) and hantavirus cardiopulmonary syndrome in humans (HCPS). Active targeted surveillance has elucidated high-resolution phylogeographic relationships between patient- and rodent-derived orthohantavirus genome sequences and identified the infection source by temporally and spatially tracking viral genomes. Active surveillance of patients with HFRS entails 1) recovering whole-genome sequences of Hantaan virus (HTNV) using amplicon (multiplex PCR-based) next-generation sequencing, 2) tracing the putative infection site of a patient by administering an epidemiological questionnaire, and 3) collecting HTNV-positive rodents using targeted rodent trapping. Moreover, viral genome tracking has been recently performed to rapidly and precisely characterize an outbreak from the emerging virus. Here, we reviewed genomic epidemiological and active surveillance data for determining the emergence of zoonotic RNA viruses based on viral genomic sequences obtained from patients and natural reservoirs. This review highlights the recent studies on tracking viral genomes for identifying and characterizing emerging viral outbreaks worldwide. We believe that active surveillance is an effective method for identifying rodent-borne orthohantavirus infection sites, and this report provides insights into disease mitigation and preparedness for managing emerging viral outbreaks.

新兴和再出现的RNA病毒给公共卫生，经济和社会负担带来了巨大负担。汉坦病毒属正汉病毒，家人 汉坦病毒科，订单 布尼亚维拉莱斯）是有包膜，负义，单链，三方RNA病毒，是小型哺乳动物（例如啮齿动物，蝙蝠、,鼠和sh）藏匿的新兴人畜共患病原体。正汉口病毒感染会导致人类肾综合征（HFRS）和汉坦病毒心肺综合征（HCPS）出血热。主动的有针对性的监视已经阐明了患者和啮齿动物源性正汉坦病毒基因组序列之间的高分辨率系统地理关系，并通过在时间和空间上跟踪病毒基因组来确定感染源。对患有HFRS的患者进行主动监视需要：1）使用下一代扩增子（基于多重PCR的测序法）恢复汉坦病毒（HTNV）的全基因组序列，2）通过流行病学调查表追踪患者的假定感染部位，3）使用有针对性的捕鼠器收集HTNV阳性啮齿动物。此外，最近已经进行了病毒基因组追踪，以快速，准确地表征新兴病毒的爆发。在这里，我们审查了基于从患者和天然水库获得的病毒基因组序列确定人畜共患RNA病毒的基因组流行病学和主动监测数据。这篇综述重点介绍了有关追踪病毒基因组以鉴定和表征全球新兴病毒暴发的最新研究。我们认为，主动监视是识别啮齿动物传播的正汉坦病毒的感染部位的有效方法，并且本报告提供了有关缓解疾病和为应对新兴病毒爆发做好准备的见解。最近已经进行了病毒基因组跟踪，以快速，准确地表征新兴病毒的爆发。在这里，我们审查了基于从患者和天然水库获得的病毒基因组序列确定人畜共患RNA病毒的基因组流行病学和主动监测数据。这篇综述重点介绍了有关追踪病毒基因组以鉴定和表征全球新兴病毒暴发的最新研究。我们认为，主动监视是识别啮齿动物传播的正汉坦病毒的感染部位的有效方法，并且本报告提供了有关缓解疾病和为应对新兴病毒爆发做好准备的见解。最近已经进行了病毒基因组跟踪，以快速，准确地表征新兴病毒的爆发。在这里，我们审查了基于从患者和天然水库获得的病毒基因组序列确定人畜共患RNA病毒的基因组流行病学和主动监测数据。这篇综述重点介绍了有关追踪病毒基因组以鉴定和表征全球新兴病毒暴发的最新研究。我们认为，主动监视是识别啮齿动物传播的正汉坦病毒的感染部位的有效方法，并且本报告提供了有关缓解疾病和为应对新兴病毒爆发做好准备的见解。我们根据从患者和天然水库获得的病毒基因组序列，回顾了基因组流行病学和主动监测数据，以确定人畜共患RNA病毒的出现。这篇综述重点介绍了有关追踪病毒基因组以鉴定和表征全球新兴病毒暴发的最新研究。我们认为，主动监视是识别啮齿动物传播的正汉坦病毒的感染部位的有效方法，并且本报告提供了有关缓解疾病和为应对新兴病毒爆发做好准备的见解。我们根据从患者和天然水库获得的病毒基因组序列，回顾了基因组流行病学和主动监测数据，以确定人畜共患RNA病毒的出现。这篇综述重点介绍了有关追踪病毒基因组以鉴定和表征全球新兴病毒暴发的最新研究。我们认为，主动监视是识别啮齿动物传播的正汉坦病毒的感染部位的有效方法，并且本报告提供了有关缓解疾病和为应对新兴病毒爆发做好准备的见解。这篇综述重点介绍了有关追踪病毒基因组以鉴定和表征全球新兴病毒暴发的最新研究。我们认为，主动监视是识别啮齿动物传播的正汉坦病毒的感染部位的有效方法，并且本报告提供了有关缓解疾病和为应对新兴病毒爆发做好准备的见解。这篇综述重点介绍了有关追踪病毒基因组以鉴定和表征全球新兴病毒暴发的最新研究。我们认为，主动监视是识别啮齿动物传播的正汉坦病毒的感染部位的有效方法，并且本报告提供了有关缓解疾病和为应对新兴病毒爆发做好准备的见解。