Metagenomic approaches in conjunction with high-throughput sequencing (HTS) have been employed for the discovery of novel plant-associated viral species, including members of the Geminiviridae family. In the present work, the HTS strategy allowed for the identification of genetically divergent tomato-associated geminivirus 1 (TaGV1) isolates from tomato and table beet in Brasília-DF, Brazil. The complete genomes of these novel isolates displayed 2573 nucleotides in length (recovered by Sanger sequencing) with 83% identity to previously reported TaGV1 isolates and ≈ 63% identity with a range of capulaviruses. Phylogenetic analyses of all the available TaGV1 isolates, using either their complete genomes or Rep gene (C1:C2) sequences, indicated the genus Capulavirus as the closest group, whereas the CP (V1) gene information indicated the closest relationship with members of the genus Topocuvirus . Southern hybridization confirmed the TaGV1 association with one out of five and two out of 15 original field-collected table beet and tomato leaf samples, respectively. Leaf curling and overall size reduction were observed in two out of seven Nicotiana benthamiana plants in biolistic inoculation assays with an infectious TaGV1 clone (obtained from one novel isolate from tomato). However, no systemic infection was detected in the inoculated tomato and table beet seedlings. Additional infectivity assays with a new set of table beet and tomato accessions as well as a large number of indicator plants are needed to establish the host range of these new TaGV1 isolates.

中文翻译：

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来自甜菜 (Beta vulgaris) 和番茄 (Solanum lycopersicum) 的遗传差异番茄相关双生病毒 1 分离株的表征

宏基因组方法结合高通量测序 (HTS) 已被用于发现新的植物相关病毒物种，包括双生病毒科的成员。在目前的工作中，HTS 策略允许从巴西巴西利亚-DF 的番茄和甜菜中鉴定出遗传差异的番茄相关双生病毒 1 (TaGV1) 分离株。这些新分离株的完整基因组显示长度为 2573 个核苷酸（通过 Sanger 测序恢复），与先前报道的 TaGV1 分离株具有 83% 的同一性，与一系列囊状病毒的同一性约为 63%。所有可用的 TaGV1 分离株的系统发育分析，使用它们的完整基因组或 Rep 基因 (C1:C2) 序列，表明 Capulavirus 属是最接近的组，而 CP (V1) 基因信息表明与 Topocuvirus 属的成员关系最密切。南方杂交证实了 TaGV1 分别与五分之一和 15 个原始现场收集的甜菜和番茄叶样本中的两个相关。在使用传染性 TaGV1 克隆（从一种新的番茄分离物获得）的基因枪接种试验中，在七分之二的本氏烟草植物中观察到叶片卷曲和整体尺寸减小。然而，在接种的番茄和甜菜幼苗中未检测到全身感染。需要使用一组新的甜菜和番茄种质以及大量指示植物进行额外的感染性测定，以建立这些新 TaGV1 分离株的宿主范围。南方杂交证实了 TaGV1 分别与五分之一和 15 个原始现场收集的甜菜和番茄叶样本中的两个相关。在使用传染性 TaGV1 克隆（从一种新的番茄分离物获得）的基因枪接种试验中，在七分之二的本氏烟草植物中观察到叶片卷曲和整体尺寸减小。然而，在接种的番茄和甜菜幼苗中未检测到全身感染。需要使用一组新的甜菜和番茄种质以及大量指示植物进行额外的感染性测定，以建立这些新 TaGV1 分离株的宿主范围。南方杂交证实了 TaGV1 分别与五分之一和 15 个原始现场收集的甜菜和番茄叶样本中的两个相关。在使用传染性 TaGV1 克隆（从一种新的番茄分离物获得）的基因枪接种试验中，在七分之二的本氏烟草植物中观察到叶片卷曲和整体尺寸减小。然而，在接种的番茄和甜菜幼苗中未检测到全身感染。需要使用一组新的甜菜和番茄种质以及大量指示植物进行额外的感染性测定，以建立这些新 TaGV1 分离株的宿主范围。在使用传染性 TaGV1 克隆（从一种新的番茄分离物获得）的基因枪接种试验中，在七分之二的本氏烟草植物中观察到叶片卷曲和整体尺寸减小。然而，在接种的番茄和甜菜幼苗中未检测到全身感染。需要使用一组新的甜菜和番茄种质以及大量指示植物进行额外的感染性测定，以建立这些新 TaGV1 分离株的宿主范围。在使用传染性 TaGV1 克隆（从一种新的番茄分离物获得）的基因枪接种试验中，在七分之二的本氏烟草植物中观察到叶片卷曲和整体尺寸减小。然而，在接种的番茄和甜菜幼苗中未检测到全身感染。需要使用一组新的甜菜和番茄种质以及大量指示植物进行额外的感染性测定，以建立这些新 TaGV1 分离株的宿主范围。