In recent years, many studies have described the composition and function of the human microbiome at different body sites and suggested a role for the microbiome in various diseases and health conditions. Some studies, using longitudinal samples, have also suggested how the microbiome changes over time due to disease, diet, development, travel, and other environmental factors. However, to date, no study has demonstrated whether the microorganisms established at birth or in early childhood, either transmitted from parents or obtained from the environment, can stay in the human body until adult or senior age. To directly answer this question is difficult, because microbiome samples at childhood and at later adulthood for the same individual will need to be compared and the field is not old enough to have allowed for that type of sample collection. Here, using a metagenomic approach, we analyzed 1004 gut microbiome samples from senior adults (65 ± 7.8 years) from the TwinsUK cohort. Our data indicate that many species in the human gut acquired in early childhood can stay for a lifetime until senior ages. We identified the rare genomic variants (single nucleotide variation and indels) for 27 prevalent species with enough sequencing coverage for confident genomic variant identification. We found that for some species, twin pairs, including both monozygotic (MZ) and dizygotic (DZ) twins, share significantly more rare variants than unrelated subject pairs. But no significant difference is found between MZ and DZ twin pairs. These observations strongly suggest that these species acquired in early childhood remained in these persons until senior adulthood.

近年来，许多研究描述了人体不同部位微生物组的组成和功能，并提出了微生物组在各种疾病和健康状况中的作用。一些使用纵向样本的研究还表明，由于疾病、饮食、发育、旅行和其他环境因素，微生物组如何随时间变化。然而，迄今为止，还没有研究证明出生时或儿童早期建立的微生物，无论是从父母传播的还是从环境中获得的，是否可以留在人体内直到成年或老年。直接回答这个问题是困难的，因为需要比较同一个人在童年和成年后期的微生物组样本，而且该领域还不够老，无法收集这种类型的样本。在这里，我们使用宏基因组方法分析了来自 TwinsUK 队列的老年人（65 ± 7.8 岁）的 1004 个肠道微生物组样本。我们的数据表明，在儿童早期获得的人类肠道中的许多物种可以终生保持到老年。我们确定了 27 个流行物种的罕见基因组变异（单核苷酸变异和插入缺失），具有足够的测序覆盖率，可以可靠地识别基因组变异。我们发现，对于某些物种，双胞胎，包括同卵双胞胎 (MZ) 和异卵双胞胎 (DZ)，比不相关的受试者对共享明显更多的罕见变异。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。我们分析了来自 TwinsUK 队列的老年人（65 ± 7.8 岁）的 1004 个肠道微生物组样本。我们的数据表明，在儿童早期获得的人类肠道中的许多物种可以终生保持到老年。我们确定了 27 个流行物种的罕见基因组变异（单核苷酸变异和插入缺失），具有足够的测序覆盖率，可以可靠地识别基因组变异。我们发现，对于某些物种，双胞胎，包括同卵双胞胎 (MZ) 和异卵双胞胎 (DZ)，比不相关的受试者对共享明显更多的罕见变异。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。我们分析了来自 TwinsUK 队列的老年人（65 ± 7.8 岁）的 1004 个肠道微生物组样本。我们的数据表明，在儿童早期获得的人类肠道中的许多物种可以终生保持到老年。我们确定了 27 个流行物种的罕见基因组变异（单核苷酸变异和插入缺失），具有足够的测序覆盖率，可以可靠地识别基因组变异。我们发现，对于某些物种，双胞胎，包括同卵双胞胎 (MZ) 和异卵双胞胎 (DZ)，比不相关的受试者对共享明显更多的罕见变异。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。8 年）来自 TwinsUK 队列。我们的数据表明，在儿童早期获得的人类肠道中的许多物种可以终生保持到老年。我们确定了 27 个流行物种的罕见基因组变异（单核苷酸变异和插入缺失），具有足够的测序覆盖率，可以可靠地识别基因组变异。我们发现，对于某些物种，双胞胎，包括同卵双胞胎 (MZ) 和异卵双胞胎 (DZ)，比不相关的受试者对共享明显更多的罕见变异。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。8 年）来自 TwinsUK 队列。我们的数据表明，在儿童早期获得的人类肠道中的许多物种可以终生保持到老年。我们确定了 27 个流行物种的罕见基因组变异（单核苷酸变异和插入缺失），具有足够的测序覆盖率，可以可靠地识别基因组变异。我们发现，对于某些物种，双胞胎，包括同卵双胞胎 (MZ) 和异卵双胞胎 (DZ)，比不相关的受试者对共享明显更多的罕见变异。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。我们确定了 27 个流行物种的罕见基因组变异（单核苷酸变异和插入缺失），具有足够的测序覆盖率，可以可靠地识别基因组变异。我们发现，对于某些物种，双胞胎，包括同卵双胞胎 (MZ) 和异卵双胞胎 (DZ)，比不相关的受试者对共享明显更多的罕见变异。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。我们确定了 27 个流行物种的罕见基因组变异（单核苷酸变异和插入缺失），具有足够的测序覆盖率，可以可靠地识别基因组变异。我们发现，对于某些物种，双胞胎，包括同卵双胞胎 (MZ) 和异卵双胞胎 (DZ)，比不相关的受试者对共享明显更多的罕见变异。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。比不相关的主题对共享明显更多的稀有变体。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。比不相关的主题对共享明显更多的稀有变体。但MZ和DZ双胞胎之间没有发现显着差异。这些观察结果强烈表明，这些在儿童早期获得的物种在这些人中一直存在，直到成年。