Despite high prevalence and high heritability, few candidate genes have been identified for reading disability. To identify novel genetic variants we performed a genome-wide association study (GWAS) using high-depth whole genome sequencing and predicated on reading performance in 407 subjects enrolled in a longitudinal study of response-to-intervention, called the New Haven Lexinome Project. The primary GWAS identified a single peak of 31 SNPs on chromosome 19 that achieved the threshold for genome-wide significance (rs2599553 P=3.13x10-8) located over an expression quantitative trait locus (eQTL) for GARRE1 (Granule Associated Rac And RHOG Effector 1). Little is known about the function of GARRE1, except that it is highly and developmentally expressed in human cerebellum relative to cortex. Local ancestry regression showed the strongest association for the lead variant in African or Admixed American populations, who have been under-represented in previous genetic studies of reading. We replicated our chromosome 19 results in the Genes, Reading, and Dyslexia (GRaD) cohort and found a moderating effect of age with implications for the consideration of developmental effects in the design of future analyses. Growth curve modeling demonstrated that minor alleles of the lead SNP are related to reading longitudinally from Grade 1 to Grade 5, and that children with at least 1 minor allele of rs2599553 persistently underperformed relative to their peers by 0.33 to 0.5 standard deviations on standardized assessments of non-word decoding and reading fluency.

中文翻译：

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New Haven Lexinome项目中的全基因组关联研究确定GARRE1是阅读性能的新基因

尽管高流行和高遗传性，但几乎没有候选基因被鉴定为阅读障碍。为了鉴定新的遗传变异，我们使用深度全基因组测序进行了全基因组关联研究（GWAS），并根据407名受试者的阅读表现进行了预测，这些受试者参与了对干预反应的纵向研究，称为纽黑文Lexinome项目。初级GWAS在19号染色体上鉴定出31个SNP的单峰，该峰达到了GARRE1（颗粒相关Rac和RHOG效应子）表达定量性状基因座（eQTL）上的全基因组重要性阈值（rs2599553 P = 3.13x10-8） 1）。关于GARRE1的功能知之甚少，除了它在人类小脑中相对于皮质高度表达和发育性表达外。本地血统的回归显示，在非洲或美国混血人群中，铅变异的关联性最强，这些人群在先前的阅读遗传研究中代表性不足。我们在基因，阅读和阅读障碍（GRaD）队列中复制了19号染色体的结果，发现年龄的调节作用与未来分析设计中对发育影响的考虑有关。生长曲线模型表明，铅SNP的较小等位基因与从1年级到5年级的纵向阅读有关，并且至少有1个rs2599553较小等位基因的孩子相对于同龄人，其表现持续低于标准的0.33至0.5个标准差。非单词解码和阅读流利度。在以前的阅读遗传研究中代表性不足的人。我们在基因，阅读和阅读障碍（GRaD）队列中复制了19号染色体的结果，发现年龄的调节作用与未来分析设计中对发育影响的考虑有关。生长曲线模型表明，铅SNP的较小等位基因与从1年级到5年级的纵向阅读有关，并且至少有1个rs2599553较小等位基因的孩子相对于同龄人，其表现持续低于标准的0.33至0.5个标准差。非单词解码和阅读流利度。在以前的阅读遗传研究中代表性不足的人。我们在基因，阅读和阅读障碍（GRaD）队列中复制了19号染色体的结果，发现年龄的调节作用与未来分析设计中对发育影响的考虑有关。生长曲线模型表明，铅SNP的较小等位基因与从1年级到5年级的纵向阅读有关，并且至少有1个rs2599553较小等位基因的孩子相对于同龄人，其表现持续低于标准的0.33至0.5个标准差。非单词解码和阅读流利度。和诵读困难症（GRaD）队列研究，发现年龄的调节作用对未来分析设计中发展效应的考虑具有重要意义。生长曲线模型表明，铅SNP的较小等位基因与从1年级到5年级的纵向阅读有关，并且至少有1个rs2599553较小等位基因的孩子相对于同龄人，其表现持续低于标准的0.33至0.5个标准差。非单词解码和阅读流利度。和诵读困难症（GRaD）队列研究，发现年龄的调节作用对未来分析设计中发展效应的考虑具有重要意义。生长曲线模型表明，铅SNP的较小等位基因与从1年级到5年级的纵向阅读有关，并且至少有1个rs2599553较小等位基因的孩子相对于同龄人，其表现持续低于标准的0.33至0.5个标准差。非单词解码和阅读流利度。