Abstract

OrthoDB provides evolutionary and functional annotations of orthologs, inferred for a vast number of available organisms. OrthoDB is leading in the coverage and genomic diversity sampling of Eukaryotes, Prokaryotes and Viruses, and the sampling of Bacteria is further set to increase three-fold. The user interface has been enhanced in response to the massive growth in data. OrthoDB provides three views on the data: (i) a list of orthologous groups related to a user query, which are now arranged to visualize their hierarchical relations, (ii) a detailed view of an orthologous group, now featuring a Sankey diagram to facilitate navigation between the levels of orthology, from more finely-resolved to more general groups of orthologs, as well as an arrangement of orthologs into an interactive organism taxonomy structure, and (iii) we added a gene-centric view, showing the gene functional annotations and the pair-wise orthologs in example species. The OrthoDB standalone software for delineation of orthologs, Orthologer, is freely available. Online BUSCO assessments and mapping to OrthoDB of user-uploaded data enable interactive exploration of related annotations and generation of comparative charts. OrthoDB strives to predict orthologs from the broadest coverage of species, as well as to extensively collate available functional annotations, and to compute evolutionary annotations such as evolutionary rate and phyletic profile. OrthoDB data can be assessed via SPARQL RDF, REST API, downloaded or browsed online from https://orthodb.org.

中文翻译：

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2020年OrthoDB：Orthologs的进化和功能注释

摘要

OrthoDB提供了直系同源物的进化和功能注释，可从大量可用生物中推断出。OrthoDB在真核生物，原核生物和病毒的覆盖率和基因组多样性采样方面处于领先地位，而细菌的采样将进一步增加三倍。响应于数据的大量增长，用户界面得到了增强。OrthoDB在数据上提供了三种视图：（i）与用户查询相关的直系同源物的列表，现在排列它们以可视化它们的层次关系；（ii）直系同源物的详细视图，现在具有Sankey图以方便从更精细的直系同源词到更一般的直系同源词组之间的导航，以及直系同源词到互动生物分类结构中的排列，（iii）我们添加了一个以基因为中心的视图，显示了示例物种中的基因功能注释和成对直向同源物。OrthoDBer独立于OrthoDBer的Orthologer独立软件是免费提供的。在线BUSCO评估并映射到用户上传的数据到OrthoDB可以交互式浏览相关注释并生成比较图表。OrthoDB努力从最广泛的物种覆盖范围中预测直系同源物，并广泛地整理可用的功能注释，并计算进化注释，例如进化速率和进化谱。OrthoDB数据可以通过SPARQL RDF，REST API进行评估，也可以从https://orthodb.org在线下载或浏览。OrthoDBer独立于OrthoDBer的Orthologer独立软件是免费提供的。在线BUSCO评估并映射到用户上传的数据到OrthoDB可以交互式浏览相关注释并生成比较图表。OrthoDB努力从最广泛的物种覆盖范围中预测直系同源物，并广泛地整理可用的功能注释，并计算进化注释，例如进化速率和进化谱。OrthoDB数据可以通过SPARQL RDF，REST API进行评估，也可以从https://orthodb.org在线下载或浏览。OrthoDBer独立于OrthoDBer的Orthologer独立软件是免费提供的。在线BUSCO评估和用户上传的数据到OrthoDB的映射可对相关注释进行交互式浏览并生成比较图表。OrthoDB努力从最广泛的物种覆盖范围中预测直系同源物，并广泛地整理可用的功能注释，并计算进化注释，例如进化速率和进化谱。OrthoDB数据可以通过SPARQL RDF，REST API进行评估，也可以从https://orthodb.org在线下载或浏览。OrthoDB努力从最广泛的物种覆盖范围中预测直系同源物，并广泛地整理可用的功能注释，并计算进化注释，例如进化速率和进化谱。OrthoDB数据可以通过SPARQL RDF，REST API进行评估，也可以从https://orthodb.org在线下载或浏览。OrthoDB努力从最广泛的物种覆盖范围中预测直系同源物，并广泛地整理可用的功能注释，并计算进化注释，例如进化速率和进化谱。OrthoDB数据可以通过SPARQL RDF，REST API进行评估，也可以从https://orthodb.org在线下载或浏览。