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Identification of significant genes signatures and prognostic biomarkers in cervical squamous carcinoma via bioinformatic data
PeerJ ( IF 2.3 ) Pub Date : 2020-12-02 , DOI: 10.7717/peerj.10386
Yunan He 1 , Shunjie Hu 2 , Jiaojiao Zhong 3 , Anran Cheng 4 , Nianchun Shan 5
Affiliation  

Background Cervical squamous cancer (CESC) is an intractable gynecological malignancy because of its high mortality rate and difficulty in early diagnosis. Several biomarkers have been found to predict the prognose of CESC using bioinformatics methods, but they still lack clinical effectiveness. Most of the existing bioinformatic studies only focus on the changes of oncogenes but neglect the differences on the protein level and molecular biology validation are rarely conducted. Methods Gene set data from the NCBI-GEO database were used in this study to compare the differences of gene and protein levels between normal and cancer tissues through significant pathway selection and core gene signature analysis to screen potential clinical biomarkers of CESC. Subsequently, the molecular and protein levels of clinical samples were verified by quantitative transcription PCR, western blot and immunohistochemistry. Results Three differentially expressed genes (RFC4, MCM2, TOP2A) were found to have a significant survival (P < 0.05) and highly expressed in CESC tissues. Molecular biological verification using quantitative reverse transcribed PCR, western blotting and immunohistochemistry assays exhibited significant differences in the expression of RFC4 between CESC and para-cancerous tissues (P < 0.05). Conclusion This study identified three potential biomarkers (RFC4, MCM2, TOP2A) of CESC which may be useful to clarify the underlying mechanisms of CESC and predict the prognosis of CESC patients.

中文翻译:

通过生物信息学数据鉴定宫颈鳞状细胞癌的重要基因特征和预后生物标志物

背景 宫颈鳞状细胞癌(CESC)是一种难治性妇科恶性肿瘤,死亡率高,早期诊断困难。已经发现几种生物标志物可以使用生物信息学方法预测 CESC 的预后,但它们仍然缺乏临床有效性。现有的生物信息学研究大多只关注癌基因的变化而忽略了蛋白质水平的差异,很少进行分子生物学验证。方法本研究利用NCBI-GEO数据库中的基因组数据,通过显着通路选择和核心基因特征分析,比较正常组织和癌组织之间基因和蛋白水平的差异,筛选CESC潜在的临床生物标志物。随后,通过定量转录PCR、蛋白质印迹和免疫组织化学验证临床样本的分子和蛋白质水平。结果发现3个差异表达基因(RFC4、MCM2、TOP2A)在CESC组织中有显着的存活率(P < 0.05)并高表达。使用定量逆转录PCR、蛋白质印迹和免疫组织化学测定的分子生物学验证显示,CESC和癌旁组织之间RFC4的表达存在显着差异(P <0.05)。结论 本研究确定了 CESC 的三个潜在生物标志物(RFC4、MCM2、TOP2A),有助于阐明 CESC 的潜在机制和预测 CESC 患者的预后。TOP2A) 被发现具有显着的存活率 (P < 0.05) 并在 CESC 组织中高表达。使用定量逆转录PCR、蛋白质印迹和免疫组织化学测定的分子生物学验证显示,CESC和癌旁组织之间RFC4的表达存在显着差异(P <0.05)。结论 本研究确定了 CESC 的三个潜在生物标志物(RFC4、MCM2、TOP2A),有助于阐明 CESC 的潜在机制和预测 CESC 患者的预后。TOP2A) 被发现具有显着的存活率 (P < 0.05) 并在 CESC 组织中高表达。使用定量逆转录PCR、蛋白质印迹和免疫组织化学测定的分子生物学验证显示,CESC和癌旁组织之间RFC4的表达存在显着差异(P <0.05)。结论 本研究确定了 CESC 的三个潜在生物标志物(RFC4、MCM2、TOP2A),有助于阐明 CESC 的潜在机制和预测 CESC 患者的预后。免疫印迹和免疫组织化学分析显示,在 CESC 和癌旁组织之间 RFC4 的表达存在显着差异(P < 0.05)。结论 本研究确定了 CESC 的三个潜在生物标志物(RFC4、MCM2、TOP2A),有助于阐明 CESC 的潜在机制和预测 CESC 患者的预后。免疫印迹和免疫组织化学分析显示,在 CESC 和癌旁组织之间 RFC4 的表达存在显着差异(P < 0.05)。结论 本研究确定了 CESC 的三个潜在生物标志物(RFC4、MCM2、TOP2A),有助于阐明 CESC 的潜在机制和预测 CESC 患者的预后。
更新日期:2020-12-02
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