The novel severe acute respiratory syndrome corona virus 2 (SARS-CoV-2) is causing an unprecedented pandemic, threatening planetary health, society, and economy. Genomic surveillance continues to be a critical effort toward tracking the virus and containing its spread, and more genomes from diverse geographical areas and different time points are needed to provide an appropriate representation of the virus evolution. In this study, we report the successful assembly of one single gapless, unambiguous contiguous sequence representing the complete viral genome from a nasopharyngeal swab of an infected health care worker in Cairo, Egypt. The sequence has all typical features of SARS-CoV-2 genomes, with no protein-disrupting mutations. However, three mutations are worth highlighting and future tracking: a synonymous mutation causing a rare spike S813I variation and two less frequent ones leading to an A41V variation in NSP3, encoded by ORF1a (ORF1a A895V), and a Q677H variation in the spike protein. Both affected proteins, S and NSP3, are relevant to vaccine and drug development. Although the genome, named CU_S3, belongs to the prevalent global genotype, marked by the D614G spike variation, the combined variations in the spike proteins and ORF1a do not co-occur in any of the 197,000 genomes reported to date. Future studies will assess the biological, pathogenic, and epidemiological implications of this set of genetic variations. This line of research is needed to inform vaccine and therapeutic innovation to stem the COVID-19 pandemic.

中文翻译：

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独特的SARS-CoV-2变种编码穗S813I和ORF1a A859V替代的无间隙，明确的RNA基因组组装的基因组序列。

新型严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）正在引起空前的大流行，威胁着行星健康，社会和经济。基因组监视仍然是跟踪病毒并控制其传播的关键工作，并且需要更多来自不同地理区域和不同时间点的基因组来提供病毒进化的适当表示。在这项研究中，我们报道了一个单独的无间隙，明确的连续序列的成功组装，该序列代表了来自埃及开罗的一名感染卫生保健工作者的鼻咽拭子的完整病毒基因组。该序列具有SARS-CoV-2基因组的所有典型特征，没有破坏蛋白质的突变。但是，以下三个突变值得重点介绍和跟踪：这是一个同义突变，引起罕见的S813I尖峰变异，而两个较少出现的突变导致NSP3中的A41V变异（由ORF1a（ORF1a A895V）编码）和Q677H变异。两种受影响的蛋白，S和NSP3，都与疫苗和药物开发有关。尽管名为CU_S3的基因组属于普遍的全球基因型，以D614G峰变异为特征，但迄今为止报道的197,000个基因组中，并没有共同发生峰蛋白质和ORF1a的组合变异。未来的研究将评估这组遗传变异的生物学，致病性和流行病学意义。需要进行这一方面的研究来为疫苗和治疗创新提供信息，以阻止COVID-19大流行。以及刺突蛋白的Q677H变化。两种受影响的蛋白，S和NSP3，都与疫苗和药物开发有关。尽管名为CU_S3的基因组属于普遍的全球基因型，以D614G峰变异为特征，但迄今为止报道的197,000个基因组中，并没有共同发生峰蛋白质和ORF1a的组合变异。未来的研究将评估这组遗传变异的生物学，致病性和流行病学意义。需要进行这一方面的研究来为疫苗和治疗创新提供信息，以阻止COVID-19大流行。以及刺突蛋白的Q677H变化。两种受影响的蛋白，S和NSP3，都与疫苗和药物开发有关。尽管名为CU_S3的基因组属于普遍的全球基因型，以D614G峰变异为特征，但迄今为止报道的197,000个基因组中，并没有共同发生峰蛋白质和ORF1a的组合变异。未来的研究将评估这组遗传变异的生物学，致病性和流行病学意义。需要进行这一方面的研究来为疫苗和治疗创新提供信息，以阻止COVID-19大流行。到目前为止，在报告的197,000个基因组中，没有一个同时出现穗蛋白和ORF1a的组合变异。未来的研究将评估这组遗传变异的生物学，致病性和流行病学意义。需要进行这一方面的研究来为疫苗和治疗创新提供信息，以阻止COVID-19大流行。到目前为止，在报告的197,000个基因组中，没有一个同时出现穗蛋白和ORF1a的组合变异。未来的研究将评估这组遗传变异的生物学，致病性和流行病学意义。需要进行这一方面的研究来为疫苗和治疗创新提供信息，以阻止COVID-19大流行。