The preferential use of a specific codon, out of a group of synonymous codons encoding the same amino acid, in a gene transcript results from the bias in codon choice. Various evolutionary forces namely mutation pressure and natural selection influence the pattern of codon usage i.e. distinct for each gene/genome. We investigated the pattern of codon usage of eight human herpesvirus genomes and compared them with two other herpesvirus genomes namely murine herpesvirus 68 and bovine herpesvirus type 1.1 to elucidate its compositional features, pattern of codon usage across the genomes and report the differences of codon usage pattern of human herpesviruses from that of other two other viruses. We also identified the similarity of the codon usage of human herpesviruses with its host (human). The genes were found to be CG rich in HHV2, HHV3, HHV4, HHV6, HHV7 and BH genomes while TA rich in HHV1, HHV5, HHV8 and MH genomes. The codon usage bias (CUB) of genes was low. A highly significant correlation was found among compositional contents depicting the role of mutational pressure along with natural selection in framing CUB. Several more frequently used codons as well as less frequently used codons were identified to be similar between each human virus and its host (human), while murine herpesvirus 68 and bovine herpesvirus type 1.1 genomes did not possess similar adaptation strategy as human herpesviruses to human (host), thus we could conclude that viral CUB might have been shaped as per their host’s nature for better surveillance. Neutrality plot revealed mutational pressure mostly influenced the CUB of HHV1, HHV8 and MH viruses, while natural selection had a major impact in the CUB of HHV2, HHV3, HHV4, HHV5, HHV6, HHV7 and BH genomes.

在基因转录本中优先使用一组编码相同氨基酸的同义密码子中的特定密码子是由于密码子选择的偏向性造成的。各种进化力量，即突变压力和自然选择会影响密码子的使用模式，即每个基因/基因组都不同。我们研究了八个人类疱疹病毒基因组的密码子使用模式，并将它们与其他两个疱疹病毒基因组（即鼠疱疹病毒 68 和牛疱疹病毒 1.1 型）进行了比较，以阐明其组成特征、整个基因组的密码子使用模式并报告密码子使用模式的差异人类疱疹病毒与其他两种病毒的差异。我们还确定了人类疱疹病毒与其宿主（人类）密码子使用的相似性。发现这些基因在 HHV2、HHV3、HHV4、HHV6、HHV7 和 BH 基因组中富含 CG，而在 HHV1、HHV5、HHV8 和 MH 基因组中富含 TA。基因的密码子使用偏倚（CUB）较低。在描述突变压力和自然选择在构建 CUB 中的作用的组成内容之间发现了非常显着的相关性。几种更常用的密码子以及不太常用的密码子被确定在每种人类病毒与其宿主（人类）之间相似，而鼠疱疹病毒 68 和牛疱疹病毒 1.1 型基因组不具有与人类疱疹病毒相似的适应策略。宿主），因此我们可以得出结论，病毒 CUB 可能是根据宿主的性质形成的，以便更好地监视。中性图显示突变压力主要影响 HHV1、HHV8 和 MH 病毒的 CUB，而自然选择对 HHV2、HHV3、HHV4、HHV5、HHV6、HHV7 和 BH 基因组的 CUB 有重大影响。1 基因组不具有与人类疱疹病毒相似的适应策略对人类（宿主），因此我们可以得出结论，病毒 CUB 可能是根据其宿主的性质形成的，以便更好地监测。中性图显示突变压力主要影响 HHV1、HHV8 和 MH 病毒的 CUB，而自然选择对 HHV2、HHV3、HHV4、HHV5、HHV6、HHV7 和 BH 基因组的 CUB 有重大影响。1 基因组不具有与人类疱疹病毒相似的适应策略对人类（宿主），因此我们可以得出结论，病毒 CUB 可能是根据其宿主的性质形成的，以便更好地监测。中性图显示突变压力主要影响 HHV1、HHV8 和 MH 病毒的 CUB，而自然选择对 HHV2、HHV3、HHV4、HHV5、HHV6、HHV7 和 BH 基因组的 CUB 有重大影响。