Studies of microbiome variation in wildlife often emphasize host physiology and diet as proximate selective pressures acting on host‐associated microbiota. In contrast, microbial dispersal and ecological drift are more rarely considered. Using amplicon sequencing, we characterized the bacterial microbiome of adult female (n = 86) Sable Island horses (Nova Scotia, Canada) as part of a detailed individual‐based study of this feral population. Using data on sampling date, horse location, age, parental status, and local habitat variables, we contrasted the ability of spatiotemporal, life history, and environmental factors to explain microbiome diversity among Sable Island horses. We extended inferences made from these analyses with both phylogeny‐informed and phylogeny‐independent null modelling approaches to identify deviations from stochastic expectations. Phylogeny‐informed diversity measures were correlated with spatial and local habitat variables, but null modelling results suggested that heterogeneity in ecological drift, rather than differential selective pressures acting on the microbiome, was responsible for these correlations. Conversely, phylogeny‐independent diversity measures were best explained by host spatial and social structure, suggesting that taxonomic composition of the microbiome was shaped most strongly by bacterial dispersal. Parental status was important but correlated with measures of β‐dispersion rather than β‐diversity (mares without foals had lower alpha diversity and more variable microbiomes than mares with foals). Our results suggest that between host microbiome variation within the Sable Island horse population is driven more strongly by bacterial dispersal and ecological drift than by differential selective pressures. These results emphasize the need to consider alternative ecological processes in the study of microbiomes.

中文翻译：

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细菌扩散和漂移驱动后肠发酵罐种群中的微生物组多样性模式。

对野生生物中微生物组变异的研究通常强调宿主生理和饮食，因为其作用于与宿主相关的微生物群附近的选择性压力。相反，很少考虑微生物的扩散和生态漂移。使用扩增子测序，我们表征了成年女性的细菌微生物组（n = 86）黑貂岛马（加拿大新斯科舍省），是该野生种群基于个人的详细研究的一部分。使用有关采样日期，马的位置，年龄，父母身份和当地栖息地变量的数据，我们对比了时空，生活史和环境因素来解释黑貂岛马中微生物组多样性的能力。我们利用系统发育信息学和系统发育独立的空模型方法扩展了从这些分析得出的推论，以识别与随机期望的偏差。系统发育信息学的多样性测度与空间和局部生境变量相关，但无效的模型结果表明，生态漂移的异质性而不是作用于微生物组的差异选择性压力是这些相关性的原因。反过来，不依赖于系统发育的多样性措施可以通过宿主的空间和社会结构得到最好的解释，这表明微生物组的分类学组成受细菌扩散的影响最大。父母的状态很重要，但与β-散布而不是β-多样性相关（与小马驹相比，没有小马驹的母马的α多样性较低，微生物群落更多）。我们的结果表明，黑貂岛马种群中宿主微生物组之间的变异是由细菌传播和生态漂移驱动的，而不是由选择性选择性压力驱动的。这些结果强调在微生物组研究中需要考虑替代性生态过程。提示微生物组的分类学组成受细菌扩散影响最大。父母的状态很重要，但与β-散布而不是β-多样性相关（与小马驹相比，没有小马驹的母马的α多样性较低，微生物群落更多）。我们的结果表明，黑貂岛马种群中宿主微生物组之间的变异是由细菌传播和生态漂移驱动的，而不是由选择性选择性压力驱动的。这些结果强调在微生物组研究中需要考虑替代性生态过程。提示微生物组的分类学组成受细菌扩散影响最大。父母的状态很重要，但与β-散布而不是β-多样性相关（与小马驹相比，没有小马驹的母马的α多样性较低，微生物群落更多）。我们的结果表明，黑貂岛马种群中宿主微生物组之间的变异是由细菌传播和生态漂移驱动的，而不是由选择性选择性压力驱动的。这些结果强调在微生物组研究中需要考虑替代性生态过程。父母的状态很重要，但与β-散布而不是β-多样性相关（与小马驹相比，没有小马驹的母马的α多样性较低，微生物群落更多）。我们的结果表明，黑貂岛马种群中宿主微生物组之间的变异是由细菌传播和生态漂移驱动的，而不是由选择性选择性压力驱动的。这些结果强调在微生物组研究中需要考虑替代性生态过程。父母的状态很重要，但与β-散布而不是β-多样性相关（与小马驹相比，没有小马驹的母马的α多样性较低，微生物群落更多）。我们的结果表明，黑貂岛马种群中宿主微生物组之间的变异是由细菌传播和生态漂移驱动的，而不是由选择性选择性压力驱动的。这些结果强调在微生物组研究中需要考虑替代性生态过程。