The current SARS-CoV-2 pandemic has emphasized the vulnerability of human populations to novel viral pressures, despite the vast array of epidemiological and biomedical tools now available. Notably, modern human genomes contain evolutionary information tracing back tens of thousands of years, which may help identify the viruses that have impacted our ancestors -- pointing to which viruses have future pandemic potential. Here, we apply evolutionary analyses to human genomic datasets to recover selection events involving tens of human genes that interact with coronaviruses, including SARS-CoV-2, that likely started more than 20,000 years ago. These adaptive events were limited to the population ancestral to East Asian populations. Multiple lines of functional evidence support an ancient viral selective pressure, and East Asia is the geographical origin of several modern coronavirus epidemics. An arms race with an ancient coronavirus, or with a different virus that happened to use similar interactions as coronaviruses with human hosts, may thus have taken place in ancestral East Asian populations. By learning more about our ancient viral foes, our study highlights the promise of evolutionary information to better predict the pandemics of the future. Importantly, adaptation to ancient viral epidemics in specific human populations does not necessarily imply any difference in genetic susceptibility between different human populations, and the current evidence points toward an overwhelming impact of socioeconomic factors in the case of COVID-19.

中文翻译：

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东亚2万年前的古代病毒流行病与宿主冠状病毒相互作用的基因有关。

尽管目前有大量的流行病学和生物医学工具，但当前的SARS-CoV-2大流行强调了人类易受新型病毒压力的影响。值得注意的是，现代人类基因组包含可追溯到数万年前的进化信息，这可能有助于识别影响到我们祖先的病毒-指出哪些病毒具有未来的大流行潜力。在这里，我们将进化分析应用于人类基因组数据集，以恢复涉及与冠状病毒（包括SARS-CoV-2）相互作用的数十种人类基因的选择事件，这些事件可能始于2万多年前。这些适应性事件仅限于东亚人口的祖先人口。多行功能证据支持古老的病毒选择压力，东亚是几种现代冠状病毒流行的地理起源。因此，在古老的东亚人群中可能发生了与古代冠状病毒或与恰好与冠状病毒与人类宿主发生类似相互作用的其他病毒的军备竞赛。通过更多地了解我们的古代病毒敌人，我们的研究突出了进化信息有望更好地预测未来大流行的希望。重要的是，对特定人群的古代病毒流行进行适应并不一定意味着不同人群之间的遗传易感性存在任何差异，并且当前证据表明，在COVID-19的情况下，社会经济因素具有压倒性的影响。因此，也可能是在东亚祖先人群中发生了这种病毒，或者恰好与冠状病毒与人类宿主发生了类似相互作用的另一种病毒。通过更多地了解我们的古代病毒敌人，我们的研究突出了进化信息有望更好地预测未来大流行的希望。重要的是，对特定人群的古代病毒流行进行适应并不一定意味着不同人群之间的遗传易感性存在任何差异，并且当前证据表明，在COVID-19的情况下，社会经济因素具有压倒性的影响。因此，也可能是在东亚祖先人群中发生了这种病毒，或者恰好与冠状病毒与人类宿主发生了类似相互作用的另一种病毒。通过更多地了解我们的古代病毒敌人，我们的研究突出了进化信息有望更好地预测未来大流行的希望。重要的是，对特定人群的古代病毒流行进行适应并不一定意味着不同人群之间的遗传易感性存在任何差异，并且当前证据表明，在COVID-19的情况下，社会经济因素具有压倒性的影响。我们的研究突出了进化信息有望更好地预测未来大流行的前景。重要的是，对特定人群的古代病毒流行进行适应并不一定意味着不同人群之间的遗传易感性存在任何差异，并且当前证据表明，在COVID-19的情况下，社会经济因素具有压倒性的影响。我们的研究突出了进化信息有望更好地预测未来大流行的前景。重要的是，对特定人群的古代病毒流行进行适应并不一定意味着不同人群之间的遗传易感性存在任何差异，并且当前证据表明，在COVID-19的情况下，社会经济因素具有压倒性的影响。