Fruit quality is the main factor determining market competitiveness; it represents the combination of fruit flavor, color, size, and the contents of aromatic and bioactive substances. Research on the genetic basis of fruit quality can provide new information about fruit biology, promote genomic-assisted breeding, and provide technological support for the regulation of fruit quality via habitat selection and/or the control of environmental conditions. High-throughput sequencing is a powerful research method for studying fruit quality traits, and reference genome sequences for many important fruit crops have provided vast amounts of genomic data. To study fruit quality, it is important to select appropriate omics strategies and to analyze omics data meaningfully. Here, we summarize genomic mechanisms of fruit quality formation: gene duplication, transposable element insertion, structural variations and genome methylation in functional genes. We review the genomic, transcriptomic, and metabolomic strategies that have been used to study the genetic basis of fruit quality traits. We also describe some of the genes associated with fruit traits; these genes are a valuable resource for genomics-assisted breeding and are useful models for deciphering the mechanisms of agronomic traits, such as fruit color, size, hardness, aroma components, sugar and acid content. Finally, to maximize the application of omics information, we propose some further directions for research using omics strategies.

水果质量是决定市场竞争力的主要因素。它代表水果风味，颜色，大小以及芳香和生物活性物质含量的组合。水果品质遗传基础的研究可以提供有关水果生物学的新信息，促进基因组辅助育种，并通过栖息地选择和/或环境条件控制为水果品质的调控提供技术支持。高通量测序是研究水果品质性状的有力研究方法，许多重要水果作物的参考基因组序列已提供了大量的基因组数据。要研究水果质量，重要的是选择合适的组学策略并有意义地分析组学数据。在这里，我们总结了水果品质形成的基因组机制：基因复制，功能基因中的转座子插入，结构变异和基因组甲基化。我们审查了已用于研究水果品质性状遗传基础的基因组，转录组和代谢组学策略。我们还描述了一些与果实性状相关的基因。这些基因是基因组学辅助育种的宝贵资源，并且对于破译农艺性状（如果实的颜色，大小，硬度，香气成分，糖和酸含量）的机制非常有用。最后，为了最大限度地利用组学信息，我们为使用组学策略的研究提出了一些进一步的指导。和代谢组学策略已用于研究水果品质性状的遗传基础。我们还描述了一些与果实性状相关的基因。这些基因是基因组学辅助育种的宝贵资源，并且对于破译农艺性状（如果实的颜色，大小，硬度，香气成分，糖和酸含量）的机制非常有用。最后，为了最大限度地利用组学信息，我们为使用组学策略的研究提出了一些进一步的指导。和代谢组学策略已用于研究水果品质性状的遗传基础。我们还描述了一些与果实性状相关的基因。这些基因是基因组学辅助育种的宝贵资源，并且对于破译农艺性状（例如果实的颜色，大小，硬度，香气成分，糖和酸含量）的机制非常有用。最后，为了最大限度地利用组学信息，我们为使用组学策略的研究提出了一些进一步的指导。