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Mass Spectrometry‐Based Abundance Atlas of ABC Transporters in Human Liver, Gut, Kidney, Brain, and Skin
FEBS Letters ( IF 3.0 ) Pub Date : 2020-12-01 , DOI: 10.1002/1873-3468.13982 Zubida M Al-Majdoub 1 , Brahim Achour 1 , Narciso Couto 1 , Martyn Howard 1 , Yasmine Elmorsi 2 , Daniel Scotcher 1 , Sarah Alrubia 1, 3 , Eman El-Khateeb 1, 2 , Areti-Maria Vasilogianni 1 , Noura Alohali 1, 4 , Sibylle Neuhoff 5 , Lutz Schmitt 6 , Amin Rostami-Hodjegan 1, 5 , Jill Barber 1
FEBS Letters ( IF 3.0 ) Pub Date : 2020-12-01 , DOI: 10.1002/1873-3468.13982 Zubida M Al-Majdoub 1 , Brahim Achour 1 , Narciso Couto 1 , Martyn Howard 1 , Yasmine Elmorsi 2 , Daniel Scotcher 1 , Sarah Alrubia 1, 3 , Eman El-Khateeb 1, 2 , Areti-Maria Vasilogianni 1 , Noura Alohali 1, 4 , Sibylle Neuhoff 5 , Lutz Schmitt 6 , Amin Rostami-Hodjegan 1, 5 , Jill Barber 1
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ABC transporters (ATP‐binding cassette transporter) traffic drugs and their metabolites across membranes, making ABC transporter expression levels a key factor regulating local drug concentrations in different tissues and individuals. Yet, quantification of ABC transporters remains challenging because they are large and low‐abundance transmembrane proteins. Here, we analysed 200 samples of crude and membrane‐enriched fractions from human liver, kidney, intestine, brain microvessels and skin, by label‐free quantitative mass spectrometry. We identified 32 (out of 48) ABC transporters: ABCD3 was the most abundant in liver, whereas ABCA8, ABCB2/TAP1 and ABCE1 were detected in all tissues. Interestingly, this atlas unveiled that ABCB2/TAP1 may have TAP2‐independent functions in the brain and that biliary atresia (BA) and control livers have quite different ABC transporter profiles. We propose that meaningful biological information can be derived from a direct comparison of these data sets.
中文翻译：
基于质谱的人类肝脏、肠道、肾脏、大脑和皮肤中 ABC 转运蛋白的丰度图谱
ABC转运蛋白（ATP结合盒转运蛋白）跨膜运输药物及其代谢物，使得ABC转运蛋白表达水平成为调节不同组织和个体局部药物浓度的关键因素。然而，ABC 转运蛋白的定量仍然具有挑战性，因为它们是大且低丰度的跨膜蛋白。在这里，我们通过无标记定量质谱分析了来自人类肝脏、肾脏、肠道、脑微血管和皮肤的 200 个粗制样品和膜富集样品。我们鉴定了 32 种（共 48 种）ABC 转运蛋白：ABCD3 在肝脏中最丰富，而 ABCA8、ABCB2/TAP1 和 ABCE1 在所有组织中均检测到。有趣的是，该图谱揭示了 ABCB2/TAP1 在大脑中可能具有独立于 TAP2 的功能，并且胆道闭锁 (BA) 和对照肝脏具有完全不同的 ABC 转运蛋白谱。我们建议可以从这些数据集的直接比较中得出有意义的生物信息。
更新日期：2020-12-01
中文翻译：
基于质谱的人类肝脏、肠道、肾脏、大脑和皮肤中 ABC 转运蛋白的丰度图谱
ABC转运蛋白（ATP结合盒转运蛋白）跨膜运输药物及其代谢物，使得ABC转运蛋白表达水平成为调节不同组织和个体局部药物浓度的关键因素。然而，ABC 转运蛋白的定量仍然具有挑战性，因为它们是大且低丰度的跨膜蛋白。在这里，我们通过无标记定量质谱分析了来自人类肝脏、肾脏、肠道、脑微血管和皮肤的 200 个粗制样品和膜富集样品。我们鉴定了 32 种（共 48 种）ABC 转运蛋白：ABCD3 在肝脏中最丰富，而 ABCA8、ABCB2/TAP1 和 ABCE1 在所有组织中均检测到。有趣的是，该图谱揭示了 ABCB2/TAP1 在大脑中可能具有独立于 TAP2 的功能，并且胆道闭锁 (BA) 和对照肝脏具有完全不同的 ABC 转运蛋白谱。我们建议可以从这些数据集的直接比较中得出有意义的生物信息。
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